2005 Fiscal Year Annual Research Report
微生物ゲノムシーケンシング体制の活用による微生物システム解明への基盤構築
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17020007
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
服部 正平 北里大学, 北里生命科学研究所, 教授 (70175537)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山下 敦士 北里大学, 北里生命科学研究所, 助手 (20348585)
藤 英博 社団法人北里研究所, 基礎研究所, 研究員 (10353468)
高見 英人 独立行政法人海洋研究開発機構, 極限環境生物圏研究センター, グループリーダー (70359165)
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| Keywords | ゲノム / DNA / 微生物 / 細菌 / 塩基配列 / 遺伝子 |
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| Research Abstract |
本研究は、「比較ゲノム」及び「応用ゲノム」領域との連携等により、シークエンシング解析体制を駆使して、自然環境下での微生物集団を含めた微生物ゲノム解析を実行し、微生物ゲノム解析支援及び微生物システム解明のための新たな研究基盤の構築をめざす。
個別ゲノム解析:本年度では、「応用ゲノム」領域の研究グループの支援として、6種類の細菌(3種類の病原性大腸菌、2種類の病原性クロストリジウム、1種類の歯周病関連細菌)の解析を進めた。そのうち、3種類のゲノムシークエンスを完成し、詳細解析を進めている。残り3種類は現在フィニッシング段階にある。このほか、他グループとの共同研究によって、数種類の微生物ゲノム解析を論文発表した。
ヒト腸内細菌叢(フローラ):(1)ふん便等からのフローラゲノムDNAの純化法/ショットガンライブラリー作成法はほぼ確立した。シークエンスデータは90%以上の成功率で得られ、ヒト細胞由来の配列の夾雑は皆無であることを確認した。(2)既往症のない約30名の健康人からフローラサンプルを調製した。このうち、成人と新生児8名について合計400Mb以上のメタゲノムデータを生産した。(3)得られたメタデータを公的データバンクに対してblast検索を行った結果、全データの70〜80%が既知遺伝子と有意な配列類似度を示した。公的データバンク中の遺伝子との配列類似度は40〜100%の範囲となり、その頻度分布は、70%前後及び95%以上の2カ所にピークがあった。70%前後の類似度を示した公的データバンク中の遺伝子の由来は、おもに病原菌や他環境由来の菌種であった。(4)Blastで最高値を示す遺伝子をもつ菌種をそのメタデータの菌種であると仮定すると、成人及び新生児ともに、1フローラ中500菌種以上が一義的に特定された。なお、成人ではバクテロイデス属、新生児では大腸菌がそれぞれ最優先菌種として特定された。
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