2007 Fiscal Year Annual Research Report
微生物ゲノムシーケンシング体制の活用による微生物システム解明への基盤構築
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17020007
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
服部 正平 The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (70175537)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤 英博 独立行政法人理化学研究所, システム基本情報解析研究, 研究員 (10353468)
高見 英人 独立行政法人海洋研究開発機構, 極限環境生物圏研究センター, プログラムディレクター (70359165)
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| Keywords | ゲノム / メタゲノム / 微生物 / 細菌 / 塩基配列 / 遺伝子 / 細菌叢 |
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| Research Abstract |
本研究は、「比較ゲノム」及び「応用ゲノム」領域との連携等により、シークエンシング解析体制を駆使して、自然環境下での微生物集団を含めた微生物ゲノム解析を実行し、微生物ゲノム解析支援及び微生物システム解明のための新たな研究基盤の構築をめざす。
個別ゲノム解析:本年度では、「応用ゲノム」及び「比較ゲノム」領域の研究グループの支援として、ヒト由来のビフィドバクテリウム属細菌(7株)、健康人の常在大腸菌2株、ヒト由来クロストリジウム属4株、ヒト由来ラクトバチラス属4株などのゲノムシークエンスを完成し、その詳細解析を進めた。また、トルエン分解土壌細菌のプラスミド等のゲノム解析を行った。
なお、今年度に導入した新型シークエンサー(ロッシュ社製454FLX)のシークエンシングへの使用プロコールを確立し、一部の細菌ゲノムのシークエンシングに用いた。
ヒト腸内細菌叢:(1)既往症のない13名の健康人(成人と離乳後子供の計9名と離乳前乳児4名)からフローラサンプルを調製し、合計約727Mbのメタゲノムデータの配列決定を行った。(2)得られたメタデータについて、遺伝子の発見、遺伝子の公的データバンクに対するブラスト検索による機能特定とCOG解析、菌種の特定と組成比解析、相互の配列類似度を用いた関連解析、成人/離乳後子供及び離乳前乳児に特異的に増えているCOGの特定、他環境細菌叢との比較解析などの情報学的解析を行った。(3)前記1及び2で得られた結果を論文発表した(同時にメタゲノムデータの公的DNAデータバンクへの登録も行った)。
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