2006 Fiscal Year Annual Research Report
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17020008
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
小原 雄治 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
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| Keywords | ゲノムシーケンシング / 全ゲノムショットガン / EST / フォスミド / SNP / 比較ゲノム / SAGE |
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| Research Abstract |
以下の大量シーケンシング支援をおこなった。
1)日本産野生マウス系統の薄いWGSとマウス標準系統とのSNP検出:昨年度に引き続き全ゲノムショットガンシーケンスを行った。最終的にはマウスゲノムのカバー率1.4Xのリードを得た。シーケンスエラーも考慮してB6標準系統マウスゲノムとの間でSNPを検出・対応付けができるブラウザを開発した結果、平均1%弱のSNPを検出マップした。マウス間の比較をさらに進めるために、PCRダイレクトシーケンシング法を用いて3つの別系統JF1、PGN、HMIについて配列比較を行った。
2)襟べん毛虫(100Mb前後):HQリード数:74万、総延長:390Mbのショットガンリードが得られた。これにFosmidエンド配列情報を加え、PCAPによりアセンブル実行した結果、scaffold総延長70M、最長scaffold 785K、N50 132Kが得られた。
3)細胞性粘菌Acytostelium subglobosum:低カバー率の全ゲノムショットガンシーケンスをおこない、4.9万リード、総延長:28.8Mbのショットガンデータを得た。
4)以下のEST等解析をおこなった:
クラミドモナス(5ライブラリー、計96000クローン)、ギボシムシ(5ライブラリー、計96000クローン)、ヒメツリガネゴケ(3ライブラリー、計40000クローン;5'SAGEライブラリー、計57600クローン;3'SAGEライブラリー、11520クローン)、コムギ(61440クローン)、アピコンプレクサ原虫2種(各1ライブラリー、計23000クローン)、アゲハ2種(各1ライブラリー、計46000クローン)、アンドンクラゲ(1ライブラリー、23000クローン)
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Research Products
(4 results)
