2008 Fiscal Year Annual Research Report
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17020008
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
小原 雄治 National Institute of Genetics, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
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| Keywords | ゲノム / cDNAライブラリー / WGS(全ゲノムショットガン) / EST / DNAシーケンサー / アッセンブラ |
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| Research Abstract |
1) 大量シーケンシング体制の構築・改良については、「比較ゲノム」支援班の協力により、線虫及び近縁線虫を用いて次世代シーケンサSOLEXAによるショートリードのde novoアッセンブル解析の試行及び、サンガーリードと併用するハイブリッド法の検討を進めた。またショートリードのゲノム貼り付けのためのソフトウェアの比較、これらによる多型検出(SNP, In/Delなど)のためのビューアを構築した。de novoアッセンブルのためには間隔の大きいメイトペアリードが必要であることから、SOLiD3の導入に向けて検討をおこなった。ドラフト配列の完成に向けたフィニッシングプラットフォームを情報解析支援班の支援で構築し、近縁線虫Diploscapter coronatusの全ゲノム解読(サンガーリードとSOLEXAリード及びフォスミド配列などのハイブリッド)へ試用し、改良を進めた。
2) 大量シーケンシング支援については、全ゲノムショットガンでは、ヒメギボシムシ(500-600Mb)、立襟鞭毛虫(約100Mb)、細胞性粘菌Acytostelium subglobosum(40Mb)を支援し、また、クラミドモナスのフォスミド両端配列決定、近縁メダカ(インドメダカ、ルソンメダカ、ハブシメダカ)の23のフォスミド/BACクローンのドラフト配列決定を支援した。
3) ESTでは、カイコ、ゼニゴケ、細胞性粘菌Acytostelium subglobosum、コムギ、ヒメミカヅキモを支援し、さらに全長cDNA配列のde novo決定のために、EST配列で分類し、代表クローンを混合し、EST配列をアンカーとしてSOEXA等ショートリードによるアッセンブルを行い内部全長配列決定する条件を設定・検討し、線虫cDNAで試行した。
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