2009 Fiscal Year Annual Research Report
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17020008
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
小原 雄治 National Institute of Genetics, 所長 (70135292)
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| Keywords | ゲノム / cDNAライブラリー / 全ゲノムショットガン / EST / DNAシーケンサー / アッセンブラ |
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| Research Abstract |
(1) 大量シーケンシング体制の構築・改良については、「比較ゲノム」領域支援班と協同して引き続き次世代シーケンサI11uminaGAII、SOLiD3による解析システム構築を進めた。これには、SOLEXA等解析結果管理WWWサーバの整備、ショートリードより多型(SNP, In/Delなど)を探索するシステム・ビューアの構築、SOLEXA multiplexingデータ解析システムの開発、cDNA全長シーケンスアセンブルシステムの構築、などが含まれる。また、個人ゲノム解読対応のために入室管理や情報セキュリティ体制を強化したシーケンサー、コンピュータシステムを整備した。加えてde novoアッセンブル推進のために454シーケンサを導入し、ハイブリッドアプローチによる近縁線虫の全ゲノム解読へ試用し、さらに改良を進めた。
(2) 大量シーケンシング支援については、全ゲノムショットガンではヨコヅナクマムシ、近縁線虫について計約240万リードを支援し、また、これらのフォスミド両端配列決定6.5万リードも支援した。ESTでは、ギボシムシ、ヒメミカヅキモ、シャジクモ、ポリプテルス、スサビノリ、近縁線虫について合計約58万リードを支援した。いずれもわが国の特色を生かしたり、研究コミュニティの総力を結集したものといえる。
(3) リソース管理については、本支援班で解析したDNAクローンはオリジナルの他にレプリカを3セット作成し、支援先の要望に応じて支援班においてクローンの研究コミュニティへの配布を代行してきた。
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Research Products
(7 results)
