2005 Fiscal Year Annual Research Report
大量DNAシーケンシングと生命システム比較解明への応用
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17020009
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
小原 雄治 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
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| Keywords | 線虫C.elegans / 胚発生 / 遺伝子発現 / whole mount in situハイブリダイゼーション / RNAi / 計算機モデル / EST解析 / whole genome shotgun sequencing |
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| Research Abstract |
1)線虫発現データベースNEXTDBの拡張
線虫C.elegansについてEST配列・分類、ゲノムとのアラインメントによる遺伝子構造、whole mount in situ法による発現パターン解析(詳細なアノテーション付け)、発現パターンに基づくRNAi解析、などのNEXTDBの内容拡張をおこない、公開した。<http://nematode.lab.nig.ac.jp>これをもとにして、様々な遺伝子の機能研究や共同研究を遂行した。
2)初期胚の力学計算機モデル構築及び細胞形状モデルの半自動生成システム開発
C.elegans初期胚での細胞運命決定には細胞配置に基づく細胞間相互作用が極めて重要である。われわれは細胞配置を再現するシミュレータを構築し,26細胞期までのシミュレーションを行い検証した。また、細胞膜を蛍光染色して共焦点顕微鏡で観察した時系列3次元画像をもとに、半自動的に細胞モデルを構築するシステムの開発を進めた。24〜200細胞期の85時点における画像データに適用し、大部分でほぼ正しい形状モデルを構築できた。
3)近縁線虫の研究
発生過程の多様性および可塑性の遺伝基盤を解析するため、原腸陥入までの細胞配置がC.elegansとは異なる近縁の線虫Diploscapter coronatusについてESTおよびゲノム解析を行った。EST解析の結果、約1万のクラスターに分類され、うち5,800種にC.elegansのホモログが見出された。EST解析を補完するために低カバー率の全ゲノムショットガンシーケンスをおこない、C.elegansゲノムと比較した結果、新たに4,000のC.elegans遺伝子ホモログが見つかった。これらすべての結果はNEXTDB上に統合され、相互参照可能とした。
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