2006 Fiscal Year Annual Research Report
情報科学的アプローチによるタンパク質間のソフトな相互作用の解析法及び予測法の開発
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17048011
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
藤 博幸 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (70192656)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
隈 啓一 京都大学, 化学研究所, 科学技術振興研究員(常勤形態) (10221938)
市原 寿子 京都大学, 化学研究所, 科学技術振興研究員(常勤形態) (50362398)
大安 裕美 大阪大学, 臨床医工学融合研究教育センター, 特任講師 (40362397)
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| Keywords | GPCR / ミラーツリー法 / 正の選択圧 / アミノ酸配列 / 共進化 / 立体構造 |
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| Research Abstract |
(1)ComCとComDに生じた正の選択を利用した相互作用部位の同定
Streptoccoccus属の形質転換を制御するタンパク質にComCとComDがある。ComCは翻訳後に切断されてそのC末がCSPとして分泌されされる。ComDはCSPの受容体として働く。これらは、近縁な株間でさえも配列が多様化しており、正の選択圧が働いている可能性を考え、その検証を2つの方法で行った。いずれの方法でも、ComCのCSP部分、ComDのN末領域、すなわち相互作用部位に正の選択圧が作用していることが示唆された。
(2)共進化情報を利用したタンパク質間相互作用の予測法
タンパク質の相互作用予測法の一つであるミラーツリー法は擬陽性が多い事で知られていた。我々は、この原因をソースの生物種の系統関係の情報であると考え、この情報を射影演算子を用いて除去する方法を昨年度開発した(Sato et al.2005)。今年度は、あるタンパク質の距離行列の要素に対して、そのタンパク質と相互作用の有無を評価しようとしている別のタンパク質を除く、他の全てのタンパク質の距離行列の要素で重回帰を行い、その残差をとった。共進化の強度は、その残差の相関係数(偏相関係数)で評価した。すると、射影演算子を用いた方法よりも感受性が改善された。
(3)GPCR複合体のインターフェイス予測
昨年度開発したGPCR複合体のインターフェイス予測法(Nemoto ＆ Toh,2005)をさらに展開するため、保存残基の三次構造中での密集度を評価する方法の開発を行っており、継続中である。また、GPCRのインターフェイス予測をpeptide mimeticsによって創薬に結びつける可能性を考えた。
Curr.Protein Pept Sci.から総説執筆の依頼があったので、その記事の中で上記予測法やそれに基づいて構築されたデータベースにからめて、インターフェイス予測に基づくドラッグデザインの可能性を議論した。
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