2005 Fiscal Year Annual Research Report
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17059001
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| Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
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Principal Investigator |
村田 智 東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 助教授 (10334533)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
柳田 保子 東京工業大学, 精密工学研究所, 助教授 (10282849)
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| Keywords | DNAタイル / 高信頼セルフアセンブリ / エラー率 / マイクロ流体デバイス / DNA相互作用分子 / RecAタンパク質 |
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| Research Abstract |
1)DNAタイルのセルフアセンブリの高信頼化
DNAタイルを2層化し,上層タイルが下層タイルの結合を制御する方式(Layered Tile Model)の実装に向けて取り組んでいる.今年度は,LTMを簡略化したPTM (Protected Tile Model)とLTMの数値シミュレーションを行い,得られるエラー低減率の精密な見積を行った.また,実際のDNAタイルをもちいたエラー率測定を行うため,最近開発されたDNA-Origamiの手法により4角形構造体を作成してバウンダリー構造とし,この上に調べたいDNAタイルをセルフアセンブルする実験に着手し,従来より大きなDNA結晶が得ることに成功した.今後はその原因などについて考察をすすめてゆく.さらに,DNAセルフアセンブリのためのマイクロ流体デバイスについては,マイクロキャピラリーポンプを利用したデバイスを開発し,流体特性,温度特性など,基本的な機能の確認を行った.さらに,このデバイス中のDNA固定化技術,蛍光強度によるハイブリダイゼーションの測定など,DNAタイルのセルフアセンブリに向けた基礎実験を行った.
2)DNA相互作用分子による機能発現
DNA構造体上に,DNA相互作用分子等の各種ナノ粒子を結合させることにより,一定の機能を有するシステムの構築を目指すことを目的とし,RecAタンパク質とDNAの複合体の作成技術に関する研究を行った.(RecAはニック形成や複製の際に生じた1本鎖DNAとそれに相同な2本鎖DNA間の鎖の交換をATPの加水分解のエネルギーを使って触媒し,DNA鎖状に3本鎖DNA構造を形成する性質をもつ.)本年度は2層化DNAタイルを構成するDNA塩基配列が周期的であることを踏まえ,繰り返し配列を有する鋳型DNAを作成した.またRecAタンパク質と1本鎖プローブDNA複合体による3本鎖領域の周期的配置構造が形成可能であることを確認した.
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