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2007 Fiscal Year Annual Research Report

第一原理オーダーN手法の開発とナノ物質への応用

Research Project

Project/Area Number 17064017
Research InstitutionNational Institute for Materials Science

Principal Investigator

大野 隆央  National Institute for Materials Science, 計算科学センター, センター長 (30344435)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宮崎 剛  独立行政法人物質・材料研究機構, 計算科学センター, 主任研究員 (50354147)
木野 日織  独立行政法人物質・材料研究機構, 計算科学センター, 主任研究員 (70282605)
西野 正理  独立行政法人物質・材料研究機構, 計算科学センター, 主任研究員 (80391217)
奈良 純  独立行政法人物質・材料研究機構, 計算科学センター, 主任研究員 (30354145)
館山 佳尚  独立行政法人物質・材料研究機構, 国際ナノアーキテクトニクス研究拠点, 独立研究者 (70354149)
Keywords大規模第一原理計算 / オーダーN手法 / 大域的安定構造探索 / 伝導特性解析シミュレーション / 有機単分子架橋系 / 酸化還元反応 / 生体系、DNA
Research Abstract

ナノ構造全体を解析できる超大規模第一原理シミュレーション手法は、ナノ物質の示す構造・物性・機能を理解し設計するために不可欠な計算科学技術である。本研究課題では、超大規模解析が可能な第一原理オーダーN手法の開発を中心として、安定構造・反応経路探索法、伝導特性解析法、励起状態解析法等のナノ物質の解析に有効な手法を確立し、ナノバイオ系・ナノ触媒系への適用を図ることを目標としている。本年度は、オーダーN法第一原理計算手法の開発とそれを用いた理論研究として、生体系に対する適用を本格的に開始した。最初に、DNAの単一塩基及び塩基対に対して、様々な局在基底及び交換相関項を用いて構造最適化を行い、最適化構造と安定化エネルギーを求めた。高精度の量子化学計算との比較により、GGA-PBEの交換相関エネルギー項が水素結合に対して高精度を持つ事、小さい局在長を持ったDZP基底によっても十分な精度の計算が可能な事を示した。さらに、水和水を含むDNA-10塩基対(3439原子)からなる巨大系についてオーダーN計算の実現に成功した。密度行列のカットオフ依存性を調べた結果、密度行列最適化手法によるオーダーN法がDNA系に対して極めて高い精度を持つ事が分かった。手法、プログラム開発としては、様々な局在擬原子軌道(PAO)基底を求める手法の開発、PAO計算による安定化エネルギー誤差を補正するプログラムの導入等が行われた。さらに、以前より開発してきた伝導特性解析プログラムを用いて、有機分子架橋系の伝導特性に対する第一原理計算を行い、ビフェニル分子と金属表面間の接続原子の種類による伝導特性の変化を調べた。また、今年度から、第一原理量子モンテカルロ法による研究も開始し、Mnダイマー、Mn酸化物クラスターに対する計算を行った。

  • Research Products

    (47 results)

All 2008 2007

All Journal Article (16 results) (of which Peer Reviewed: 15 results) Presentation (31 results)

  • [Journal Article] Formation mechanism of one-dimensional Si islahd on H/Si (001) surface2008

    • Author(s)
      Jun Nara, et. al.
    • Journal Title

      Phys. Rev. Lett 100

      Pages: 026102-1-026102-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dependence of the Conduction of a Single Biphenyl Dithiol Molecule on the Dihedral Angle between the Phenyl Rings and its Application to a Nano-rectifier2008

    • Author(s)
      Hisashi Kondo, et. al.
    • Journal Title

      J. Chem. Phys. 128

      Pages: 064701-1-064701-7

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical study of the initial oxidation processes on the Si (001) surface2008

    • Author(s)
      Norihiko Takahashi, et. al.
    • Journal Title

      Surf. Sci. 602

      Pages: 768-777

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electron Transport in a pai-Stacking Molecular Chain2008

    • Author(s)
      W. T. Geng, et. al.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B 112

      Pages: 2795-2800

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] "Simple Two-Dimensional Model for the Elastic Origin of Cooperativity among Spin States of Spin-Crossover Complexes"2007

    • Author(s)
      M. Nishino, et. al.
    • Journal Title

      Phys. Rev. Lett. 98

      Pages: 247203-(1-4)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Order-N first-principles calculations with the CONQUEST code2007

    • Author(s)
      M. J. Gillan
    • Journal Title

      COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 177

      Pages: 14-18

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DFT calculations of Ge(105): local basis sets and O (N) methods2007

    • Author(s)
      T. Miyazaki
    • Journal Title

      Phys. Rev. B 76

      Pages: 115327-1-11

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Linear-scaling DFT calculations with the CONQUEST code2007

    • Author(s)
      D. R. Bowler
    • Journal Title

      Psi-K NewsLetter 81

      Pages: 55-68

  • [Journal Article] Free energy calculation of water addition coupled to reduction of aqueous RuO4-2007

    • Author(s)
      Y. Tateyama
    • Journal Title

      J. Chem. Phys. 126

      Pages: 204506

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Probing the Sub-Monolayer Morphology Change in Epitaxial Growth: A Simulation Study2007

    • Author(s)
      M. Itoh
    • Journal Title

      Appl. Phys. Lett. 90

      Pages: 073111-1-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First-Principles Study on Dielectric Properties of Amorphous High-k Materials2007

    • Author(s)
      H. Momida
    • Journal Title

      Jpn. J. Appl. Phys. 46

      Pages: 3255-3260

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dielectric Constants of Amorphous Hafnium Aluminates: First-Principles Study2007

    • Author(s)
      H. Momida
    • Journal Title

      Phys. Re. B. 75

      Pages: 195105-1-10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Link Molecule Method for Quantum Mechnical/Molecular Mechnical Hybrid Simulations2007

    • Author(s)
      Y. Nakamura
    • Journal Title

      J. Comp. Phys. 225

      Pages: 1985-1993

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Growth of Noble Metal Nanostructures on the Bi Nanoline Surface: A First-Principles Study2007

    • Author(s)
      H. Koga
    • Journal Title

      Materials Science and Engineering B 140

      Pages: 160-165

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First-Principles Study of the Stability of Atomic Ag Lines Epitaxial to Self-Assembled Bi Nanoline2007

    • Author(s)
      H. Koga
    • Journal Title

      J. Phys. Condens. Matter 19

      Pages: 266213-1-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First-Principles Study of the Geometry of Ag Nanowires Growing on a Self-Assembled Bi Nanoline2007

    • Author(s)
      H. Koga
    • Journal Title

      J. Phys. Condens. Matter 19

      Pages: 365225-1-7

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 静水圧下のα-(BEDT-TTF)2I3の第一原理電子状態2008

    • Author(s)
      木野日織/KINO Hiori
    • Organizer
      日本物理学会第63回年次大会
    • Place of Presentation
      近畿大学本部キャンパル,大阪府東大阪市,日本(Japan)
    • Year and Date
      20080322-26
  • [Presentation] Novel First-Principles Molecular Dynamics Method for Free Energy Analysis of Redox Reaction2008

    • Author(s)
      Y.Tateyama
    • Organizer
      MANA International Symposium 2008
    • Place of Presentation
      NIMS, Tsukuba
    • Year and Date
      20080310-13
  • [Presentation] 静水圧下のα-(BEDT・TTF)2I3の電子状態2008

    • Author(s)
      木野日織/KINO Hiori
    • Organizer
      強相関電子物性理論研究会
    • Place of Presentation
      湯河原荘,神奈川県足柄下郡湯河原,日本(Japan)
    • Year and Date
      20080211-13
  • [Presentation] GaAs(001)-(1x2)-Ge吸着構造2008

    • Author(s)
      大竹晃浩, ほか
    • Organizer
      第55回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      日本大学(千葉県船橋市)
    • Year and Date
      2008-03-27
  • [Presentation] 金電極に挟まれたビフェニル分子の伝導特性-接続原子依存性-2008

    • Author(s)
      近藤恒, ほか
    • Organizer
      日本物理学会第63回年次大会
    • Place of Presentation
      近畿大学(大阪府東大阪市)
    • Year and Date
      2008-03-26
  • [Presentation] Theoretical Study on F atom diffusion on Si(111)surface2008

    • Author(s)
      Jun Nara, et. al.
    • Organizer
      American Physical Society 2008 March Meeting
    • Place of Presentation
      Morial Convention Center(NewOrleans, USA)
    • Year and Date
      2008-03-11
  • [Presentation] 第一原理計算から見た鉄中の水素ー空孔・欠陥相互作用2008

    • Author(s)
      館山佳尚
    • Organizer
      水素脆化研究の基盤構築フォーラム
    • Place of Presentation
      上智大学、千代田区
    • Year and Date
      2008-03-07
  • [Presentation] "Simple Model of Spin Crossover with Intra and Intermolecular Potentials for the Elastic Origin of Cooperativity-temperature, pressure, and photo-excitation effects-"2008

    • Author(s)
      Masamichi Nishino
    • Organizer
      International Workshop, Phase transition and Dynamical properties of Spin Transition Materials (PDSTM2008), Bordeaux,
    • Place of Presentation
      ICMCB institute of the University of Bordeaux, France
    • Year and Date
      2008-01-16
  • [Presentation] Electronic structure of $\alpha$-(BEDT-TTF)$_2$I$_3$2007

    • Author(s)
      木野日織/KINO Hiori
    • Organizer
      分子性ゼロギャップ物質の新物性
    • Place of Presentation
      京都大学基礎物理学研究所,京都市左京区北白川追分町,日本(Japan)
    • Year and Date
      20071203-04
  • [Presentation] DNA構造計算に向けたオーダーN法第一原理計算2007

    • Author(s)
      大塚教雄
    • Organizer
      第21回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      20071126-28
  • [Presentation] Computational electrochemistry:電気化学反応に対する新規第一原理アプローチ2007

    • Author(s)
      館山佳尚
    • Organizer
      東大物性研短期研究会「物性化学のフロンティア2007」
    • Place of Presentation
      東京大学物性研究所
    • Year and Date
      20071120-22
  • [Presentation] Electronic structure of $\alpha$-(BEDT-TTF)$_2$I$_3$2007

    • Author(s)
      木野日織/KINO Hiori
    • Organizer
      asian10
    • Place of Presentation
      広島大学学士会館,東広島市鏡山一丁目,日本(Japan)
    • Year and Date
      20071029-31
  • [Presentation] DNAの構造と電子状態に対するオーダーN法第一原理計算2007

    • Author(s)
      大塚教雄
    • Organizer
      日本物理学会第62回年次秋季大会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20070921-24
  • [Presentation] 第一原理量子モンテカルロ法におけるMnダイマー,Mn酸化物クラスターの研究2007

    • Author(s)
      木野日織/KINO Hiori
    • Organizer
      2007年日本物理学会秋季大会
    • Place of Presentation
      北海道大学,北海道札幌市,日本(Japan)
    • Year and Date
      20070921-24
  • [Presentation] DFT/TDDFT計算による励起エネルギー過大評価問題2007

    • Author(s)
      館山佳尚、大塚教雄、L. Bernasconi, M. Sprik
    • Organizer
      日本物理学会第62回年次大会
    • Place of Presentation
      北海道大学、札幌
    • Year and Date
      20070921-24
  • [Presentation] DNAの構造と電子状態に対するオーダーN法DFT計算2007

    • Author(s)
      大塚教雄
    • Organizer
      第1回分子科学討論会2007
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20070917-20
  • [Presentation] 酸化還元反応に対するab initio自由エネルギー計算手法の開発2007

    • Author(s)
      館山佳尚、J. Blumberger, 大野隆央, M. Sprik
    • Organizer
      第一回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      20070917-20
  • [Presentation] A DFT study on the structural stability of Ge 3D nanostructures on Si (001) using CONQUEST2007

    • Author(s)
      T. Miyazaki
    • Organizer
      Linear-scaling ab initio calculations: applications and future directions (CECAM)
    • Place of Presentation
      Lyon (France)
    • Year and Date
      20070903-06
  • [Presentation] Water addition along with reduction of aqueous ruthenium complexes by ab initio free energy calculation method for bond breaking/formation coupled to electron transfer2007

    • Author(s)
      Y. Tateyama, J. Blumberger, T. Ohno, M. Sprik
    • Organizer
      American Chemical Society 234th national meeting&exposition
    • Place of Presentation
      Boston Convention & Exhibition Center, Boston, MA
    • Year and Date
      20070819-23
  • [Presentation] Developments and applications of a linear-scaling DFT code CONQUEST2007

    • Author(s)
      T. Miyazaki
    • Organizer
      Foundations and Applications of the Density Functional Theory
    • Place of Presentation
      Kashiwa (Japan)
    • Year and Date
      20070801-03
  • [Presentation] Density-functional constrained molecular dynamics energy gap(DF-CMD-EG)method for free energy calculation of chemical reaction coupled to electron transfer2007

    • Author(s)
      Y.Tateyama
    • Organizer
      FADFT2007
    • Place of Presentation
      ISSP, The University of Tokyo, Kashiwa
    • Year and Date
      20070801-03
  • [Presentation] Mn分子,Mn-oxyde clusterのQMC計算2007

    • Author(s)
      木野日織/KINO Hiori
    • Organizer
      大規模・高精度電子状態計算手法に関する研究会
    • Place of Presentation
      (独)物質・材料研究機構並木共同研究棟4階大ゼミナール室,茨城県つくば市,日本(Japan)
    • Year and Date
      20070724-28
  • [Presentation] 電子移動に伴う結合開裂・形成反応向けの第一原理自由エネルギー計算手法の開発2007

    • Author(s)
      館山佳尚
    • Organizer
      「次世代ナノ情報機能・材料」成果報告会
    • Place of Presentation
      東京大学小柴ホール、文京区
    • Year and Date
      20070713-14
  • [Presentation] Theoretical Stutdy of nanosize current switching device, using styrene molecule on H-terminated Si(100)surfaces2007

    • Author(s)
      Masato Oda, et. al.
    • Organizer
      9th International Conference on Atomically Controlled Surfaces
    • Place of Presentation
      University of Tokyo(Tokyo,Japan)
    • Year and Date
      2007-11-11
  • [Presentation] Transport Properties of Iron-porphyrin Complexes Sandwiched between Au Surfaces2007

    • Author(s)
      Hisashi Kondo, et. al.
    • Organizer
      9th International Conference on Atomically Controlled Surfaces
    • Place of Presentation
      University of Tokyo(Tokyo,Japan)
    • Year and Date
      2007-11-11
  • [Presentation] Si(111)表面上のF原子拡散2007

    • Author(s)
      奈良純, ほか
    • Organizer
      平成19年度東北大学電気通信研究所共同プロジェクト研究会
    • Place of Presentation
      パレス松島(宮城県宮城郡松島町)
    • Year and Date
      2007-10-26
  • [Presentation] "光誘起相転移現象を示すスピンクロスオーバー系の弾性的相互作用による協力現象の解析"2007

    • Author(s)
      西野正理, 他
    • Organizer
      日本物理学会2007年 秋季大会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2007-09-21
  • [Presentation] ナノ電流スイッチに関する理論的研究2007

    • Author(s)
      小田将人, ほか
    • Organizer
      日本物理学会 第62回年次大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌市)
    • Year and Date
      2007-09-21
  • [Presentation] Siに挟まれたSiO2薄膜の電子状態計算2007

    • Author(s)
      奈良純, ほか
    • Organizer
      2007年秋季 第68回応用物理学会学術講演会
    • Place of Presentation
      北海道工業大学(札幌市)
    • Year and Date
      2007-09-04
  • [Presentation] アモルファスAl2O3中における水素の存在状態に関する理論的検討2007

    • Author(s)
      浅利裕介, ほか
    • Organizer
      2007年秋季 第68回応用物理学会学術講演会
    • Place of Presentation
      北海道工業大学(札幌市)
    • Year and Date
      2007-09-04
  • [Presentation] "光により誘起される磁気秩序およびスピンクロスオーバーのダイナミクス"2007

    • Author(s)
      西野正理
    • Organizer
      JST CREST 「高度情報処理・通信の実現に向けたナノ構造体材料の制御」 理論から探る磁性科学の展望
    • Place of Presentation
      東大院理
    • Year and Date
      2007-08-02

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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