2006 Fiscal Year Annual Research Report
ライフサーベイヤをめざしたデジタル精密計測技術の開発
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17066002
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture and Technology |
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Principal Investigator |
神原 秀記 東京農工大学, 大学院工学府, 講師 (20397011)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
竹山 春子 東京農工大学, 大学院共生科学技術研究院, 教授 (60262234)
珠玖 仁 東北大学, 大学院環境科学研究科, 助教授 (10361164)
小畠 英理 東京工業大学, 大学院大学院生命理工学研究科, 助教授 (00225484)
秋山 泰 独立行政法人産業技術研究所, 生命情報科学研究センター, 研究センター長 (30243091)
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| Keywords | ライフサーベイヤ / I細胞解析 / デジタル精密解析 / パイロシークエンス / 磁気ビーズ / RNA回収 / RNA検出 / バイオインフォマティクス |
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| Research Abstract |
神原、竹山のグループでは、微量サンプルからの遺伝子増幅技術及びパイロシーケンシングの要素技術開発を行った。全mRNAを網羅するために、ビーズ上にプライマーを固定化し、固相上で遺伝子増幅可能であることを示した。またパイロシークエンシングで用いる2種類の酵素をナノ磁性ビーズ上へ集積化し、近接場で連続的な酵素反応を行うことで塩基伸長時に生成されるピロリン酸の効率的な検出が行えた。
珠玖のグループでは、金属被覆ガラスキャピラリ電極プローブに電圧パルスを印加して狙った1細胞を破砕し、mRNAの定量解析をRT-Realtime-PCRにより実現した。流体プローブを開発し、狙った1細胞にのみCell Lysis Bufferを作用させて回収し、1細胞由来mRNAを定量した。組織から極微量の細胞を採集するモデル系として、3次元培養系にて1細胞塊の回収・mRNA定量解析に成功した。
小畠のグループでは、Firefly luciferaseを様々な部位で分割したsplit-luciferaseを設計し、その間にRNA結合ペプチドを挿入した新たな人工タンパク質を構築した。これらのタンパク質はRNAの結合により、RNA結合ペプチドの構造変化が誘起され、両末端に配置したsplit-luciferaseの距離が変化することにより、発光シグナルに変化が生じることが明らかになった。また特定RNAの定量分析が可能であることも明示された。
秋山のグループでは、大量のcDNA配列から遺伝子ごとのデジタルカウントを得るためのデータ処理システムのプロトタイプを作成した。ヒトゲノムに対して高速に断片配列を貼り付けるため、BLATアルゴリズムを利用し、UCSCブラウザを改造した独自システムを作成した。性能評価に用いる模擬データとして、タイリングアレイによるヒトRNA発現データを転用して約50万配列を作成した。
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