• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2005 Fiscal Year Annual Research Report

生体シグナル解析用分子材料群の創製

Research Project

Project/Area Number 17066005
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

浜地 格  京都大学, 工学研究科, 教授 (90202259)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三原 久和  東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (30183966)
杉本 直己  甲南大学, 理工学部, 教授 (60206430)
養王田 正文  東京農工大学, 共生科学技術研究部, 教授 (50250105)
金原 数  東京大学, 工学系研究科, 講師 (30282578)
Keywordsバイオセンサー / DNA構造変化 / 分子クラウディング / ペプチドアレイ / 化合物ライブラリー / 分子認識 / 量子ドット / 機能性タンパク質
Research Abstract

浜地は、分子センサーとして細胞表層の糖鎖を可視化イメージングできる蛍光性バイオセンサーの構築手法を確立し、乳がん細胞の表層のハイマンノース型糖脂質の可視化に成功した。また、超分子ヒドロゲルアレイが、生体機能小分子であるATPをはじめとする各種リン酸アニオン種のハイスループットなセンシングに有効であることを実証した。
また杉本を中心に、DNAが形成する高次構造(二重鎖・三重鎖・四重鎖)に対する細胞内環境として考慮すべき重要な要素である分子クラウディング効果を定量的に調べた結果、ポリエチレングリコールやグリセロール等の共存分子はWatson-Crick構造を不安定化させるが、Hoogsteen構造は逆に不安定化させることが明らかとなった。三原は、生体シグナル解析用のペプチドチップ創成のためにタンパク質解析用ドライペプチドアレイフォーマットを確立し、また新規のタンパク質特異的リガンド探索システムを構築するためのペプチドライブラリ(200種ヘリックスペプチド)を設計・合成することに成功した。養王田は、分子認識Toolとしての利用が期待できるプレフォルディンの機能・構造の解明と利用技術の開発を行った。Pyrococcus由来プレフォルディンの末端のαヘリックスの向きを変えることにより変性タンパク質捕獲能を変えることができることを発見した。また、CdSe量子ドットを捕獲し、水中での凝集を防ぐ能力があることを発見した。さらに、Thermococcusのプレフォルディンの発現、精製、機能解析にも成功した。金原は、大腸菌由来のシヤペロニンGroEL機能化の一環として、スピロピランを導入したシャペロニンに紫外可視光照射することにより、GroESの脱着を制御することに成功した。その結果、可逆的に変性タンパク質のリフォールディング活性を制御できることを明らかにした。

  • Research Products

    (32 results)

All 2006 2005

All Journal Article (30 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Label-Free Real-Time Glycosyltransferase Assay Based on a Fluorescent Artificial Chemosensor,2006

    • Author(s)
      J.WONGKONGKATEP, Y.MIYAHARA, A.OJIDDA, I.HAMACHI
    • Journal Title

      Angew.Chem., Int.Ed., 45

      Pages: 665-668

  • [Journal Article] Mechanical twisting of a guest by a synthetic molecular machine2006

    • Author(s)
      T.Muraoka, K.Kinbara, T.Aida
    • Journal Title

      Nature (印刷中)

  • [Journal Article] Semibiological Molecular Machine with an Implemented "AND" Logic Gate for Regulation of Protein Folding2006

    • Author(s)
      S.Muramatsu, K.Kinbara, H.Taguchi, N.Ishii, T.Aida
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 128(印刷中)

  • [Journal Article] Effective Disruption of Phosphoprotein-Protein Surface Interaction Using Zn(II)Dipicolylamine-Based Artificial Receptors via Two-Point Interaction,2006

    • Author(s)
      A.OJIDA, M.INOUE, Y.MITO-OKA, H.TSUTUMI, K.SADA, I.HAMACHI
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc., 128

      Pages: 2052-2058

  • [Journal Article] Design and Synthesis of Bis(Zn(II)-dipicolylamine)-based Fluorescent Artificial Chemosensors for Phosphorylated Proteins/peptides,2006

    • Author(s)
      A.OJIDA, I.HAMACHI
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Japan., 1

      Pages: 35-46

  • [Journal Article] One-pot and Sequential Organic Chemistry on an Enzyme Surface to Tether a Fluorescent Probe at the Proximity of the Active Site with Restoring Enzyme Activity,2006

    • Author(s)
      Y.TAKAOKA, H.TSUTSUMI, N.KASAGI, E.NAKATA, I.HAMACHI
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc., 128

      Pages: 3273-3280

  • [Journal Article] A DNA duplex with Extremely Enhanced Thermal Stability Based on Controlled Immobilization on Gold Nanoparticles2006

    • Author(s)
      K.Akamatsu, M.Kimura, Y.Shibata, S.Nakano, D.Miyoshi, H.Nawafune, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Nano Lett. 6(印刷中)

  • [Journal Article] Simple and Practical Semi-wet Protein/Peptide Array Utilizing a Micelle-mixed Agarose Hydrogel,2005

    • Author(s)
      S.TAMARU, S.YAMAGUCHI, I.HAMACHI
    • Journal Title

      Chem.Lett. 34

      Pages: 294-295

  • [Journal Article] Luminescent Saccharide Biosensor by Using Lanthanide-Bound Lectin Labeled with Fluorescein,2005

    • Author(s)
      Y.KOSHI, E.NAKATA, I.HAMACHI
    • Journal Title

      Chem Bio Chem, 6(8)

      Pages: 1349-1352

  • [Journal Article] Cooperation between Artificial Receptor and Supramolecular Hydrogel for Sensing and Discriminating Phosphate Derivatives,2005

    • Author(s)
      S.YAMAGUCHI, I.YOSHEIMURA, T.KOHIRA, S.TAMARU, I.HAMACHI
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc., 127

      Pages: 11835-11841

  • [Journal Article] Three Distinct Reading-out Modes for Enzyme Acticity can be Operated in Semi-wet Supramolecular Hydrogel,2005

    • Author(s)
      S.TAMARU, S.KIYONAKA, I.HAMACHI
    • Journal Title

      Chem.Eur.J., 11

      Pages: 7294-7304

  • [Journal Article] Double-Modification of Lectin Using Two Distinct Chemistries for Fluorescent Ratiometric Sensing and Imaging Saccharides in Test Tube or in Cell,2005

    • Author(s)
      E.NAKATA, Y.KOSHI, E.KOGA, Y.KATAYAMA, I.HAMACHI
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc., 127(38),

      Pages: 13253-13261

  • [Journal Article] Roles of Mg^<2+> in TPP-dependent riboswitch2005

    • Author(s)
      T.Yamauchi, D.Miyoshi, T.Kubodera, A.Nishimura, S.Nakai, N.Sugimoto
    • Journal Title

      FEBS Lett. 579

      Pages: 2583-2588

  • [Journal Article] Drastic Effect of a Single Base Difference between Human and Tetrahymena Telomere Sequences on Their Structures under Molecular Crowding Conditions2005

    • Author(s)
      D.Miyoshi, H.Karimata, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed.Engl. 44

      Pages: 3740-3744

  • [Journal Article] Towards Intelligent Molecular Machines : Directed Motions of Biological and Artificial Molecules and Assemblies2005

    • Author(s)
      K.Kinbara, T.Aida
    • Journal Title

      Chem.Rev. 105

      Pages: 1377

  • [Journal Article] シャペロニンを利用した動的機能材料2005

    • Author(s)
      金原 数
    • Journal Title

      高分子 54

      Pages: 82

  • [Journal Article] A Designed Glycopeptide Array for Characterization of Sugar-Binding Proteins Toward a Glycopeptide Chip Technology2005

    • Author(s)
      Kenji Usui, Hisakazu.Mihara
    • Journal Title

      NanoBiotechnology 1

      Pages: 191-200

  • [Journal Article] Anomalous Reflection of Gold Applicable for a Practical Protein-detecting Chip Platform2005

    • Author(s)
      Shinya Watanabe, Hisakazu.Mihara
    • Journal Title

      Molecular BioSystems 1

      Pages: 363-365

  • [Journal Article] Facilitated release of substrate protein from prefoldin by chaperonin2005

    • Author(s)
      Zako, T., R.Iizuka, M.Okochi, T.Nomura, T.Ueno, H.Tadakuma, M.Yohda, T.Funatsu.
    • Journal Title

      FEBS Lett 579

      Pages: 3718-3724

  • [Journal Article] Interaction of a small heat shock protein of the fission yeast, Schizosaccharomyces pombe, with a denatured protein at elevated temperature2005

    • Author(s)
      Hirose,.M., H.Tohda, Y.Giga-Hama, R.Tsushima, T.Zako, R.Iizuka, C.Pack, M.Kinjo, N.Ishii, M.Yohda.
    • Journal Title

      J Biol Chem 280

      Pages: 32586-32593

  • [Journal Article] Characterization of archaeal group II chaperonin-ADP-metal fluoride complexes : implications that group II chaperonins operate as a "two-stroke engine"2005

    • Author(s)
      Iizuka, R., T.Yoshida, N.Ishii, T.Zako, K.Takahashi, K.Maki, T.Inobe, K.Kuwajima, M.Yohda.
    • Journal Title

      J Biol Chem 280

      Pages: 40375-40383

  • [Journal Article] Molecular characterization of the group II chaperonin from the hyperthermophilic archaeum Pyrococcus horikoshii OT32005

    • Author(s)
      Okochi, M, H.Matsuzaki, T.Nomura, N.Ishii, M.Yohda.
    • Journal Title

      Extremophiles 9

      Pages: 127-134

  • [Journal Article] DNA Base Flipping by a Base Pair-Mimic Nucleoside2005

    • Author(s)
      S.Nakano, Y.Uotani, K.Uenishi, M.Fujii, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 33

      Pages: 7111-7119

  • [Journal Article] Nucleic acid with guanidinum modification exhibits efficient cellular uptake2005

    • Author(s)
      T.Ohmichi, M.Kuwahara, N.Sasaki, M.Hasegawa, T.Nishikata, H.Sawai, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed.Engl. 44

      Pages: 6682-6685

  • [Journal Article] Structural switch of telomere DNA by pH and monovalent cation2005

    • Author(s)
      M.Inoue, D.Miyoshi, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp.Ser. 49

      Pages: 243-244

  • [Journal Article] Conformational switch of oligonucleotides induced by spermine2005

    • Author(s)
      T.Kirihata, S.Nakano, S.Fujii, M.Matsumoto, M.Kuwahara, H.Sawai, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp.Ser. 49

      Pages: 241-242

  • [Journal Article] Structure and stability of DNA quadruplexes under molecular crowding conditions2005

    • Author(s)
      H.Karimata, D.Miyoshi, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp.Ser. 49

      Pages: 239-240

  • [Journal Article] DNA nanowire sensitive to the surrounding condition2005

    • Author(s)
      D.Miyoshi, Z.-M.Wang, H.Karimata, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp.Ser. 49

      Pages: 43-44

  • [Journal Article] An SPR Sensor Chip for sensitive Detection of Small Molecules Using Molecularly Imprinted Polymer with Embedded Gold Nanoparticle2005

    • Author(s)
      J.Matsui, K.Akamatsu, N.Hara, D.Miyoshi, H.Nawafune, K.Tamaki, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Anal.Chem. 77

      Pages: 4282-4285

  • [Journal Article] DNA-Based Biosensor for Monitoring pH In Vitro and Living Cells2005

    • Author(s)
      T.Ohmichi, Y.Kawamoto, P.Wu, D.Miyoshi, H.Karimata, N.Sugimoto
    • Journal Title

      Biochemistry 44

      Pages: 7125-7130

  • [Book] 生物物理(タイトル:分子クラウディング環境は生命分子の物性と機能をいかに変えるか)2006

    • Author(s)
      中野修一, 杉本直己
    • Publisher
      生物理学会誌(印刷中)
  • [Book] 細胞工学(タイトル:量子ドット(Q-dot)の基礎とナノバイオエンジニアリング)2005

    • Author(s)
      赤松謙祐, 鶴岡孝章, 縄舟秀美, 杉本直己
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      秀潤社

URL: 

Published: 2007-04-02   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi