2008 Fiscal Year Annual Research Report
Project/Area Number |
17066005
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Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
浜地 格 Kyoto University, 工学研究科, 教授 (90202259)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三原 久和 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (30183966)
杉本 直己 甲南大学, 理工学部, 教授 (60206430)
養王田 正文 東京農工大学, 共生科学技術研究部, 教授 (50250105)
金原 数 東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (30282578)
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Keywords | バイオセンサー / DNA構造変化 / 分子クラウディング / ペプチドアレイ / 化合物ライブラリー / 分子認識 / 化学センサー / 機能性タンパク質 |
Research Abstract |
A01班では、新しい人工分子や機能性材料の定量的パラメーターを用いた分子設計による合成と開発, その特性の解析と生体シグナル解析への利用というアプローチで多様な細胞内シグナルとなる物質群の網羅的解析に必要となる機能性分子群の創製を遂行している。その中で、浜地は、平成18年度までに成功したリン酸化タンパク質結合性の人工合成プローブを基体として細胞内でも使用できるATPに対する蛍光センサーの開発に成功した。また超分子ヒドロゲルとナノ細孔を有するMCMをハイブリッドしたアニオン性多糖類センサーチップの構築に成功した。杉本は、細胞内環境因子が核酸の構造安定性に及ぼす影響を定量的に検討し、水和状態によって核酸の構造と熱力学的安定性が劇的に変化することを見出した。この知見をもとにして、分子クラウディグ、金属イオン、代謝産物、光などに応答して細胞の機能を制御できる核酸スイッチを開発した。三原は、ペプチドチップの創製において、ヘリックス構造ペプチドライブラリを用いた細胞挿入活性リガンドのスクリーニング系の構築に成功した。さらに金の異常反射を利用したラベルフリー検出システムの構築にも高感度化を達成した。養王田はThermococcus由来プレフォルディンのα1β1ヘキサマー、β2テトラマーのX線結晶構造を解析した。また、α2β2ヘキサマーの結晶を得ることにも成功し、X線回折データも取得し、構造解析を行っている。これらは分子ツール開発の基礎データになる。また、GPCR受容体結合ペプチド配列を導入したプレフォルディンの特性解析を行った。金原は生体分子を超分子化学的に修飾する「分子糊」を開発し、これを用いて微小管の固定化に成功した。また、筒状タンパク質であるシャペロニンの化学修飾により、これらが直線状に連結したチューブ状ナノ構造体の形成に成功した。さらに、このナノチューブ内に変性タンパク質をはじめとするゲストを導入できることを見いだした。
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Research Products
(100 results)
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[Journal Article] Characterization of a sHsp of Schizosaccharomyces pombe, SpHsp15.8, and the implication of its functional mechanism by comparison with another sHsp, SpHsp16.02009
Author(s)
Sugino, C., Hirose, M., Tohda, H., Yoshinari, Y., Abe, T., Giga-Hama, Y., Iizukai, R., Shimizu, M., Kidokoro, S., Ishii, N. Yohda, M.
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Journal Title
Peer Reviewed
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[Journal Article] Photo gel-sol/sol-gel transition and its patterning of a supramolecular hydrogel as stimuli-respnsive biomaterials2008
Author(s)
S. Matsumoto, S. Yamaguchi, S. Ueno, H. Komatsu, M. Ikeda, K. Ishizuka, Y. Iko, K. V. Tabata, H. Aoki, S. Ito, H. Noii, I. Hamachi
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Journal Title
Chem. -A Euro. J. 14
Pages: 3977-3986
Peer Reviewed
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[Journal Article] Conformation and the sodium ion condensation on DNA and RNA structures in the presence of a neutral cosolute as a mimic of the intracellular media2008
Author(s)
S. Nakano, L. Wu, H. Oka, H. T. Karimata, T. Kirihata, Y. Sato, S. Fujii, H. Sakai, M. Kuwahara, H. Sawai, N. Sugimoto
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Journal Title
Mol. BioSys t. (Emerging Investigators issue) 4
Pages: 579-588
Peer Reviewed
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[Journal Article] Novel catalytic activity of nitrile hydratase from Rhodococcus sp. N7712008
Author(s)
Taniguchi, K., Murata, K., Murakami, J., Takahashi, S., Nakamura, T., Hashimoto, K., Koshino, H., Dohmae, N., Yohda, M., Hirose, T., Maeda, M. Odaka, M.
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Journal Title
J Biosci Bioeng 106
Pages: 174-179
Peer Reviewed
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[Journal Article] Role of the IXI/V motif in oligomer assembly and function of StHsp14.0, a small heat shock protein from the acidothermophilic archaeon, Sulfolobus tokodaii strain 72008
Author(s)
Saji, H., Iizuka, R., Yoshida, T., Abe, T., Kidokoro, S., Ishii, N. Hohda, M.
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Journal Title
Proteins 71
Pages: 771-782
Peer Reviewed
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[Journal Article] Structure of aspartate racemase complexed with a dual substrate analogue, citric acid, and implications for the reaction mechanism2008
Author(s)
Ohtaki, A., Nakano, Y., Iizuka, R., Arakawa, T., Yamada, K., Odaka, M. Yohda, M.
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Journal Title
Proteins 70
Pages: 1167-1174
Peer Reviewed
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[Journal Article] Modulation of redox potential and alteration in reactivity via the peroxide shunt pathway by mutation of cytochrome P450 around the proximal heme ligand2008
Author(s)
Matsumura, H., Wakatabi, M., Omi, S., Ohtaki, A., Nakamura, N., Yohda, M. Ohno, H
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Journal Title
Biochemistry 47
Pages: 4834-4842
Peer Reviewed
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[Journal Article] Dynamics of group II chaperonin and prefoldin probed by 13C NMR spectroscopy2008
Author(s)
Kurimoto, E., Nishi, Y., Yamaguchi, Y., Zako, T., Iizuka, R., Ide, Yohda, M. Kato, K.
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Journal Title
Proteins 70
Pages: 1257-1263
Peer Reviewed
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[Journal Article] Structural and molecular characterization of the prefoldin beta subunit from Thermococcus strain KS-12008
Author(s)
Kida, H., Sugano, Y., Iizuka, R., Fujihashi, M., Yohda, M. Miki, K.
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Journal Title
J Mol Biol 383
Pages: 465-474
Peer Reviewed
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[Journal Article] Sequential action of ATP-dependent subunit conformational change and interaction between helical protrusions in the closure of the built-in lid of group II chaperonins2008
Author(s)
Kanzaki, T., Iizuka, R., Takahashi, K., Maki, K., Masuda, R., Sahlan, M., Yebenes, H., Valpuesta, J. M., Oka, T., Furutani, M., Ishii, N., Kuwajima, K. Yohda, M.
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Journal Title
J Biol Chem 283
Pages: 34773-34784
Peer Reviewed
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[Journal Article] Functional characterization of recombinant prefoldin complexes from a hyperthermophilic archaeon, Thermococcus sp. strain KS-12008
Author(s)
Iizuka, R., Sugano, Y., Ide, N., Ohtaki, A., Yoshida, T., Fujiwara, S., Imanaka, T. Yohda, M.
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Journal Title
J Mol Biol 377
Pages: 972-983
Peer Reviewed
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[Journal Article] Catalytic mechanism of nitrile hydratase proposed by time-resolved X-ray crystallography using a novel substrate, tart-butysionitrile2008
Author(s)
Hashimoto, K., Suzuki, H., Taniguchi, K., Noguchi, T., Yohda, M. Odaka, M.
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Journal Title
J Biol Chem 283
Pages: 36617-36623
Peer Reviewed
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