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2009 Fiscal Year Annual Research Report

創発性を示す人工モデル細胞系の構築

Research Project

Project/Area Number 17076007
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

吉川 研一  Kyoto University, 大学院・理学研究科, 教授 (80110823)

Keywordsリポソーム / 人工細胞モデル / その場観察 / DNA折り畳み転移 / 自己組織化 / ナノ構造制御 / ミクロ液的 / レーザーピンセット
Research Abstract

本特定領域研究の最大の研究目的は、非平衡開放条件下、自律的に時間発展する人工モデル細胞系の構築をすることにある。そのために試験管内、及び細胞サイズ膜空間内での機能性複合体の再構築と、そのイメージングやハンドリング技術、物理化学的測定を可能にする系の開発を行ってきた。具体的には、ナノからセンチメートルスケールの階層的操作技術を活用して「試験管内における染色体再構成」、「DNA高次構造変化に伴う転写・翻訳活性の制御」、「モデル細胞系内部でのDNA及びタンパク質のダイナミクス」の研究を実施してきた。特に、最終年度である本年度は、これまでに蓄積した研究成果のより詳細な物理化学的検証として、(1)ヌクレオソーム再構成におけるDNA構造の影響、及び(2)人工モデル細胞系における膜分子のダイナミクス、についての検討を行った。
(1) 線状DNAと環状DNAを用いて試験管内ヌクレオソーム再構成を行い、その構造をナノメートルスケールでの観察技術であるAFMを用いて行った。結果、環状DNAでは線状DNAよりヌクレオソームをより効率的に生成することが明らかとなった。このことは、細胞内でもゲノムDNAのトポロジー的性質がヌクレオソーム形成に何らかの優位な影響を与えている事を示唆していると考えられる。
(2) モデル細胞内外液の粘性差が膜面上の易動度に与える影響についての検討をマイクロメートルスケールでの物理化学的測定技術であるFRAPを用いて実施した。結果、内外液の粘度が一致するときに膜面内の拡散係数が数倍大きくなることを見出した。3次元空間に埋め込まれた2次元膜の特質であると考えられ、このことは細胞の動的機能とも深く関わっている可能性があり、学問的に重要な発見であるといえる。

  • Research Products

    (22 results)

All 2010 2009

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (15 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Mismatch of bulk viscosity reduces interfacial diffusivity at an aqueous-oil system2010

    • Author(s)
      M.Negishi, T.Sakaue, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Physical Review E 81

      Pages: 020901/1-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cooperation between Giant DNA Molecules and Actin Filaments in a Micro-Sphere2010

    • Author(s)
      M.Negishi, T.Sakaue, K.Takiguchi, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Physical Review E (印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermo-Switching of the Conformation of Genomic DNA in Solutions of Poly (-isopropylacrylamide)2010

    • Author(s)
      C.Ning, A.A.Zinchenko, S.Kidoaki, S.Murata, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Langmuir 26

      Pages: 2995-2998

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleosomal arrays reconstituted from ring and linear DNA2009

    • Author(s)
      S.Araki, K.Hizume, T.Iwaki, Y.Suzuki, K.Takeyasu, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters 479

      Pages: 284-289

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Removal of histone tails from nucleosome dissects the physical mechanisms of salt-induced aggregation, linker histone H1-induced compaction, and 30-nm fiber formation of the nucleosome array2009

    • Author(s)
      K.Hizume, T.Nakai, S.Araki, E.Prieto, K.Yoshikawa, K.Takeyasu.
    • Journal Title

      Ultramicroscopy 109

      Pages: 868-873

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein Synthesis in Giant Liposomes Using the in Vitro Translation System of Thermococcus Kodakaraensis2009

    • Author(s)
      K.Yamaji, T.Kanai, S.Y.Nomura, K.Akiyoshi, Y.Negishi, C.Yong, H.Atomi, K.Yoshikawa, T. Imanaka
    • Journal Title

      IEEE Transactions on NanoBioscience 8

      Pages: 325-331

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 生体高分子混合系の細胞サイズ空間特異性2010

    • Author(s)
      根岸真紀子, 吉川研一
    • Organizer
      日本化学会大90回春季念会
    • Place of Presentation
      近畿大学
    • Year and Date
      2010-03-27
  • [Presentation] Enhancement of phyotocontrolled DNA compaction by negaticely charged nanoparticles2010

    • Author(s)
      Sergii RUDIUK, Damien Baigl, 吉川研一
    • Organizer
      日本物理学会第63回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス
    • Year and Date
      2010-03-23
  • [Presentation] ミクロ空間内で高分子混合系が示す特異的な相変化2010

    • Author(s)
      根岸真紀子, 市川正敏, 吉川研一
    • Organizer
      日本物理学会第63回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス
    • Year and Date
      2010-03-23
  • [Presentation] Active and passive control of disordered heart-activity2010

    • Author(s)
      M.Horning
    • Organizer
      特定領域「バイオ操作」第8回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      九州大学医学部百年講堂
    • Year and Date
      2010-03-11
  • [Presentation] 創発性を示す人工モデル細胞系の構築:DNAを中心に2010

    • Author(s)
      佐藤祐子, 久保康児, 進藤恵理, 劉莉, 市川正敏, 石浜明, 吉川祐子, 吉川研一
    • Organizer
      特定領域「バイオ操作」第8回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      九州大学医学部百年講堂
    • Year and Date
      2010-03-11
  • [Presentation] 創発性を示す人工モデル細胞系の構築:Liposomeを中心に2010

    • Author(s)
      根岸真紀子, 加藤絢子, 山田彩子, 長谷政彦, 山中透, 荒木須美子, 吉川研一
    • Organizer
      特定領域「バイオ操作」第8回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      九州大学医学部百年講堂
    • Year and Date
      2010-03-11
  • [Presentation] Control of cardiomyocyte-tissue excitability by change of substrate properties2010

    • Author(s)
      M.Horning, T.Kawano, M.Ichikawa, S.Kidoaki, K.Yoshikawa
    • Organizer
      特定領域「バイオ操作」第8回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      九州大学医学部百年講堂
    • Year and Date
      2010-03-11
  • [Presentation] クロマチン階層構造のダイナミクス2009

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフイコ横浜
    • Year and Date
      2009-12-12
  • [Presentation] Lively dynamic pattern formation in an active liquid film2009

    • Author(s)
      陳永軍, 長峯祐子、吉川研
    • Organizer
      第68回形の科学シンポジウム「かたちが生みだす機能,機能を発揮するかたち」
    • Place of Presentation
      獨協医科大学
    • Year and Date
      2009-11-22
  • [Presentation] Crosstalk between giant DNA and actin filament in a model celluar system2009

    • Author(s)
      M.Negishi, T.Sakaue, K.Takiguchi, K.Yoshikawa
    • Organizer
      MHS2009 & Micro-Nano COE
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念館
    • Year and Date
      2009-11-11
  • [Presentation] Interaction of genome-size DNA with phospholipid membrane in a cell-sized micro-watersphere as a model cellular system2009

    • Author(s)
      A.Kato, K.Juni, Y.Morimoto, A.Tsuji, K.Yoshikawa
    • Organizer
      MHS2009 & Micro-Nano COE
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念館
    • Year and Date
      2009-11-11
  • [Presentation] 負荷電高分子混合系における微小空間拘束特異性の発現2009

    • Author(s)
      根岸真紀子, 吉川研一
    • Organizer
      日本物理学会2009年秋季大会
    • Place of Presentation
      熊本大学黒髪キャンパス
    • Year and Date
      2009-09-25
  • [Presentation] 筒状ベシクルにおける周期的ドメイン2009

    • Author(s)
      柳澤実穂,今井正幸, 谷口貴志
    • Organizer
      特定領域「バイオ操作」若手ワークショップ
    • Place of Presentation
      新さっぽろアークシティホテル
    • Year and Date
      2009-05-12
  • [Presentation] 細胞サイズのリン脂質ベシクル内におけるゲノムサイズDNAの高次構造変化2009

    • Author(s)
      加藤絢子
    • Organizer
      特定領域「バイオ操作」若手ワークショップ
    • Place of Presentation
      新さっぽろアークシティホテル
    • Year and Date
      2009-05-12
  • [Presentation] 細胞サイズリン脂質膜空間でのGiantDNAとF-acitnのクロストーク2009

    • Author(s)
      根岸真紀子
    • Organizer
      特定領域「バイオ操作」若手ワークショップ
    • Place of Presentation
      新さっぽろアークシティホテル
    • Year and Date
      2009-05-12
  • [Book] Methods in Enzymology(Construction of Cell-Sized Liposomes Encapsulating Actin and Actin-Cross-Linking Proteins)2009

    • Author(s)
      K.Takiguchi, A.Yamada, M.Negishi, M.Honda, Y.Tanaka-Takiguchi, K.Yoshikawa
    • Total Pages
      22

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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