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2007 Fiscal Year Annual Research Report

自由エネルギー解析法の開発と糖鎖構造計算ライブラリーの構築

Research Project

Project/Area Number 17300093
Research InstitutionYokohama National University

Principal Investigator

上田 一義  Yokohama National University, 大学院・工学研究院, 教授 (40223458)

Keywords糖鎖構造 / 分子シミュレーション / 自由エネルギー / バイオインフォマティックス
Research Abstract

本研究は、溶液中における糖鎖の立体構造解析を分子動力学コンピューター・シミュレーション法により行うものである。その新しい方法としてアンブレラサンプリングの方法を適用した自由エネルギー解析法を開発することを目的とした。この方法は、これまで糖鎖の立体構造解析がほとんど真空中で行われていたのに対し、溶媒分子との相互作用を考慮に入れた溶液中における糖鎖の立体構造を解析する方法を提供するものである。この方法と通常の分子動力学シミュレーションを組み合わせてグリコプロテインなどの立体構造解析を行い、今後のバイオ研究において益々重要になると思われる糖鎖の構造と機能、さらには構造予測の研究を進めたい。
19年度の研究実績として、糖鎖のエネルギーマップを作成した。ターゲット糖鎖として免疫グロブリンに結合した糖鎖を選び、その糖鎖を構成する多種類の2糖の立体構造を全て決定した。決定した2糖単位はグリコプロテインの代表的構成単位を含んでおり、「糖鎖構造計算ライブラリー」を作成していく上でコアーのデーターとして重要である。この研究においては、前年度に継続して、本申請の経費で研究支援者を雇用した。また、計画書の「設備備品費」の項で示した、計算能力の高いクラスター型コンピューターも計画通り導入することが出来た。

  • Research Products

    (10 results)

All 2007

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] The anomeric effect revisited. A possible role of the CH/n hydrogen bond.2007

    • Author(s)
      Osamu Takahashi
    • Journal Title

      Carbohydr. Res. 342

      Pages: 1202-1209

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Origin of the gauche preference of n-propyl halides and related mole cules investigated by ab initio MO calculations: Importance of the CH/n hydrogen bond2007

    • Author(s)
      Osamu Takahashi
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 440

      Pages: 64-69

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] AlKali-Cation Affinities of Polyoxyethylene Dodecylethers and Helical Conformations of Their Cationized Molecules Studied by Electrospray Mass Spectrometry2007

    • Author(s)
      Yukio Yokoyama
    • Journal Title

      J. Am. Soc. Mass Spectrom. 18

      Pages: 1914-1920

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] セルロース誘導体を用いた不斉認識機構及び構造のシミュレーションによる解析2007

    • Author(s)
      上田一義
    • Organizer
      日本化学会
    • Place of Presentation
      首都大学東京
    • Year and Date
      20070927-28
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションによる脂質二重膜中でのボンボリチンの構造解析2007

    • Author(s)
      上田一義
    • Organizer
      日本化学会
    • Place of Presentation
      首都大学東京
    • Year and Date
      20070927-28
  • [Presentation] N-アセチルグルコサミンの分子動力学シミュレーション用分子パラメターの作成と構造解析2007

    • Author(s)
      上田一義
    • Organizer
      日本化学会
    • Place of Presentation
      首都大学東京
    • Year and Date
      20070927-28
  • [Presentation] Immunoglobulin G の糖鎖を構成する3糖のコンフォメーション解析2007

    • Author(s)
      上田一義
    • Organizer
      日本化学会
    • Place of Presentation
      首都大学東京
    • Year and Date
      20070927-28
  • [Presentation] 計算化学を用いたセルロース誘導体のコンフォメーションに関する研究2007

    • Author(s)
      上田 一義
    • Organizer
      セルロース学会
    • Place of Presentation
      静岡大学
    • Year and Date
      20070719-20
  • [Presentation] 密度汎関数法によるグルコースの環配座変換2007

    • Author(s)
      上田一義
    • Organizer
      セルロース学会
    • Place of Presentation
      静岡大学
    • Year and Date
      20070719-20
  • [Presentation] 密度汎関数法によるグルコースの環配座変換2007

    • Author(s)
      上田一義
    • Organizer
      日本コンピューター化学会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      20070524-25

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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