2005 Fiscal Year Annual Research Report
カタユウレイボヤの転写制御領域に関する情報学的モデル構築とその検証
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17310114
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
日下部 岳広 兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 助教授 (40280862)
木下 賢吾 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60332293)
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| Keywords | 組織特異的プロモーター / モチーフ抽出 / データベース / シスエレメント / カタユウレイボヤ / ゲノム配列解析 |
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| Research Abstract |
研究計画に従って、カタユウレイボヤの組織特異的プロモーターのモデル構築に取り組んでいる。
まず、文献を渉猟して、ホヤにおける既知転写因子とその認識配列、遺伝子の発現を調節するプロモーターとその発生時期・組織特異的発現情報、さらに現在ゲノム配列が不完全ながら発表されている近縁種2種(Ciona intestinalisとCiona savignyi) との遺伝子上流配列のアラインメント情報等を収集し、それらをデータベースとして整理して、インターネットで公開した。データベースを報告する論文はNucleic Acids Res.誌のデータベース特集号に採択され、またホヤに代表される尾索動物の国際学会において、分担者の日下部が研究コミュニティにデータベースを紹介した。
さらに筋肉特異的遺伝子の上流配列群に特異的に見られるモチーフの抽出を行い、いくつかのモチーフの組み合わせによって、SN比の高いプロモーター記述ルールができないかどうかを検討した。今のところ、まだ非常に優れたモデルは見つかっていないが、現在のモデルでもゲノムの全遺伝子上流配列に適用すると、学習データには用いていない筋肉特異的と思われる遺伝子が上位にひっかかってくることは確認している。今後、さらにモデルを洗練させて行き、新しく予測された遺伝子を実験で検証していく予定である。
また、ホヤではトランススプライシングが多く見られるといわれており、このことは正しい5'端をもつcDNA配列情報から転写開始点を決定してきた我 々 の手法にとっては大きな問題となる可能性がある。そこで、現在cDNAデータからトランススプライシングの実態を探る試みも行っている。
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