タンパク質コード領域に特微的な塩基配列パターンの網羅的な解析

2005 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17310116
• Research Institution: Kazusa DNA Research Institute
• Principal Investigator: 中村 保一 (財)かずさDNA研究所, 植物遺伝子研究部・植物遺伝子第一研究室, 主任研究員 (60370920)
• Keywords: タンパク質遺伝子コード領域 / 遺伝子発見 / 配列パターン解析 / コドン使用傾向 / ゲノム塩基配列解析

Research Abstract

平成17年度は本研究計画遂行の基礎となる、信頼性の高い配列情報を収集するための「データセット」の構築を中心に据え基盤的な情報収集を進めた。具体的には、生物種ごとに分類された網羅的なコード領域収集技術の実現に重点をおきつつ、続く研究項目についても、すでに信頼性の高いコード領域のセットが得られている微生物ゲノムならびに高等植物の配列解析データを用いて、予備的な解析を行った。
1、既知の塩基配列からの生物種ごとの網羅的なコード領域の集積
まずコード領域である根拠があり、かつ配列パターンの重複度の低い塩基配列を、とくにゲノムプロジェクトによる全ゲノム塩基配列が報告されている生物種に重点をおき、生物種ごとに網羅的に分類収集した。
2、コード領域を特徴づける数塩基までの配列パターンの収集・モデル化
当研究グループにより信頼性の高い遺伝子コード配列を得ている原核生物であるラン藻ならびに根粒菌ゲノムと、高等真核生物のシロイヌナズナ、ミヤコグサのゲノム塩基配列から得られている解析データを用いて、遺伝子発見に応用可能な配列パターンである6塩基ならびに3塩基単位でのパターン抽出を行い、特徴分類のための予備的な検討を行った
平成17年度は、以上の二点について研究を進捗させた。ひきつづき、平成20年度までの3年間の研究期間で、本研究の目標である幅広い生物種におけるコード領域を特徴づける情報の収集と解析をすすめ、データベース化と論文発表による研究成果公開を目指していく。