タンパク質コード領域に特微的な塩基配列パターンの網羅的な解析

2006 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17310116
• Research Institution: Kazusa DNA Research Institute
• Principal Investigator: 中村 保一 (財)かずさDNA研究所, 植物ゲノム研究部・植物ゲノム情報研究室, 室長 (60370920)
• Keywords: タンパク質遺伝子コード領域 / 遺伝子発見 / 配列パターン解析 / コドン使用傾向 / ゲノム塩基配列解析

Research Abstract

本研究は、既知の塩基配列が存在する全生物種について、網羅的にコード領域を判別・収集し、生物種あるいは生物分類群ごとにコード領域に特徴づける数塩基までの配列パターンのモデル化情報を集積することを目的として遂行している。同時に、その解析情報を利用することで、遺伝子コード領域推定、すなわち、ゲノムや転写産物由来の塩基配列からタンパク質遺伝子である可能性の高い領域とフレームの推測を幅広い生物種で可能とするべく、応用に向けた方法論の検討もあわせてすすめている。平成18年度は、平成17年度に集計を開始した生物種ごとのコード領域を特徴づける配列パターンのモデル化を網羅的に推進していくとともに、その有用性の評価を行うため、以下の3領域についての研究を進めた。
1.既知の塩基配列からの生物種ごとの網羅的なコード領域の集積
平成17年度に作成した配列解析システムを用い、基盤となる配列情報の整備を継続して進めた。
2.コード領域を特徴づける数塩基までの配列パターンの収集・モデル化
平成17年度の予備的研究結果をふまえ、網羅的に収集したコード領域塩基配列から、生物種あるいは生物種群ごとに特徴的な配列パターンの確率モデルの作成を、既存の遺伝子発見ソフトウェアを用いて逐次試みた。
3.生物種ごとのモデルの評価、統合ならびに解析環境の作成
前研究項目により得られた、生物種ごとの遺伝子コード領域発見法を用いて網羅的にコード領域推定を行うための性能評価を開始した。(619字)