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2007 Fiscal Year Annual Research Report

イソプレノイド生合成の基幹反応に関与する酵素の精密解析

Research Project

Project/Area Number 17310122
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

古山 種俊  Tohoku University, 多元物質科学研究所, 教授 (20089808)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 野池 基義  東北大学, 多元物質科学研究所, 助教 (20420010)
Keywordsイソプレノイド生合成 / プレニルトランスフェラーゼ / 天然ゴム生合成 / プレニル鎖延長酵素 / ウンデカプレニル二リン酸 / ファルネシル二リン酸 / ドリコール
Research Abstract

プレニル鎖延長酵素の基質認識機構に関する研究:ある種の細菌由来のE,E-ファルネシル二リン酸合成酵素(E-FPS),およびZ,E-ファルネシル二リン酸合成酵素(Z-FPS)について、3位のメチル基を欠いたアリル性基質ホモログの阻害効果を調べた結果、E-FPSについてはホモアリル性基質の認識に、Z-FPSについてはアリル性基質の認識に3位のメチル基が重要であることが明らかとなった。シス型プレニル鎖延長酵素のプレニル鎖延長反応停止機構に関する研究:Z-FPSおよび新規シス型中鎖プレニル鎖延長酵素に対し、部位特異的変位導入酵素を各種作製し、生成物のプレニル鎖長に影響を及ぼす部位の特定を行なった。その結果、短鎖プレニル鎖延長酵素ではアリル性基質の認識部位周辺のアミノ酸残基のかさ高さと疎水性が重要であり、中鎖プレニル鎖延長酵素では大きな疎水性クレフトの上部のアミノ酸残基が反応生成物の鎖長制御機構に関わっている可能性が示唆された。一方、アポ型のウンデカプレニル二リン酸合成酵素のX線結晶構造解析を行った結果、アポ型の結晶構造にHelix-3が真っ直ぐ伸びた構造と折れ曲がった構造の中間的な構造が確認されたので、中鎖プレニル鎖延長酵素はHelix-3の柔軟性で、IPPの縮合反応の度にclosed型-medium型-open型のサイクルを繰り返すことで連続的なプレニル鎖延長反応が達成されるという触媒サイクルモデルを提案出来た。天然ゴム生合成に関連する酵素系の解析研究:パラゴムノキのラテックスを超遠心分離して得られる低分子量ゴム粒子画分に高いゴム合成酵素活性が再現性良く得られることが明らかになった。この画分のゴム合成酵素活性はIPP添加のみで分子量百万程のゴム分子を合成するので、この画分中にアリル性基質またはゴム合成酵素の活性化因子の存在が予想される。

  • Research Products

    (19 results)

All 2008 2007 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (11 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Kinetic studies of Micrococcus luteus B-P 26 undecaprenyl diphosphate synthase reaction using 3-desmethyl allylic substrate analogs2008

    • Author(s)
      K. Fujikura
    • Journal Title

      Biosci. Biotechnol. Biochem. 72

      Pages: 851-855

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Selectivity in substrate-enzyme complexation studied by surface forces measurement2008

    • Author(s)
      T. Suzuki
    • Journal Title

      Colloid Polym. Sci. 286

      Pages: 107-112

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel fluorescent analogues for transmembrane movement study of polyprenyl phosphates2007

    • Author(s)
      K. Koseki
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett. 17

      Pages: 946-950

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Substrate Specificities of Wild and Mutated Farnesyl Diphosphate Synthases from Bacillus stearothermophilus with Artificial Substrates2007

    • Author(s)
      M. Nagaki
    • Journal Title

      Biosci. Biothechnol. Biochem. 71

      Pages: 1657-1662

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cloning and expression of the gene encoding solanesyl diphosphate synthase from Hevea brasiliensis2007

    • Author(s)
      A. Phatthiya
    • Journal Title

      Plant Science 172

      Pages: 824-831

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biotransformation of prenyl alcohols by cultured cells of Cucurbita maxima2007

    • Author(s)
      M. Nagaki
    • Journal Title

      J. Mol. Catal. B:Enzymatic 47

      Pages: 33-36

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exploring biosynthetic diversity with trichodiene synthase2007

    • Author(s)
      L. S. Vedula
    • Journal Title

      Arch. Biochem. Biophys. 466

      Pages: 260-266

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 新規基質アナログによるプレニルトランスフェラーゼ阻害機構の研究2007

    • Author(s)
      福地 さと子
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-12
  • [Presentation] 糖キャリア脂質前駆体の生合成に関与する酵素群の遺伝子クローニング、機能解析2007

    • Author(s)
      安保 貴永
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-12
  • [Presentation] プレニル鎖延長酵素の構造と機能2007

    • Author(s)
      古山 種俊
    • Organizer
      平成19年度化学系学協会東北大会
    • Place of Presentation
      山形大学
    • Year and Date
      2007-09-23
  • [Presentation] シス型プレニル鎖延長酵素の生成物特異性を決定する分子機構の解明2007

    • Author(s)
      鈴木 俊秀
    • Organizer
      平成19年度化学系学協会東北大会
    • Place of Presentation
      山形大学
    • Year and Date
      2007-09-23
  • [Presentation] ストレス応答におけるシロイヌナズナのシス型プレニルトランスフェラーゼAtCPT5の機能解析2007

    • Author(s)
      解良 康太
    • Organizer
      第17回ドリコールおよびイソプレノイド研究会例会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2007-09-10
  • [Presentation] ゲラニルゲラニルニリン酸合成酵素の酸化還元に伴う高次構造と活性の相関2007

    • Author(s)
      宮城 ゆき乃
    • Organizer
      第17回ドリコールおよびイソプレノイド研究会例会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2007-09-10
  • [Presentation] Gene Cloning and Functional Analysis of Novel Short-Chaincis-Transferases2007

    • Author(s)
      T. Ambo
    • Organizer
      8th International Symposium on Biocatalysis and Biotrasformations
    • Place of Presentation
      Oviedo, Spain
    • Year and Date
      2007-07-13
  • [Presentation] Product chain-length determination mechanism of cis-farnesyl diphosphatesynthase2007

    • Author(s)
      M. Noike
    • Organizer
      8th International Symposium on Biocatalysis and Biotrasformations
    • Place of Presentation
      Oviedo, Spain
    • Year and Date
      2007-07-13
  • [Presentation] Structure and function of cis-prenyl chain elongating enzymes.2007

    • Author(s)
      Tanetoshi Koyama
    • Organizer
      50th anniversary of work of Professor Tadeuz Chojnacki
    • Place of Presentation
      Warsaw, Poland
    • Year and Date
      2007-06-29
    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Presentation] 好熱性細菌Bacillus stearothemophilus由来ファルネシルニリン酸合成酵素の結晶構造解析2007

    • Author(s)
      黒河 博文
    • Organizer
      第7回 日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2007-05-26
  • [Presentation] cis-Prenyltransferases for Natural Rubber Biosynthesis in Heveabrasiliensis Latex2007

    • Author(s)
      T. Koyama
    • Organizer
      TERPNET 2007
    • Place of Presentation
      Strasbourg, France
    • Year and Date
      2007-05-03
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.tagen.tohoku.ac.jp/labo/koyama/main-j.html

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Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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