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2007 Fiscal Year Annual Research Report

耐熱性シトクロムCの作用機構の解明と精密分子設計への応用

Research Project

Project/Area Number 17350081
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

山本 泰彦  University of Tsukuba, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (00191453)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 長友 重紀  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 講師 (80373190)
河野 慎  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 準研究員 (90431676)
Keywordsシトクロムc / ヘムタンパク質 / 酸化還元電位 / 電気化学 / 熱力学 / 常磁性NMR / タンパク質の変性 / 配位結合
Research Abstract

酸化還元電位(Em)や熱安定性がお互いに異なる相同シトクロムc、緑膿菌Pseudomonas aeruginosaシトクロムc(PA)と好熱性水素細菌Hydrogenobacter thermophilusシトクロムc(HT)、を用いて、従来よりもはるかに系統的かつ高精度に行い、シトクロムcの機能調節に関わる分子機構を明らかにした。HTの熱変性温度は、PAのものに比べて約30℃も高いことが明らかとなっている。PAの熱安定性に関与すると考えられるアミノ酸残基をHTでの対応する残基に置換すると、PAより熱安定性の高い一連の人工変異体が得られる。PAのEmは、ヘム17-プロピオン酸基の電離を反映して、pH6付近でpHの低下に伴い約60mV上昇する。このヘムプロピオン酸基の近傍に存在するアミノ酸残基にF34Y、E43Yの変異を導入すると、PAよりpKaが2pH単位以上低下することが示された。また、変異体(F7A/V13M/V78I)のEmは、PAとほぼ同様のpKaを示したが、測定したpH領域でEmの値が全体的に約70mV低下することが明らかとなった。この結果は、タンパク質内部の疎水性コアの安定化により、酸化型シトクロムcでのFe-Met配位結合が安定化されることを反映していると考えることができる。また、これらのアミノ酸5残基を全て置換した5置換変異体(F7A/V13M/F34Y/E43Y/V78I)のEmのpH依存性には、ヘム17-プロピオン酸基のpKaに影響を及ぼす変異(F34Y、E43Y)と疎水性コアの安定性に影響を及ぼす変異(F7A、V13M、V78I)の両方の影響の足し合わせが反映されていた。この結果から、ヘム17-プロピオン酸基のpKaとFe-Met配位結合強度によるEm調節機構は、それぞれ独立して寄与することが明らかとなった。

  • Research Products

    (23 results)

All 2008 2007 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (16 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Effect of reversed heme orientation on circular dichroism and cooperative oxygen binding of human adult hemoglobin2008

    • Author(s)
      M. Nagai
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 517-525

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of N-terminal amino group-heme ligation emerging upon guanidine hydrochloric acid-induced unfolding of Hydrogenobacter thermophilus ferricytochromec5522008

    • Author(s)
      H. Tai
    • Journal Title

      J. Biol. Inorg. Chem. 13

      Pages: 25-34

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Local conformational transition of Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 relevant to its redox potential2007

    • Author(s)
      K. Ogawa
    • Journal Title

      Extremophiles 11

      Pages: 797-807

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Roles of a short connecting disulfide bond in the stability and function of psychrophilic Shewanella violacea cytochrome c52007

    • Author(s)
      S. J. Takayama
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 9215-9224

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heme orientational disorder in human adult hemoglobin reconstituted with a ring fluorinated heme and its functional consequences2007

    • Author(s)
      S. Nagao
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 354

      Pages: 681-685

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermodynamics of dimerization of parallel quadruplex DNAs through the end-to-end stacking of3'-terminal G-quartets2007

    • Author(s)
      N. Sakuma
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp. Ser. 51

      Pages: 245-246

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 変性シトクロムcにおけるHemeとペプチド末端アミノ基との配位結合の安定性2008

    • Author(s)
      太 虎林
    • Organizer
      日本化学会 第88春季年会
    • Place of Presentation
      立教大学池袋キャンパス
    • Year and Date
      20080326-30
  • [Presentation] 好熱性水素細菌由来シトクロムc552における末端ヘリックス間の相互作用によるタンパク質立体構造の安定化2008

    • Author(s)
      鹿毛真人
    • Organizer
      日本化学会 第88春季年会
    • Place of Presentation
      立教大学池袋キャンパス
    • Year and Date
      20080326-30
  • [Presentation] 好熱性水素細菌由来シトクロムc552の内部運動に伴うヘム電子状態のダイナミクスの解析2008

    • Author(s)
      入江清史
    • Organizer
      日本化学会 第88春季年会
    • Place of Presentation
      立教大学池袋キャンパス
    • Year and Date
      20080326-30
  • [Presentation] シトクロムcのヘム近傍ループの構造変化と機能との関係2008

    • Author(s)
      三上真一
    • Organizer
      日本化学会 第88春季年会
    • Place of Presentation
      立教大学池袋キャンパス
    • Year and Date
      20080326-30
  • [Presentation] N-terminal amino group-heme ligation structure emerging upon GdnHCl-induced unfolding2007

    • Author(s)
      太 虎林
    • Organizer
      16th Triennial Conference for the International Society of Magnetic Resona
    • Place of Presentation
      Kenting, Taiwan
    • Year and Date
      20071014-19
  • [Presentation] High pressure NMR studies on internal dynamics of thermophile Hydrogenobacter thermoph2007

    • Author(s)
      高山-Joseph-真一
    • Organizer
      16th Triennial Conference for the International Society of Magnetic Resona
    • Place of Presentation
      Kenting, Taiwan
    • Year and Date
      20071014-19
  • [Presentation] Regulation of redox potential of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551 through alteration of electrostatic environment around heme-17-propionic acod2007

    • Author(s)
      三上真一
    • Organizer
      16th Triennial Conference for the International Society of Magnetic Resonance
    • Place of Presentation
      Kenting, Taiwan
    • Year and Date
      20071014-19
  • [Presentation] Regulation of redox potential of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551 through alteration of electrostatic environment around heme-17-propionic acid2007

    • Author(s)
      三上真一
    • Organizer
      16th Triennial Conference for the International Society of Magnetic Resonance
    • Place of Presentation
      Kenting, Taiwan
    • Year and Date
      20071014-19
  • [Presentation] Contribution of the loop region containing axial Met61 to overall protein stability of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c5512007

    • Author(s)
      鹿毛真人
    • Organizer
      16th Triennial Conference for the International Society of Magnetic Resonance
    • Place of Presentation
      Kenting, Taiwan
    • Year and Date
      20071014-19
  • [Presentation] シトクロムcから青色銅タンパク質への電子移動反応の解析2007

    • Author(s)
      高山-Joseph-真一
    • Organizer
      第22回生体機能関連科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパス
    • Year and Date
      20070928-29
  • [Presentation] 好熱性水素細菌シトクロムc552の疎水性コアの構造変化による酸化還元電位と熱安定性への影響2007

    • Author(s)
      入江清史
    • Organizer
      第57回錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学
    • Year and Date
      20070925-27
  • [Presentation] シトクロムcの塩酸グアニジンによる変性過程で生じる非天然ヘム配位構造の常磁性NMR研究2007

    • Author(s)
      太 虎林
    • Organizer
      第46回NMR討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      20070910-13
  • [Presentation] ヘム側鎖プロピオン酸基の電離を通したシトクロムcの酸化還元電位の調節2007

    • Author(s)
      三上真一
    • Organizer
      第34回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパス
    • Year and Date
      20070622-23
  • [Presentation] ヘムポケットの充填密度の増大がシトクロムcの熱安定性に与える影響2007

    • Author(s)
      河野 慎
    • Organizer
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター
    • Year and Date
      20070524-26
  • [Presentation] Effects of structural change in hydrophobic core of Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 in its thermostability2007

    • Author(s)
      K. Irie, Y. Takahashi, S. J. Takayama,S. Mikami, M. Kage, H. Tai, S. Kawano, and Y Yamamoto
    • Organizer
      16th Triennial Conference for the International Society of Magnetic Resonance
    • Place of Presentation
      Kenting, Taiwan
    • Year and Date
      2007-10-16
    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Presentation] Reorganization energy of electron transfer from cytochrome c to blue copper proteins2007

    • Author(s)
      S. J. Takayama, H. Tai, S. Mikami, K. Irie, M. Kage, S. Kawano, T. Kawahara, N. Funasaki, A. Takabe, S. Hirota, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      13th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      Vienna, Austria
    • Year and Date
      2007-07-18
    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.chem.tsukuba.ac.jp/yamamoto/

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2014-11-04  

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