2007 Fiscal Year Annual Research Report
2重らせんDNAに結合するタンパク質の体系的構造解析のための基盤研究
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17370058
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
西村 善文 Yokohama City University, 国際総合科学研究科, 教授 (70107390)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
明石 知子 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (10280728)
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| Keywords | 核酸 / ゲノム / 蛋白質 / 発現制御 / 老化 / NMR / 基本転写因子 / 構造生物学 |
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| Research Abstract |
基本転写因子TFIIEと基本転写因子TFIIHの相互作用の分子機構を解明した。TFIIEαのC末酸性ドメインのフリーの構造とTFIIHのp62サブユニットのPHドメインとの複合体構造をNMR法で解析した。TFIIEのC末酸性ドメインはフリーのときはN末の酸性領域が天然変性状態であり2本のβ鎖と3本のヘリックスからなるコア構造をもっていた。複合体形成に伴って天然変性領域がPHドメインの塩基性領域と結合し伸びた構造をとり、さらにPHドメインとの間に新たなβ鎖が形成されたがそれ以外にもTFIIEαC末サブユニットのコア構造も結合に必要であった。がん抑制因子p53の転写活性化ドメインとTFIIHの相互作用部位とはTFIIEの相互作用は一部重なっていたがTFIIEの方が非常に広い範囲でTFIIHを認識していた。P53は修復にも関与するので転写と修復のスィッチングにこれらの相互作用が関与していることが推察された。またヒストンアセチル化酵素でクロマチン関連因子のEsa1のクロモドメインの構造を解析し5本のβ鎖からなるβバレル構造にさらに新規のβ鎖があるノット型チューダードメイン構造であることを解析した。Esa1のノット型チューダードメインはRNA結合に関与することを見出しクロマチン関連因子のRNA認識の重要性を明らかにした。さらに転写因子PhoBのDNA結合・転写活性化ドメインのフリーの構造とDNA複合体構造を水を考慮した計算法とNMR法を組み合わせて解析した。その他テロメア結合タンパク質TRF2のDNA結合ドメインのMSによる構造解析や基本転写因子TFIIFのMSによる構造解析を行った。ヒトTFIIFはこれまでα2β2のヘテロ4量体であるといわれてきたがMSの実験結果からむしろαβのヘテロ2量体であることを同定し転写の開始前期複合体のTFIIFの構造を議論した。
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[Journal Article] Novel structural and functional mode of a knot essential for RNA binding activity of the Esal presumed chromodomain.2008
Author(s)
Shimojo, H., Sano, N., Moriwaki, Y., Okuda, M., Horikoshi, M., and Nishimura, Y
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Journal Title
J. Mol. Biol. 378
Pages: 987-1001
Description
「研究成果報告書概要(和文)」より
Peer Reviewed
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[Journal Article] Structural characterization of human general transcription factor TFIIF in solution.2008
Author(s)
Akashi, S., Nagakura, S., Yamamoto, S., Okuda, M., Ohkuma, Y., Nishimura Y.
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Journal Title
Protein Sci. 17
Pages: 389-400
Description
「研究成果報告書概要(和文)」より
Peer Reviewed
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[Journal Article] Structural insight into the TFIIE/TFIIH interaction: TFIIE and p53 share the binding region on TFIIH.2008
Author(s)
Okuda, M., Tanaka, A., Satoh, M., Mizuta, S., Takazawa, M., Ohkuma, Y., and Nishimura, Y.
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Journal Title
EMBO J. 27
Pages: 1161-1171
Peer Reviewed
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[Journal Article] A Mass Spectrometric Approach to the Study of DNA-Binding Proteins: The Interaction of Human TRF2 with Telomeric DNA.2008
Author(s)
Sperry, J. B. Shi, X., Rempel, D. L., Nishimura, Y., Akashi, S., Gross, M. L.
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Journal Title
Biochemsitry 47
Pages: 1797-1807
Peer Reviewed
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[Journal Article] Water-mediated interactions between DNA and PhoB DNA-binding/transctivation domain: NMR-restrained molecular dynamics in explicit water environment.2008
Author(s)
Yamane, T., Okamura, H., Ikeguchi, M., Nishimura, Y., Kidera, A.
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Journal Title
PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 71
Pages: 1970-1983
Peer Reviewed
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