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2007 Fiscal Year Annual Research Report

鞭毛タンパク質フラジェリンの機能解析による細菌細胞表層構造の構築原理と鞭毛進化

Research Project

Project/Area Number 17380053
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

村田 幸作  Kyoto University, 農学研究科, 教授 (90142299)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三上 文三  京都大学, 農学研究科, 教授 (40135611)
橋本 渉  京都大学, 農学研究科, 准教授 (30273519)
KeywordsSphingomonas / X線結晶構造解析 / フラジェリン / 体腔 / レセプター / アルギン酸 / T4ファージ / フィンガードメイン
Research Abstract

Sphingomonas属細菌A1株は、高分子多糖存在下で細胞表層の襞状物質を再構成・再編成させることにより、細胞表層に巨大な孔(体腔)を形成する。体腔は、細胞外の高分子多糖を濃縮する機能を示す。体腔形成に関わる細胞表層タンパク質について、アルギン酸レセプターとして機能するフラジェリンホモログp5が見出されている。本研究では、p5の高次構造と機能との相関を解析した。
p5のX線結晶構造は、N/C末端領域のαドメイン(α1+α2)と中央領域のβドメインから成る。α1ドメインを欠失したp5変異体はアルギン酸結合能を失うことから、アルギン酸の結合にはα1ドメインが不可欠である。p5とサルモネラ菌の鞭毛由来フラジェリンとの構造比較の結果、αドメインは互いによく類似していた。そのため、細菌フラジェリンに共通するアルギン酸結合能は、高度に保存されたαドメインに因るものと考えられる。一方、p5のβドメインは、T4ファージの基盤と尾繊維とのヒンジ領域に位置するタンパク質gp11のフィンガードメインと似ている。フィンガードメインと基盤タンパク質gp10との結合は、尾繊維が細菌細胞表層に接着するのに重要である。フィンガードメインが他のタンパク質と相互作用を示すことから、p5のβドメインはA1株の細胞表層分子と相互作用するアンカーとして機能し、アルギン酸結合に重要なαドメインを外界に配向させていると考えられる。

  • Research Products

    (24 results)

All 2008 2007

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (10 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Crystal structure of a novel bacterial cell-surface flagellin binding to polysaccharide2008

    • Author(s)
      Yukie Maruyama
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 1393-1402

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of YihS in complex with D-mannose:Structural annotation of Escherichia coli and Salmonella emerica yihS-encoded proteins to an aldose-ketose isomerase2008

    • Author(s)
      Takafumi Itoh
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology 377

      Pages: 1443-1459

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Superchannel of bacteria:biological significance and new horizons2008

    • Author(s)
      Kousaku Murata
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 72

      Pages: 265-277

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of glycoside hydrolase family 78 α-L-rhamnosidase from Bacillus sp. GL12007

    • Author(s)
      Zhongli Cui
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology 374

      Pages: 384-398

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel structural fold in polysaccharide lyases:Bacillus subtilis family 11 rhamnogalacturonan lyase YesW with an eight-bladed β-propeller2007

    • Author(s)
      Akihito Ochiai
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry 282

      Pages: 37134-37145

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Plant cell wall degradation by saprophytic Bacillus subtilis:gene clusters responsible for rhamnogalacturonan depolymerization2007

    • Author(s)
      Akihito Ochiai
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology 374

      Pages: 384-398

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A structural factor responsible for substrate recognition by Bacillus sp. GL1 xanthan lyase that acts specifically on pyruvated side chains of xanthan2007

    • Author(s)
      Yukie Maruyama
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 781-791

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration of vinyl ether groups by unsaturated glycoside hydrolases and their role in bacterial pathogenesis2007

    • Author(s)
      Wataru Hashimoto
    • Journal Title

      International Microbiology 10

      Pages: 233-243

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 細菌器官の分子移植と環境浄化2007

    • Author(s)
      橋本渉
    • Journal Title

      化学と生物 45

      Pages: 320-329

  • [Journal Article] NADP(H) phosphatase activities of archaeal inositol monophosphatase and eubacterial 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase2007

    • Author(s)
      Chikako Fukuda
    • Journal Title

      Applied and Environmental Microbiology 73

      Pages: 5447-5452

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Function and structure of NAD kinase:the key enzyme for biosynthesis of NADP(H)2007

    • Author(s)
      河井重幸
    • Journal Title

      蛋白質核酸酵素 52

      Pages: 243-248

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 多糖リアーゼにおけるエンド型/エキソ型の作用様式に関わる構造要因:ポスト構造ゲノミクスに向けて2008

    • Author(s)
      落合秋人
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      名城大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] ファミリーGH73ペプチドグリカン分解酵素の機能・構造解析2008

    • Author(s)
      橋本渉
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      名城大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] サルモネラ菌由来機能不明タンパク質YihSの構造・機能解析:ポスト構造ゲノミクスに向けて2008

    • Author(s)
      伊藤貴文
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      名城大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] 細菌由来メタロペプチダーゼファミリーM16酵素の構造・機能解析2008

    • Author(s)
      丸山如江
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      名城大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] 微生物による海洋資源アルギン酸のバイオエネルギーへの変換2008

    • Author(s)
      村田幸作
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      名城大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] 窒素固定細菌Azotobacter vinelandiiの窒素と酸素に対する分子応答2008

    • Author(s)
      宮本裕希子
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部第453会講演会
    • Place of Presentation
      京大会館
    • Year and Date
      2008-02-02
  • [Presentation] 植物細胞壁分解酵素ラムノガラクツロナンリアーゼの分子変換:エキソ型からエンド型へ2007

    • Author(s)
      落合秋人
    • Organizer
      日本生物工学会
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      2007-09-26
  • [Presentation] 植物細胞壁分解酵素ラムノガラクツロナンリアーゼの構造・機能相関2007

    • Author(s)
      川眞田明子
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部第451会講演会
    • Place of Presentation
      名城大学
    • Year and Date
      2007-09-22
  • [Presentation] Sphingomonas sp. A1株由来フラジェリンの立体構造に基づく多糖結合能と細胞表層局在性2007

    • Author(s)
      丸山如江
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部第449会講演会
    • Place of Presentation
      京都府立大学
    • Year and Date
      2007-05-26
  • [Presentation] 枯草菌による植物細胞壁の分解:多糖ラムノガラクツロナンリアーゼYesWのX線結晶構造2007

    • Author(s)
      落合秋人
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部第449会講演会
    • Place of Presentation
      京都府立大学
    • Year and Date
      2007-05-26
  • [Book] 遺伝子から見た応用微生物学2008

    • Author(s)
      橋本 渉
    • Total Pages
      55-68
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] 遺伝子から見た応用微生物学2008

    • Author(s)
      河井重幸
    • Total Pages
      68-77
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] 遺伝子から見た応用微生物学2008

    • Author(s)
      麻生祐司
    • Total Pages
      112-128
    • Publisher
      朝倉書店

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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