2006 Fiscal Year Annual Research Report
塩基配列の不規則性に着目した類似度判定とそのイントロン進化解明への応用
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17500146
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| Research Institution | University of Miyazaki |
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Principal Investigator |
吉原 郁夫 宮崎大学, 工学部, 教授 (20322315)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安永 守利 筑波大学, 大学院システム情報工学研究科, 教授 (80272178)
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| Keywords | 生体生命情報学 / 認知科学 / 統計力学 / ソフトコンピューティング |
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| Research Abstract |
1)H17年度の成果を引きつぎ、塩基列を6個まで(2コドン読み)を単位として読み、SOMにかけ生物種のパターン分けを行ったが、コドン読みと特に変わるところはなかった。従って現在までの検討結果では、塩基読みまたはコドン読みでよいといえる。
また、1/fゆらぎに関しては、データ長(塩基列の長さ)25-279bpの部分列に対し、転写開始点から上流側に行くに従いどれだけα値が変わるかを調べた。上流側700-800塩基あたりと、転写開始点付近で変化が大きいことが分かり、これは統計的解析結果Gスコアなどと一致する。
2)H18年度新たに行ったのは、情報エントロピーを尺度とする解析である。H17年度と同じ10種の生物種のエントロピーを求め、進化系統樹と比べた。現状では、エントロピーだけで進化の樹は作れないが、既存の樹の解釈の補助になるようである。
ところで情報エントロピーは本来、アンサンブル平均にわたり定義されるマクロな量であるが、本研究では塩基配列を適当な長さで切り出し、その部分列に対し情報エントロピーを定義する方法を考案した。この情報エントロピーは位置依存である。細胞性粘菌では、転写開始点の上流側700-800塩基での変動が大きいという他の手法と同様の結果得られたが、とくに4ステージ共通に転写開始点直前で大きく落ち込むことが分かった。この結果から、位置情報エントロピー(仮称)は、転写開始点判定に有用と思われる。
成果発表は、主にH17年度までの内容でだしており、合計6件ある。情報エントロピーについては9月の国際会議で報告の予定であるが、まだ採否は決まっていないので、リストには入れていない。
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