2005 Fiscal Year Annual Research Report
インプリント遺伝子に関連する親アリル判別法の信頼性の検討とその発展的応用
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17590583
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| Research Institution | Iwate Medical University |
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Principal Investigator |
中屋敷 徳 岩手医科大学, 医学部, 講師 (10146029)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
青木 康博 岩手医科大学, 医学部, 教授 (90202481)
橋谷田 真樹 東北大学, 大学院・医学系研究科, 技術専門職員 (40374938)
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| Keywords | 法医学 / ゲノム・インプリンティング / 親判別 / メチル化 |
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| Research Abstract |
1.5つのインプリント遺伝子(H19,SNRPN, HYMAI, PEG3およびMEST)において,これまでに親判別可能と推定されたSNPs周囲のメチル化状態を知るために,バイサルファイト処理を行った複数のDNAサンプルについて,それぞれ新しく設定したプライマーを用いてTAクローニングを行った.そのシ-ケンシング結果については現在分析中である.
2.上記各SNPのPCR増幅範囲内の新規SNPを検出すべくSSCP法を行ったが,この方法により検出されたものはなかった.そこで(少し離れている)周辺のSNPを検索し,H19遺伝子における新たな3〜4SNPsを同時検出する方法を検討中である.なお,親判定可能な新規の別のインプリント遺伝子の多型は見つかっていない.
また,ボランティア由来のDNA(n=156)について,これまでに頻度調査が行われていなかった上記各SNPsのうち,SNRPN(rs220028),PEG3(rs2302376)およびMEST(rs3807138)の該当SNPのアレル分布を調べた.その結果,多型としての有用性の指標となるヘテロ接合率(HE)はそれぞれ,0.49,0.43および0.17であった.これまでに調べてきたH19(HE,0.61)および報告のあるHYMAI(0.36)のデータを併せて考えると,(多型情報量のやや乏しい)MESTを除く4ローカスの同時検出が効率的であると思われた.そこで,プライマー・エクステンション法を応用したところ,SNPの同時判定が可能であり,より良い判定結果が得られるようなプライマー等の条件について現在検討中である.
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