2006 Fiscal Year Annual Research Report
脳動脈瘤のDNAマイクロアレイ解析:ゲノム情報を用いて
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17591533
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| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
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Principal Investigator |
糟谷 英俊 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (50169455)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
赤川 浩之 東京女子医科大学, 医学部, 助手 (60398807)
井ノ上 逸朗 東京大学, 医科学研究所, 客員助教授 (00192500)
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| Keywords | くも膜下出血 / 脳動脈瘤 / 遺伝子発現 / マイクロアレイ / ゲノム |
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| Research Abstract |
正常脳血管(n=4)、破裂脳動脈瘤壁(n=4)、未破裂脳動脈瘤壁(n=6)の3群を比較するため、それぞれの群から等量ずつ用いてレファレンスとなるRNAサンプルを作成した。アジレント社in-situオリゴDNAマイクロアレイキットのプロトコールに添って実験を進めた。Agilent microarray scannerを用いてアレイのスキャンを行い、それぞれの遺伝子の発現量は、Feature Extraction softwareを用いて解析した。データはLOWESS normalization methodを用いて正規化した。スライド上すべてに発現していた遺伝子を対象とし、バックグラウンドに比較して、シグナルの弱いものは除外した。また、色素交代によって、相関係数が正であるサンプルは除外の対象とした。発現差の検定には、permutation法、クロスバリデーション、階層クラスタリング法などを用いて行った。これまでの脳動脈瘤感受性遺伝子研究で得られたゲノム情報を用いた解析では、第5染色体では約69Mbの距離に相当し、そこには約180個の遺伝子が、第7染色体では約31Mbの距離に相当し、そこには約70個の遺伝子が、第14染色体では約14Mbの距離に相当し、そこには約60個の遺伝子が含まれている。これらの遺伝子の発現量の差は明らかではなかった。そこで、gene Ontology (GO)をGeneSpring GX software version 7.5を用いて、gene canonical pathwayとfunctional network解析をIngenuity Pathways Analysisを用いて行った。この結果、GOでは、antigen processingが最も関連が高かった。また、canonical pathwayではantigen presentation pathwayが最も有意に関連があった。
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