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2005 Fiscal Year Annual Research Report

ヘム-核酸複合体の創製と機能制御

Research Project

Project/Area Number 17655072
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

山本 泰彦  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (00191453)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三田 肇  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 講師 (00282301)
長友 重紀  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 講師 (80373190)
Keywords核酸 / ヘム錯体 / 四重鎖DNA / G-カルテット / 分子認識 / NMR / 機能性核酸 / π-πスタッキング
Research Abstract

ヘムを補欠分子族としてもつタンパク質であるヘムタンパク質が生体系において遍在するのに対して、タンパク質同様に重要な生体高分子であるDNA、RNAなど核酸にヘムが組込まれた‘ヘム核酸'と呼ぶべき複合体は生体系ではまだ発見されていない。最近、私共はヘムと平行四重鎖DNAとの錯形成反応によりヘム核酸が生成することを発見した。驚くべきことに、生成したヘム核酸の各種分光スペクトルは、ヘムタンパク質での対応するスペクトルに酷似していた。これらの知見に基づいて、本研究では、核酸が形成する各種高次構造とヘムの複合体形成反応における分子認識の解明、ヘム核酸の熱力学的安定性の解析、およびヘム核酸の機能制御を行い、ヘム核酸の化学を開拓する。
ヘムのポルフィリン環とG-カルテットのπ-πスタッキングがヘム核酸形成における特異性と安定性に大きな寄与を果たすことを複合体のNMRによる詳細な立体構造解析により実証した。ポルフィリン環は四重鎖DNAで形成されるG-カルテットとπ-πスタッキングによる相互作用に都合の良い平面性とサイズをもっていることから、この結果はあらかじめ予想されたことである。そこで、四重鎖DNAにもう一つのヘム結合部位を分子設計して追加した結果、四重鎖DNA1分子に対してヘム2分子が結合する1:2複合体が生成することを初めて見いだした。さらに、イミダゾール誘導体などヘム鉄に対して中程度の配位子場をもつ外部配位子との結合反応の解析から、親和性は配位子の塩基性、立体障害などにより著しい影響を受けることを見いだした。今後は、ヘム核酸におけるヘム周囲の核酸塩基の立体配置を工夫して、ヘム鉄の反応性の調節を試みる予定である。

  • Research Products

    (12 results)

All 2006 2005

All Journal Article (12 results)

  • [Journal Article] Exogenous ligand binding property of a heme-DNA coordination complex2006

    • Author(s)
      T.Ohyama
    • Journal Title

      Chem.Lett. 35

      Pages: 126-127

  • [Journal Article] A spectroscopic index for estimating the age of amber2006

    • Author(s)
      H.Kimura
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn. 79(in press)

  • [Journal Article] ^<19>F NMR Study of b-type haemoproteins2006

    • Author(s)
      Y.Yamamoto
    • Journal Title

      Modern Magnetic Resonance

      Pages: 1-8

  • [Journal Article] Control of the redox potential of pseudomonas aeruginosa cytochrome c_<511> through the Fe-Met coordination bond strength and pKa of a buried heme propionicacid side chain2005

    • Author(s)
      S.J.Takayama
    • Journal Title

      Biochemistry 44

      Pages: 5488-5494

  • [Journal Article] NMR studies of b-type haemoproteins reconstituted with a ring-fluorinated haem2005

    • Author(s)
      Y.Yamamoto
    • Journal Title

      Annu.Rep.NMR Spectrosc. 57

      Pages: 51-99

  • [Journal Article] Binding of 5,10,15,20-tetrakis(N-methylpyridinium-4-yl)-21H, 23H- porphyrin to as AT-rich region of a duplex DNA2005

    • Author(s)
      T.Ohyama
    • Journal Title

      Biophys.Chem. 113

      Pages: 53-59

  • [Journal Article] ^<19>F NMR characterization of the thermodynamics and dynamics of the acid-alkline transition in a reconstituted sperm whale metmyoglobin2005

    • Author(s)
      S.Nagao
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 127

      Pages: 4146-4147

  • [Journal Article] Five amino acid residues responsible for the high srability of Hydorogenobacter thermophilus cytochrome c_<552> : reciprocal mutation analysis2005

    • Author(s)
      K.Oikawa
    • Journal Title

      J.Boil.Chem. 280

      Pages: 5527-5532

  • [Journal Article] Dynamics and thermodynamics of dimerization of parallel G-quadruplexed DNA formed from d(TTAGn) (n=3-5)2005

    • Author(s)
      Y.Kato
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 127

      Pages: 9980-9981

  • [Journal Article] Prebiotic formation of polyamino acids in molten urea2005

    • Author(s)
      H.Mita
    • Journal Title

      Int.J.Astrobiol. 4

      Pages: 145-154

  • [Journal Article] Structural and functional charcterization of novel G-quadruplexed DNA-heme coordination complex2005

    • Author(s)
      T.Ohyama
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp.Ser. 49

      Pages: 245-246

  • [Journal Article] Characterization of Non-Native Heme Coordination Structures Emerging upon Guanidine Hydrochloric Acid-Induced Unfolding of Pseudomonas aeruginosa Ferricytochrome c_<551>2005

    • Author(s)
      H.Tai
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn. 78

      Pages: 2019-2025

URL: 

Published: 2007-04-02   Modified: 2016-04-21  

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