2005 Fiscal Year Annual Research Report
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17700289
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
種田 晃人 弘前大学, 理工学部, 助手 (70332492)
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| Keywords | RNA / シュードノット / 二次構造予測 / 遺伝的アルゴリズム / 自由エネルギー最小化 |
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| Research Abstract |
シュードノット構造を持つ非翻訳RNAの構造予測をペアワイズなRNA配列比較にもとづいて行う新しい独自アルゴリズムであるProfolgaアルゴリズムを、既に研究代表者が発表しているCofolgaアルゴリズムをベースして開発し、tmRNA, SRP RNA, Coronavirus3' UTR pseudoknot、Cripavirus internal ribosome entry siteの4種のシュードノットを持つ非翻訳RNA種とtRNA,5S rRNA、3種のspliceosomal RNA(U1、U2、U5)、Purine riboswitchの6種のシュードノットを持たない非翻訳RNA種に適用した。また、開発したアルゴリズムの性能を従来手法と比較するために、mfold, ilm, pknotsRG, PSTAG, comRNA、PHMMTS, CARNACの6種の従来アルゴリズムを用いて同じデータセットに対して予測を行った。比較の結果、今回開発したアルゴリズムは、従来手法よりも精度良くシュードノット構造を予測することができることが分かった。特に、シュードノット構造を多く含むことが知られているtmRNAの計算結果では、他の予測手法が40%程度の予測精度に留まっているのに対し、本手法を用いることにより70%以上の予測精度が得られた。今回開発したProfolgaアルゴリズムの詳細と従来手法との比較の結果は、論文(著者A.Taneda、題目「A structural alignment by genetic algorithm for predicting pseudoknotted RNA structure」)として英語雑誌に現在投稿中である。
また、今回開発した手法を搭載させた非翻訳RNA遺伝子予測システムの構築を現在行っている。
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