ゲノムスケールの転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析環境の構築

2006 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17710170
• Research Institution: Saitama Medical University
• Principal Investigator: 坊農 秀雅 埼玉医科大学, 医学部, 助教授 (20364789)
• Keywords: ゲノム / バイオインフォマティクス / 遺伝子 / 転写因子 / マイクロアレイ

Research Abstract

本年度開発を予定していた、ゲノムタイルアレイとクロマチン免疫沈降とを組み合わせたChIP-on-chipの実験などによって得られる、ゲノム上の数千から数十万の複数の位置に関連付けられるゲノムアノテーションデータを管理するウェブベースのシステムに関して、その開発を進めた。現在のところ、数千万オーダーのゲノムアノテーションデータから得られるゲノム上の位置情報を元に異なる種類めゲノムアノテーションデータを結びつける根幹の部分に関してプログラムは完成しており、それぞれのデータの形式や生物学的な性質に合わせて対応を取ることが可能となっている。ゲノムネットワークプロジェクトによって産生され公開されているCAGEのデータを利用することで、これまで遺伝子としてアノテーションされていない部分も含めたゲノム全体での発現プロファイルとSayaMatcherで予測した転写因子結合サイトを統合して可視化することができた。しかしながら、実際にはそういった生物学的に意味のあるデータの組み合わせを検討する部分がボトルネックであり、実際にそういうデータを欲している特定の研究領域の研究者との連携を模索している。
また、主に前年度開発してきた公共の遺伝子発現データに公開前のマイクロアレイデータを加えて遺伝子発現類似性検索が出来るウェブアプリケーションに関しては公開を開始した(httb://sayamatcher.sourceforge.ip/)が、フリーウェアとしての質はまだまだ低いため、今後一層の使い方などのマニュアル等の文書化が必要とされている状況である。