2005 Fiscal Year Annual Research Report
癌の分子標的探索と治療最適化のためのゲノムプロファイリング
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17790135
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| Research Institution | 独立行政法人医薬基盤研究所 |
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Principal Investigator |
角田 慎一 独立行政法人医薬基盤研究所, 基盤的研究部, 主任研究員 (90357533)
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| Keywords | アレイCGH / 腫瘍 / ゲノム異常 / ゲノムプロファイリング / 診断 |
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| Research Abstract |
癌は様々な要因によってゲノムDNAレベルで異常を生じ、その異常が複数積み重なった結果として癌としての形質を発現している。したがって個々の癌で生じているゲノム異常を全染色体にわたって詳細かつ効率良く解析することが可能となれば、癌特異的な分子治療標的の発見が大いに期待されることになり、癌のオーダーメイド医療の進展にも多大に寄与できることになる。本研究課題においては、研究代表者らがこれまでに確立を進めてきたマイクロアレイCGH法について、解析性能の評価を行うとともに、種々の臓器・組織由来の癌細胞株約80株についてDNA増幅・欠失異常を網羅的に探索することで(ゲノム・プロファイリング)、癌の種類と遺伝子コピー数変化に関する情報を収集することを目的とする。
本年度は、DNAコピー数異常を有することが既知である細胞株をモデルとして解析することにより、マイクロアレイCGH法の解析精度や定量性に関する評価を行った。マイクロアレイCGH解析にはヒトBACライブラリ由来の1,400個のBACをスライドグラス上に固定化したBACマイクロアレイを用いた。これによりDNAコピー数の変化をゲノムワイドに平均2.1Mbの解像度で検出し、ゲノム地図上にマッピングすることが可能である。X染色体にコピー数異常を有する細胞株GM04626(XXX)、GM01416(XXXX)、GM05009(XXXXX)由来DNAを正常女性由来DNAを対照として解析した結果、X染色体上のクローンにおけるCy5/Cy3値の平均は1.33±0.13、1.59±0.19、1.93±0.25であり、DNAコピー数変化と比例関係が認められたことから、本解析法により、DNAコピー数異常を定量的に検出しうることが確認できた。
一方、次年度に行うゲノムプロファイリングのため、各種細胞株より高分子ゲノムDNAを回収精製した。
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