2006 Fiscal Year Annual Research Report
DNAマイクロアレイを応用したチャネロバチーのハイスループット遺伝子解析
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17790571
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
高橋 祐二 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (00372392)
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| Keywords | DNAマイクロアレイ / チャネロパチー / 家族性片麻痺型片頭痛 |
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| Research Abstract |
臨床において迅速な遺伝子診断の必要性は高まっている.しかし従来の方法では多数の解析を行うことは非常に手間がかかり,特にチャネル分子のような巨大な遺伝子を解析するのは大変困難であった.このような背景から,DNAマイクロアレイを応用したチャネル遺伝子のハイスループット解析システムを構築するための研究を行っている.DNAマイクロアレイを用いたハイスループット遺伝子解析システムは,実働3日で約0.3Mbの解析が可能であり,塩基配列の判定精度も99.9%以上と高い解析速度及び精度を達成した.コストの面でも直接塩基配列決定法と同等かそれ以下であった.さらに変異の検出精度に関しても,点変異はヘミ接合性,ホモ接合性,ヘテロ接合性いずれの変異においても全ての変異を検出でき,挿入・欠失変異についてもヘミ接合性の変異は検出可能であった.以上の事前検討に基づき,片頭痛の原因遺伝子を網羅的に解析可能なDNAマイクロアレイTKYMGNO1を作成した.このマイクロアレイには,電位依存性カルシウムチャネルCACNA1A, CACNG2,及びATP1A2遺伝子の全エクソン及び周辺のイントロンの配列が搭載されており,家族性片麻痺型片頭痛及び発作性失調症2型の遺伝子診断に応用可能である.これらの遺伝子を搭載する際には配列同士のクロスハイブリダイゼーションの可能性を排除する必要がある。特にチャネル分子は膜貫通構造において繰り返し構造が存在するため,配列同士の相同性を検討したが,明らかにクロスハイブリダイゼーションを起こしうると考えられる配列は認められなかったため,全ての配列をマイクロアレイに搭載した.現在特異的増幅のためのPCRプライマーを作成し,PCRシステムを構築中である。
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