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2017 Fiscal Year Annual Research Report

微生物バイオメカニクスの深化

Research Project

Project/Area Number 17H00853
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

石川 拓司  東北大学, 工学研究科, 教授 (20313728)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 菊地 謙次  東北大学, 工学研究科, 准教授 (00553801)
大森 俊宏  東北大学, 工学研究科, 助教 (10633456)
今井 陽介  東北大学, 工学研究科, 特任准教授 (60431524)
鹿毛 あずさ  東北大学, 工学研究科, 特任助教 (10748809)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2021-03-31
Keywords微生物 / バイオメカニクス / 計算生体工学 / 実験生体工学 / 理論生体工学
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、主に分子スケールと細胞スケール、メゾスケールの研究課題を推進した。主要な研究実績は以下のとおりである。
1. ダイニン分子モーターによって駆動される繊毛軸支の計算力学モデルを構築した。軸支が安定な回転運動を行うためには、ダイニン活性の特性時間が重要であることを示した。(Omori, et al., J. Biomech., 2017) 2. アクティブ粒子が固液混相流体中でどのように振舞うかを、理論と数値シミュレーションで解析した。その結果、細胞の遊泳モードによって捕捉・拡散・直進の3つの運動モードが現れることを明らかにした。この成果は、腸内細菌の運動を理解する上で重要である。(Chamolly, et al., New J. Phys., 2018) 3. 地中や体内などの入り組んだ環境においても、微生物はデッドエンドで行き詰まることなく、泳ぎで巧みに回避していることを発見した。この成果は、将来的に感染症が広がっていくメカニズムの解明などに役立つと期待される。(Ishikawa & Kikuchi, Proc. Roy. Soc. B, 2018) 4. 心臓血管系中の赤血球の分布を理解する上で、血球の分散・拡散現象を理解することは重要である。この研究では、実験から数理モデルを構築し、実験で観察される赤血球の挙動をランダムウォーク理論で説明することに成功した。(Chuang, et al., J. Biomech., 2018) 5. モデル生物のゼブラフィッシュを対象とし、消化管内の輸送現象を解析した。前腸部に現れる逆行性蠕動運動は、食べ物を攪拌して消化を促進することを定量的に示した。一方、後腸部の順行性蠕動運動はポンプの役割を果たしていることを明らかにした。(Yang, et al., J. Theor. Biol., 2018)

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究開始初年度にもかかわらず、8編の査読付き雑誌論文が出版されており、この分野で世界最高峰の研究成果が短期間に上がっている。特筆すべきは、デッドエンドを回避する微生物の仕組みを発見した研究成果(Ishikawa & Kikuchi, Proc. Roy. Soc. B, 2018)である。微生物が地中や体内などの入り組んだ環境でどのように生き延びているのかは不明であったが、実験と理論、数値シミュレーションを融合した研究を行うことで、微生物がデッドエンドで行き詰まることなく、泳ぎで巧みに回避して活路を見出していることを発見した。この成果は、微生物が入り組んだ環境で生き延びる仕組みを明らかにし、将来的には、感染症が広がっていくメカニズムの解明などに役立つと期待される。この成果は東北大学からプレスリリースされ、日経新聞や財経新聞などの多くのメディアで取り上げられ、大きな反響を呼んだ。
また、国際会議論文も12編発表しており、極めて活発な成果を上げている。国際会議における招待講演も多く、研究成果が世界的に注目されていることがわかる。以上から、当初の計画以上に成果が上がっていると判断した。

Strategy for Future Research Activity

本研究では、微生物の力学環境に着目し、ナノスケールから細胞スケールに駆動力などの物性値を渡し、細胞スケールからメゾスケールに走性などの細胞応答を、メゾスケールからマクロスケールに応力や拡散などのテンソル量を渡すことで、ナノスケールからマクロスケールに至るまでの微生物懸濁液の振る舞いを記述する革新的な解析プラットフォームを構築する。
平成30年度は、主に分子スケールと細胞スケール、メゾスケール、マクロスケールの研究課題に取り組む。具体的には、以下の課題に取り組む。 1.力学環境下における細胞膜たんぱく質の拡散現象の解明(分子スケール)。 2.繊毛打の同期現象が繊毛虫の遊泳挙動に及ぼす影響の解明(分子スケール,細胞スケール)。 3.アメーバ運動で移動するマイクロロボットの開発(細胞スケール) 4.流体力学的干渉による繊毛打波形の変化と、精子の集団遊泳挙動の解明(細胞スケール,メゾスケール)。 5.ゼブラフィッシュの腸蠕動が腸内細菌に及ぼす影響の解明(細胞スケール,メゾスケール,マクロスケール)。 6.バクテリアの壁面接着現象と、バイオフィルム形成過程の解明(細胞スケール,メゾスケール,マクロスケール)。

  • Research Products

    (38 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 1 results) Presentation (28 results) (of which Int'l Joint Research: 12 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ケンブリッジ大学(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      ケンブリッジ大学
  • [Journal Article] Asymmetry in cilia configuration induces hydrodynamic phase locking2018

    • Author(s)
      Keiji Okumura, Seiya Nishikawa, Toshihiro Omori, Takuji Ishikawa, Atsuko Takamatsu
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 97 Pages: 032411

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.97.032411

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Elastohydrodynamic phase-lock in two rotating cilia2018

    • Author(s)
      Toshihiro Omori, Mingming Lu, Takuji Ishikawa
    • Journal Title

      Journal of Biomechanical Science and Engineering

      Volume: 13 Pages: 17-00699

    • DOI

      10.1299/jbse.17-00467

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biomechanics of Tetrahymena escaping from a dead end2018

    • Author(s)
      Takuji Ishikawa and Kenji Kikuchi
    • Journal Title

      Proceedings of the Royal Society B

      Volume: 285 Pages: 20172368

    • DOI

      10.1098/rspb.2017.2368

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Collective spreading of red blood cells flowing in a microchannel2018

    • Author(s)
      Cheng-Hsi Chuang, Kenji Kikuchi, Hironori Ueno, Keiko Numayama-Tsuruta, Takami Yamaguchi, Takuji Ishikawa
    • Journal Title

      Journal of Biomechanic

      Volume: 69 Pages: p.64-69

    • DOI

      10.1016/j.jbiomech.2018.01.009

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Simple mechano-sense and response of cilia motion reveal the intrinsic habits of ciliates2018

    • Author(s)
      Takuya Ohmura, Yukinori Nishigami, Atsushi Taniguchi, Shigenori Nonaka, Jun-ichi Manabe, Takuji Ishikawa, Masatoshi Ichikawa
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 115 Pages: in press

    • DOI

      10.1073/pnas.1718294115

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] What causes the spatial heterogeneity of bacterial flora in the intestine of zebrafish larvae?2018

    • Author(s)
      Jinyou Yang, Yuji Shimogonya, Takuji Ishikawa
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 446 Pages: 101-109

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.jtbi.2018.03.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nodal cilia-driven flow: Development of a computational model of the nodal cilia axoneme2017

    • Author(s)
      T. Omori, H. Sugai, Y. Imai, T. Ishikawa
    • Journal Title

      Journal of Biomechanics

      Volume: 61 Pages: 242-249

    • DOI

      10.1016/j.jbiomech.2017.07.025

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Active particles in periodic lattices2017

    • Author(s)
      Alexander Chamolly, Takuji Ishikawa and Eric Lauga
    • Journal Title

      New Journal of Physics

      Volume: 19 Pages: 115001

    • DOI

      iopscience.iop.org/article/10.1088/1367-2630/aa8d5e

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Anomalous swimming of a ciliary microorganism adjacent to wall2018

    • Author(s)
      Takuya Ohmura, Yukinori Nishigami, Junichi Manabe, Takuji Ishikawa, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      APS March Meeting 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Near-field fluid mechanics alter behaviors of swimming microorganisms2018

    • Author(s)
      Takuji Ishikawa
    • Organizer
      アクティブマター研究会
  • [Presentation] 精子多体遊泳の数値計算2018

    • Author(s)
      竹歳七海, 大森俊宏, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会東北支部 第53期講演会
  • [Presentation] 線虫の咽頭における餌濃縮機能の可視化計測2018

    • Author(s)
      鈴木雄貴, 菊地謙次, 沼山恵子, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会東北支部 第53期講演会
  • [Presentation] 遊泳生物の懸濁液滴の光による運動制御2018

    • Author(s)
      黒田尚志, 菊地謙次, 鹿毛あずさ, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会東北支部 第53期講演会
  • [Presentation] ゼブラフィッシュの腸蠕動と腸内フローラ流動の可視化計測2018

    • Author(s)
      高橋将大, 菊地謙次, 沼山恵子, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会東北支部 第53期講演会
  • [Presentation] Integrated nanobiomechanics of the living system2017

    • Author(s)
      T. Yamaguchi, Y. Imai and T. Ishikawa
    • Organizer
      19th International Conference on Finite Elements in Flow Problems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A BOUNDARY ELEMENT METHOD FOR CELLULAR SCALE PHYSIOLOGICAL FLOW PROBLEMS: PASSIVE MOTIONS OF RED BLOOD CELLS AND ACTIVE MOTIONS OF CILIA AND FLAGELLA2017

    • Author(s)
      Toshihiro Omori, Yohsuke Imai, Takami Yamaguchi and Takuji Ishikawa
    • Organizer
      The 26th Congress of the International Society of Biomechanics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] UPSTREAM SWIMMING OF A SPERM CELL IN SHEAR FLOW2017

    • Author(s)
      Toshihiro Omori and Takuji Ishikawa
    • Organizer
      The 26th Congress of the International Society of Biomechanics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] TRANSDERMAL DRUG DELIVERY ENHANCEMENT BY UNIDIRECTIONAL SKIN EXTENSION2017

    • Author(s)
      Sho Sugawara, Kenji Kikuchi, Shunsuke Shigeta, Keiko Numayama-Tsuruta, Takuji Ishikawa
    • Organizer
      The 26th Congress of the International Society of Biomechanics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] VISCOUS LOAD CHANGES THE CILIARY FORCE AND FLOW ON A TRACHEAL LUMEN2017

    • Author(s)
      Takuji Ishikawa, Kenji Kikuchi, Tomofumi Haga, Keiko Numayama-Tsuruta, Hironori Ueno
    • Organizer
      The 26th Congress of the International Society of Biomechanics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Hydrodynamic Bound States of a Squirmer2017

    • Author(s)
      Takuji Ishikawa
    • Organizer
      5th Switzerland-Japan Workshop on Biomechanics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Transport phenomena in the intestine of zebrafish larvae2017

    • Author(s)
      Jinyou Yang, Yuji Shimogonya, Takuji Ishikawa
    • Organizer
      5th Switzerland-Japan Workshop on Biomechanics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deformation and the resultant motion of a red blood cell2017

    • Author(s)
      Takuji Ishikawa
    • Organizer
      Blood Flow: Current State and Future Prospects
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Micro-navigation in complex periodic environments2017

    • Author(s)
      ALEXANDER CHAMOLLY, TAKUJI ISHIKAWA, ERIC LAUGA
    • Organizer
      70th Annual Meeting of the APS Division of Fluid Dynamics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Biomechanics of Tetrahymena escaping from dead ends2017

    • Author(s)
      TAKUJI ISHIKAWA, KENJI KIKUCHI
    • Organizer
      70th Annual Meeting of the APS Division of Fluid Dynamics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Swimming Behavior of Neutral Squirmer against Non-Slip Boundary2017

    • Author(s)
      T. Ohmura, Y. Nishigami, J. Manabe, T. Ishikawa, M. Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A ciliate swimming near a wall2017

    • Author(s)
      T. Ohmura, Y. Nishigami, J. Manabe, T. Ishikawa, M. Ichikaw
    • Organizer
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏-非平衡系における普遍法則の確立」第4回領域研究会
  • [Presentation] ゼブラフィッシュ腸内における蠕動運動と輸送の可視化2017

    • Author(s)
      菊地謙次, ノ ヒョンタク, 沼山恵子, 石川拓司
    • Organizer
      第45回可視化情報シンポジウム
  • [Presentation] 壁面付近における繊毛虫遊泳の実験と境界要素法を用いた数値計算2017

    • Author(s)
      大村拓也, 西上幸範, 眞鍋準一, 石川拓司, 市川正敏
    • Organizer
      日本流体力学会年会2017
  • [Presentation] ゼブラフィッシュ稚魚の腸内輸送現象のシミュレーション2017

    • Author(s)
      楊金有, 下權谷祐児, 石川拓司
    • Organizer
      日本流体力学会年会2017
  • [Presentation] 行き止まりを避ける微生物の泳ぎ2017

    • Author(s)
      石川拓司
    • Organizer
      研究会「違った視点で捉える流れ」
  • [Presentation] クラミドモナス細胞壁欠損株の遊泳特性2017

    • Author(s)
      鹿毛あずさ, 菊地謙次, 石川拓司
    • Organizer
      日本動物学会第88回大会
  • [Presentation] 流体振動を利用するマイクロカプセルの推進機構の開発2017

    • Author(s)
      森田崇, 大森俊宏, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会第28回バイオフロンティア講演会
  • [Presentation] 伸展刺激による薬剤経皮吸収2017

    • Author(s)
      菅原尚, 菊地謙次, 沼山恵子, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会第28回バイオフロンティア講演会
  • [Presentation] 狭い流路内の繊毛虫の遊泳挙動2017

    • Author(s)
      石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会 第30回バイオエンジニアリング講演会
  • [Presentation] 流体振動によるマイクロカプセルの推進機構の開発2017

    • Author(s)
      森田崇, 大森俊宏, 今井陽介, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会 第30回バイオエンジニアリング講演会
  • [Presentation] 流体力学的相互作用による繊毛運動の同期現象の数値解析2017

    • Author(s)
      伊藤宏晃, 大森俊宏, 石川拓司
    • Organizer
      日本機械学会 第30回バイオエンジニアリング講演会
  • [Remarks] Biological Flow Studies Laboratory

    • URL

      http://www.bfsl.mech.tohoku.ac.jp/

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-03-29  

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