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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Multi-scale/multi-physics modeling for particle/fluid coupling system and its applications

Research Project

Project/Area Number 17H01083
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山本 量一  京都大学, 工学研究科, 教授 (10263401)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 安田 修悟  兵庫県立大学, シミュレーション学研究科, 准教授 (70456797)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords混相流 / シミュレーション / コロイド / 流体力学 / ソフトマター
Outline of Annual Research Achievements

ソフトマターは機能性材料の宝庫であるが,その複雑なマルチスケール性のため,分子動力学法や計算流体力学法など既存のシミュレーション法単独での適用が困難である.本研究では,後述する具体的な研究項目に対して,ミクロ階層を統計力学的手法によってメソ・マクロ階層に効率よく反映する粗視化モデリングや,同様のことを数値的に反映するマルチスケール・マルチフィジックスモデリングを適用することで,この問題の解決に取り組んでいる.さらに,最新の計算機(GPGPUや次世代スパコン等)を併用することにより,この技術を工学的応用問題に展開し,計算科学による次世代の材料・プロセス設計技術として広く一般化を目指している.申請段階で想定した以下の3つの研究項目について,平成29年度はそれぞれ以下の成果を得ることに成功した.
研究項目1.ナノ微粒子分散系のダイナミクス:相分離した2成分液体中で重力沈降するナノ粒子系に対して,マルチスケール・マルチフィジックスのモデリング手法を適用し,これまで出来なかった3次元系における詳細な挙動のシミュレーションに成功した.
研究項目2.1)コロイドガラス系のダイナミクス:大規模系計算の実現に向けて,コロイド分散系の直接数値計算手法の高速化に取り組んだ.2)多細胞系の遊走運動に見られるガラス化現象のモデリングに取り組んだ.
研究項目3.アクティブ粒子系のダイナミクス:1)流体を介して相互作用する外力駆動粒子系に対して粒子/流体連成系として扱う直接数値計算を行い,非自明な周期運動が発現する機構を解明した.2)泳動する微粒子対の2対衝突に対して系統的な直接数値計算を実施し,泳動形態の違いによって著しく非対称な衝突挙動が得られることを示した.3)細胞が基板上を遊走する機構を解明すべく,2つの円盤からなる最小モデルを構築し,細胞が自己の伸縮運動から推進運動を生み出す機構を調べた.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

シミュレーション技術から見たソフトマターの特殊性は,そのほとんどがマルチスケール・マルチフィジックスの連成系となっていることにある.例えば,高分子系では巨大分子間にからみあいが発生するために,系のダイナミクスは分子スケールから流体スケールまで著しく広く分布する.コロイドも同様で,周囲の流体やイオン雰囲気による長距離相互作用のために,非常に遅いダイナミクスが系の性質を決定する.このような広い時空間スケールを通常の分子シミュレーションや流体シミュレーションで扱うことは出来ないので,ソフトマター分野では,他の分野に先駆けて粗視化モデリングが発展した.しかしこれまでの粗視化モデリングでは,系の普遍的な挙動にのみ重点が置かれるあまり,物質の個性は非常に大ざっぱなパラメーターに押し込められており,物質のミクロな情報からそのパラメーターを決める処方箋がなかった.
本研究で挙げた具体的研究項目は,いすれもソフトマター材料自身,あるいはソフトマター材料と外部との連携で,マルチスケール・マルチフィジックスの連成系となる難しい問題を含んであり,有効なシミュレーションを行うためにはその系のミクロな自由度/メソスケールの自由度/マクロな自由度間の関係を正しく理解し,定式化することが必要である.非常に意欲的な研究提案であるにもかかわらず,すでにいくつかのモデリングにも成功して成果も出はじめていることから,本研究は十分順調に進展していると考えている.

Strategy for Future Research Activity

当初の計画では,平成29年度は研究項目1を優先して実施し,平成30年度以降に研究項目2,3に本格的に取り組む予定であった.しかし,平成29年度に研究項目3が予想以上に進展したため,この部分について優先的に実施することにした.各研究項目は相互に関連しつつもほぼ独立して実施することが可能であるため,必ずしも計画通りの順序で進める必要はないが,現時点で想定している推進方策は以下のとおりである.
研究項目1.ナノ微粒子分散系のダイナミクス:多成分混相流のマルチスケール・マルチフィジックスモデリングに取り組む.濃厚ナノ粒子分散系のレオロジー特性の評価については,研究項目2と密接に関連している.
研究項目2.1)コロイドガラス系のダイナミクス:大規模系計算の実現に向けて,引き続きコロイド分散系の直接数値計算手法の高速化に取り組む.高並列計算機に対応したシミュレーションコードの作成を目指している.2)混雑した環境下における細胞の遊走運動に加え,細胞分裂による増殖も考慮したモデリングに取り組む.
研究項目3.アクティブ粒子系のダイナミクス:泳動粒子について,これまで考慮されてこなかった回転運動をあらわに考慮した直接数値計算を実現する.

  • Research Products

    (40 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 1 results) Presentation (30 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf
  • [Journal Article] 基板上で遊走?増殖する細胞集団のモデリング2018

    • Author(s)
      山本 量一、Molina John J.、Schneider Simon K.
    • Journal Title

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      Volume: 17 Pages: 14~19

    • DOI

      10.2477/jccj.2018-0003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanics of Cell Crawling by Means of Force-free Cyclic Motion2018

    • Author(s)
      Tarama Mitsusuke、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 87 Pages: 044803~044803

    • DOI

      10.7566/JPSJ.87.044803

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reynolds-number-dependent dynamical transitions on hydrodynamic synchronization modes of externally driven colloids2018

    • Author(s)
      Oyama Norihiro、Teshigawara Kosuke、Molina John Jairo、Yamamoto Ryoichi、Taniguchi Takashi
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 97 Pages: 032611

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.97.032611

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct numerical simulation of an arbitrarily shaped particle at a fluidic interface2017

    • Author(s)
      Lecrivain Gregory、Yamamoto Ryoichi、Hampel Uwe、Taniguchi Takashi
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 95 Pages: 063107

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.95.063107

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Collective motion of cells crawling on a substrate: roles of cell shape and contact inhibition2017

    • Author(s)
      Schnyder Simon K.、Molina John J.、Tanaka Yuki、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 5163

    • DOI

      10.1038/s41598-017-05321-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Simulations of Model Microswimmers with Fully Resolved Hydrodynamics2017

    • Author(s)
      Oyama Norihiro、Molina John J.、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 86 Pages: 101008

    • DOI

      10.7566/JPSJ.86.101008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Do hydrodynamically assisted binary collisions lead to orientational ordering of microswimmers?2017

    • Author(s)
      Oyama Norihiro、Molina John Jairo、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      The European Physical Journal E

      Volume: 40 Pages: 95

    • DOI

      10.1140/epje/i2017-11586-4

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Particle-based model for crawling and proliferating cells with contact inhibitions2018

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      2018 Aspen Winter Conference on Fundamental Problems in Active Matter
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Colony growth of cells on a substrate2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      Active Matter Workshop
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Active Matter Workshop
  • [Presentation] Colony growth of cells on a substrate2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      15th FIFC Symposium
  • [Presentation] A minimal model of crawling cells under force-free condition2018

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      Active Matter Workshop
  • [Presentation] Deformable swimmers in Poiseuille flow2018

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      15th FIFC Symposium
  • [Presentation] 基盤上の細胞の這走運動2018

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      第8回京都若手ソフトマター研究会
  • [Presentation] 基盤上を運動する細胞の力学モデル2018

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      研究会「凝縮系の理論化学」
    • Invited
  • [Presentation] 細胞分裂を考慮した自発運動粒子モデルによる創傷治癒のシミュレーション2018

    • Author(s)
      松田拓也
    • Organizer
      研究会「凝縮系の理論化学」
    • Invited
  • [Presentation] 基盤上を這行する細胞運動の力学メカニズム2018

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      日本物理学会 第73回年次大会
  • [Presentation] Particle-based Model for Crawling and Proliferating Cells with Contact Inhibitions2018

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム
  • [Presentation] Collective motion of cells crawling on a substrate: roles of cell shape and contact inhibition2017

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      10th Liquid Matter Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct numerical simulations of micro-swimmers in con?ned geometries2017

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      Complex Motion in Fluids
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanosensitivity of Crawling Cells2017

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Complex Motion in Fluids
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Colony growth of cells on a substrate2017

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanosensitivity of Crawling Cells2017

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Swinging motion of active deformable particles in Poiseuille flow2017

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      9th International Conference Engineering of Chemical Complexity
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamics of active deformable particles in Poiseuille flow2017

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      10TH LIQUID MATTER CONFERENCE
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Active Deformable Particles in Poiseuille Flow2017

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 非平衡ソフトマター:ガラスとアクティブマターに対する計算と実験の共奏2017

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      SPIRITSプロジェクト成果報告会
  • [Presentation] 力学的モデルによる細胞の集団運動のシミュレーション2017

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      東大駒場リサーチキャンパス公開2017
    • Invited
  • [Presentation] 微生物集団が示す特異な動的秩序形成機構の解明とその制御2017

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      科研費新学術領域研究「動的秩序と機能」2017全体班会議
  • [Presentation] Collective Motion of Cells on a Substrate2017

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      4th Research Area Meeting
  • [Presentation] A par-cle-based minimal model for crawling and prolifera-ng cells on substrate2017

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      日本生物物理学会第55回年会
    • Invited
  • [Presentation] ポワズイユ流れ中のアクティブソフトマターの運動2017

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      第27回 非線形反応と協同現象研究会
  • [Presentation] 変形する自己推進粒子のポワズイユ流れの中での運動2017

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      生物流体力学における基礎問題と応用問題
  • [Presentation] ポワズイユ流れ中のアクティブソフトマターのダイナミクス2017

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      第7回ソフトマター研究会
    • Invited
  • [Presentation] Mechano-chemical modelling of biological cells2017

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      A02班A03班合同研究会「アクティブマターの概念で繋ぐ生命機能の階層性」 “Hierarchy of biological functions connected by concept of active matter”
  • [Presentation] 生物細胞のメカノケミカル・モデル2017

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      札幌非線形現象研究会2017
  • [Presentation] Nonlinear Dynamics of Active Deformable Particles: From Liquid Droplets to Biological Cells2017

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      第15回福井センターセミナー
  • [Book] 増補版 高分子材料シミュレーション2017

    • Author(s)
      公益社団法人 新化学技術推進協会
    • Total Pages
      398
    • Publisher
      化学工業日報社
    • ISBN
      9784873266879
  • [Remarks] KAPSEL HomePage

    • URL

      http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/kapsel/

URL: 

Published: 2018-12-17  

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