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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Multi-scale/multi-physics modeling for particle/fluid coupling system and its applications

Research Project

Project/Area Number 17H01083
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山本 量一  京都大学, 工学研究科, 教授 (10263401)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 安田 修悟  兵庫県立大学, シミュレーション学研究科, 准教授 (70456797)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords混相流 / シミュレーション / コロイド / 流体力学 / ソフトマター
Outline of Annual Research Achievements

ソフトマターは機能性材料の宝庫であるが,その複雑なマルチスケール性のため,分子動力学法や計算流体力学法など既存のシミュレーション法単独での適用が困難である.本研究では,後述する具体的な研究項目に対して,ミクロ階層を統計力学的手法によってメソ・マクロ階層に効率よく反映する粗視化モデリングや,同様のことを数値的に反映するマルチスケール・マルチフィジックスモデリングを適用することで,この問題の解決に取り組んでいる.さらに,最新の計算機(GPGPUや次世代スパコン等)を併用することにより,この技術を工学的応用問題に展開し,計算科学による次世代の材料・プロセス設計技術として広く一般化を目指している.申請段階で想定した以下の3つの研究項目について,平成30年度はそれぞれ以下の成果を得ることに成功した.
研究項目1.ナノ微粒子分散系のダイナミクス: 1)ナノ粒子が分散した相分離液体系に対してモデリング手法を拡張し,液体とナノ粒子の親和性の違いやせん断流の影響による粒子分散挙動のシミュレーションに成功した. 2)荷電コロイド粒子が交流電場下で鎖状構造を形成するメカニズムを明らかにした.
研究項目2.コロイドガラス系のダイナミクス: 1)大規模系計算の実現に向けて,コロイド分散系の直接数値計算手法において既存のOMP並列化に加えてMPI並列化に成功した. 2)1つの細胞を2つの円盤で表現する最小モデルを用いて,細胞コロニーが基板上で成長する力学的メカニズムを明らかにした.
研究項目3.アクティブ粒子系のダイナミクス: 1)これまでのPusher/Puller型のマイクロスイマーに加えて,回転運動(Rotlet項)を持つマイクロスイマーのシミュレーションに成功した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

シミュレーション技術から見たソフトマターの特殊性は,そのほとんどがマルチスケール・マルチフィジックスの連成系となっていることにある.例えば,高分子系では巨大分子間にからみあいが発生するために,系のダイナミクスは分子スケールから流体スケールまで著しく広く分布する.コロイドも同様で,周囲の流体やイオン雰囲気による長距離相互作用のために,非常に遅いダイナミクスが系の性質を決定する.このような広い時空間スケールを通常の分子シミュレーションや流体シミュレーションで扱うことは出来ないので,ソフトマター分野では,他の分野に先駆けて粗視化モデリングが発展した.しかしこれまでの粗視化モデリングでは,系の普遍的な挙動にのみ重点が置かれるあまり,物質の個性は非常に大ざっぱなパラメーターに押し込められており,物質のミクロな情報からそのパラメーターを決める処方箋がなかった.本研究で挙げた具体的研究項目は,いすれもソフトマター材料自身,あるいはソフトマター材料と外部との連携で,マルチスケール・マルチフィジックスの連成系となる難しい問題を含んであり,有効なシミュレーションを行うためにはその系のミクロな自由度/メソスケールの自由度/マクロな自由度間の関係を正しく理解し,定式化することが必要である.非常に意欲的な研究提案であるにもかかわらず,すでにモデルの構築に成功しているだけではなく研究成果を複数の論文として出版し,さらにはシミュレーションソフトウェアの開発や一般公開も実施済みであることから,本研究は当初の計画以上に進展していると考えている.

Strategy for Future Research Activity

当初の計画では,平成29年度は研究項目1を優先して実施し,平成30年度以降に研究項目2,3に本格的に取り組む予定であった.しかし,平成29年度には研究項目3が予想以上に進展したため,その部分について優先的に実施した.平成30年度には研究項目1, 2, 3のほか,「新規シミュレーション技術の確立とシミュレーターの開発」及び「次世代スパコンでのマルチスケールシミュレーションの実施」についても大きな進展があった.各研究項目は相互に関連しつつもほぼ独立して実施することが可能であるため,必ずしも計画通りの順序で進める必要はないが,現時点で想定している推進方策は以下のとおりである.
研究項目1.ナノ微粒子分散系のダイナミクス:多成分混相流のマルチスケール・マルチフィジックスモデリングを完了し,粒子分散挙動や流動挙動を明らかにするとともに,シミュレーションソフトウェアの開発と一般公開を行う.
研究項目2.1)コロイドガラス系のダイナミクス:大規模系計算の実現に向けて,引き続きコロイド分散系の直接数値計算手法の高速化に取り組むとともに,並列化シミュレーションソフトウェアの開発と一般公開を実現する.
2)これまでの基板上の細胞(2次元)のモデリングに加えて,組織を構成する細胞(3次元)のモデリングに取り組む.
研究項目3.アクティブ粒子系のダイナミクス:泳動粒子について,これまで考慮されてこなかった回転運動をあらわに考慮した直接数値計算を実現した.今後はそれらの共同運動について研究を進める.

  • Research Products

    (47 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 6 results) Presentation (37 results) (of which Int'l Joint Research: 24 results,  Invited: 11 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Helmholtz-Zentrum Dresden- Rossendorf(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Helmholtz-Zentrum Dresden- Rossendorf
  • [Int'l Joint Research] University of Warwick(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Warwick
  • [Journal Article] Modeling the mechanosensitivity of fast-crawling cells on cyclically stretched substrates2019

    • Author(s)
      Molina John J.、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 15 Pages: 683~698

    • DOI

      10.1039/C8SM01903G

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synchronized Molecular-Dynamics Simulation of the Thermal Lubrication of an Entangled Polymeric Liquid2019

    • Author(s)
      Yasuda Shugo
    • Journal Title

      Polymers

      Volume: 11 Pages: 131~131

    • DOI

      10.3390/polym11010131

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct Numerical Simulations of Correlated Settling Particles2018

    • Author(s)
      Shakeel Muhammad、Hamid Adnan、Ullah Atta、Molina John J.、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 87 Pages: 064402~064402

    • DOI

      10.7566/JPSJ.87.064402

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Field-induced dipolar attraction between like-charged colloids2018

    • Author(s)
      Shih Chunyu、Molina John J.、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 14 Pages: 4520~4529

    • DOI

      10.1039/C8SM00395E

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diffuse interface model to simulate the rise of a fluid droplet across a cloud of particles2018

    • Author(s)
      Lecrivain Gregory、Kotani Yuki、Yamamoto Ryoichi、Hampel Uwe、Taniguchi Takashi
    • Journal Title

      Physical Review Fluids

      Volume: 3 Pages: 094002~094002

    • DOI

      10.1103/PhysRevFluids.3.094002

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Solidification of a simple liquid near wall in high-speed shear flows2018

    • Author(s)
      YASUDA Shugo、OOKAWA Ryo
    • Journal Title

      Journal of Physics: Conference Series

      Volume: 1136 Pages: 012027~012027

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1136/1/012027

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Active matter modeling: swimming microorganisms / crawling and proliferating cells on substrate2019

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      The Active Matter Workshop 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Control of cell colony growth by contact inhibition2019

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      The 8th Conference on Exploring Next-Generation Materials Science and Nanoscience (8th CENG-MSN) and Workshop on Soft and Nano Materials Orchestrated with Wisdom from Japan 2019 (SNOWJ 2019)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Shape deformation dynamics of lipid bilayer membrane induced by a chemical stimulus2019

    • Author(s)
      Akitoshi Sasakura
    • Organizer
      The International Workshop for East Asian Young Rheologists (IWEAYR 14)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Slip-link Simulations under Fast Flows: Effect of the Stretch/Orientation-Induced Reduction of Friction2019

    • Author(s)
      Takeshi Sato
    • Organizer
      APS March Meeting 2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNS of squirmers (spherical microswimmers) with rotlet2019

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      APS March Meeting 2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct Numerical Simulation of Induced Charge Electrophoresis of Janus Colloidal Particles2019

    • Author(s)
      Takuma Oguri
    • Organizer
      The International Workshop for East Asian Young Rheologists (IWEAYR 14)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamics of externally driven particles and micro-swimmers in fluids2019

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      CECAM Workshop on Emergent dynamics and self-assembly of out-of-equilibrium colloids
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The squirmer model and beyond2019

    • Author(s)
      Federico Fadda
    • Organizer
      WINTER SCHOOL MOTILE ACTIVE MATTER: NANOMACHINES, MICROSWIMMERS, AND SWARMS
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2019

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Active Matter Workshop 2019
  • [Presentation] Control of cell colony growth by contact inhibition2019

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      Active Matter Workshop 2019
  • [Presentation] Mechanochemical modeling of crawling cells2019

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      Active Matter Workshop 2019
  • [Presentation] The squirmer model and beyond2019

    • Author(s)
      Federico Fadda
    • Organizer
      The 9th Kyoto Young Soft Matter Research Group
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Designer Soft Matter
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Collective motions of crawling and proliferating cells on substrate: A particle-based model with contact inhibitions2018

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      The 12th Mini-Symposium on Liquids
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      8th World Congress of Biomechanics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Colony growth of cells on a substrate2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      8th World Congress of Biomechanics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Workshop "Active and collective motion: from cells to organisms"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Colony growth of cells on a substrate2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      Workshop "Active and collective motion: from cells to organisms"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mechanisensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Les Houches Summer School - Active matter and non-equilibrium statistical physics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Highly non-trivial motions of crawling and proliferating cells on substrate2018

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      The Erice Workshop on Self-Organization in Active Matter: from Colloids to Cells
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      A3 Project International workshop on Soft Matter
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] DNS for collective behaviors of spherical micro-swimmers2018

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      Advances in Physics on Emergent Order of Active Matter
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mechanosensitivity of fast-crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Soft Matter Physics: from the perspective of the essential heterogeneity
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct Numerical Simulation of Induced-Charge Electrophoresis of Janus Colloidal Particles2018

    • Author(s)
      Takuma Oguri
    • Organizer
      Soft Matter Physics: from the perspective of the essential heterogeneity
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Shape deformation dynamics of lipid bilayer membrane induced by a chemical stimulus2018

    • Author(s)
      Akitoshi Sasakura
    • Organizer
      Soft Matter Physics: from the perspective of the essential heterogeneity
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanics of cell crawling by means of force-free cyclic motion2018

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      Designer Soft Matter
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanics of cell crawling under force-free condition2018

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      ILCC2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modeling of cell crawling by means of force-free intracellular motion2018

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      APEF2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Anomalous Transport in Heterogeneous Media2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      International Molecule-type Workshop Rheology of disordered particles - suspensions, glassy and granular materials
    • Invited
  • [Presentation] 気液固三相系における気泡上昇ダイナミクスへの電荷分布の影響2018

    • Author(s)
      馬場啓輔
    • Organizer
      化学工学会第50回秋季大会
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Fukui 2018 Satellite Symposium
    • Invited
  • [Presentation] Collective motion of cells on a substrate2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      Fukui 2018 Satellite Symposium
  • [Presentation] Collective motion of cells on a substrate2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      International Conference on Advances in Physics of Emergent orders in Fluctuations (APEF)
  • [Presentation] Cell crawling on elastic substrate2018

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      札幌非線形現象研究会2018
  • [Presentation] Mechanics of cell crawling with force-free cyclic motion2018

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      Fukui 2018 Satellite Symposium
  • [Presentation] The squirmer model and beyond2018

    • Author(s)
      Federico Fadda
    • Organizer
      Fukui 2018 Satellite Symposium
  • [Presentation] The squirmer model and beyond2018

    • Author(s)
      Federico Fadda
    • Organizer
      International Conference on Advances in Physics of Emergent orders in Fluctuations (APEF)
  • [Remarks] KAPSEL-3 HomePage

    • URL

      http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/kapsel/

  • [Remarks] KAPSEL-4 HomePage

    • URL

      http://kapsel-dns.com/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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