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2019 Fiscal Year Annual Research Report

相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明

Research Project

Project/Area Number 17H01408
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

胡桃坂 仁志  東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 清水 光弘  明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywordsゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 / 活性発現の分子機構 / 染色体構築・機能・分配 / 生体高分子構造・機能
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、クロマチン構造を形成したDNA上での相同組換え反応の解明を目指して、特に相同鎖検索機構の過程を中心に研究を推進している。ゲノムDNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期の遺伝的組換えにおいて、相同組換えは必須の機構である。本年度は、ヌクレオソームとRAD51との複合体との三者複合体の再構成を行い、安定な複合体の調製方法の確立に成功した。そして、ヌクレオソーム-RAD51複合体の立体構造解析のために、東京大学現有の装置(Titan KriosおよびTalos Arctica)を用いて、クライオ電子顕微鏡による画像データ取得を行った。現在、高分解能での三次元構造決定を行うために必要な画像データの取得を行なっており、予備的な解析によって、低分解能での三次元構造の解析にすでに成功している。本解析にに必要なサンプルの凍結は、東京大学現有の装置を使用することで行った。また、RAD51と協働的に働く因子としてRAD52が知られている。昨年度までに、RAD52と単鎖DNAとの複合体のX線結晶構造解析を行い、立体構造の解明に成功し、RAD52と単鎖DNAとの複合体には、2種類のDNA結合様式が存在することを立体構造レベルで明らかにした。これらの解析を含めて、これまでRAD52の立体構造解析は、良質な単結晶が得られるC末端領域を欠損した変異体を用いた解析のみであった。そのため、全長のRAD52の立体構造情報に関しては、いまだ明確にされていない。そこで本年度では、全長のRAD52の立体構造を解明することを目指して、クライオ電子顕微鏡による画像データ取得を行った。そして、全長のヒトRAD52のクライオ電子顕微鏡用サンプルの調製方法の確立を行い、初期の画像データの取得に成功した。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (23 results)

All 2020 2019

All Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 8 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] Improved Methods for Preparing the Telomere Tethering Complex Bqt1-Bqt2 for Structural Studies2020

    • Author(s)
      Yuzurihara H, Aizawa Y, Saotome M, Ichikawa Y, Yokoyama H, Chikashige Y, Haraguchi T, Hiraoka Y, Kurumizaka H, Kagawa W.
    • Journal Title

      Protein J

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      doi.org/10.1007/s10930-020-09887-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleosome destabilization by nuclear non-coding RNAs2020

    • Author(s)
      Fujita Risa、Yamamoto Tatsuro、Arimura Yasuhiro、Fujiwara Saori、Tachiwana Hiroaki、Ichikawa Yuichi、Sakata Yuka、Yang Liying、Maruyama Reo、Hamada Michiaki、Nakao Mitsuyoshi、Saitoh Noriko、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 3 Pages: 60

    • DOI

      doi.org/10.1038/s42003-020-0784-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transcription through the nucleosome2020

    • Author(s)
      Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 61 Pages: 42~49

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.sbi.2019.10.007

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cryo-EM Structures of Centromeric Tri-nucleosomes Containing a Central CENP-A Nucleosome2020

    • Author(s)
      Takizawa Yoshimasa、Ho Cheng-Han、Tachiwana Hiroaki、Matsunami Hideyuki、Kobayashi Wataru、Suzuki Midori、Arimura Yasuhiro、Hori Tetsuya、Fukagawa Tatsuo、Ohi Melanie D.、Wolf Matthias、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 28 Pages: 44~53.e4

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.str.2019.10.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biochemical and structural analyses of the nucleosome containing human histone H2A.J2019

    • Author(s)
      Tanaka Hiroki、Sato Shoko、Koyama Masako、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 167 Pages: 419~427

    • DOI

      doi.org/10.1093/jb/mvz109

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural Studies of Overlapping Dinucleosomes in Solution2019

    • Author(s)
      Matsumoto Atsushi、Sugiyama Masaaki、Li Zhenhai、Martel Anne、Porcar Lionel、Inoue Rintaro、Kato Daiki、Osakabe Akihisa、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 118 Pages: 1~11

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.bpj.2019.12.010

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure determination of the nucleosome core particle by selenium SAD phasing2019

    • Author(s)
      Saotome Mika、Horikoshi Naoki、Urano Kazuki、Kujirai Tomoya、Yuzurihara Hidetaka、Kurumizaka Hitoshi、Kagawa Wataru
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      Volume: 75 Pages: 930~936

    • DOI

      doi.org/10.1107/S2059798319012713

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural transition of the nucleosome during chromatin remodeling and transcription2019

    • Author(s)
      Kobayashi Wataru、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 59 Pages: 107~114

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.sbi.2019.07.011

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biochemical analysis of nucleosome targeting by Tn5 transposase2019

    • Author(s)
      Sato Shoko、Arimura Yasuhiro、Kujirai Tomoya、Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Nogami Jumpei、Ohkawa Yasuyuki、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Open Biology

      Volume: 9 Pages: 190116~190116

    • DOI

      doi.org/10.1098/rsob.190116

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure-based design of an H2A.Z.1 mutant stabilizing a nucleosome in vitro and in vivo2019

    • Author(s)
      Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Sato Koichi、Kimura Hiroshi、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 515 Pages: 719~724

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.bbrc.2019.06.012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and biochemical analyses of the nuclear pore complex component ELYS identify residues responsible for nucleosome binding2019

    • Author(s)
      Kobayashi Wataru、Takizawa Yoshimasa、Aihara Maya、Negishi Lumi、Ishii Hajime、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 2 Pages: 163

    • DOI

      doi.org/10.1038/s42003-019-0385-7

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biochemical characterization of the placeholder nucleosome for DNA hypomethylation maintenance2019

    • Author(s)
      Hirano Rina、Kujirai Tomoya、Negishi Lumi、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Biochemistry and Biophysics Reports

      Volume: 18 Pages: 100634~100634

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.bbrep.2019.100634

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Chromatin structure and dynamics as the platform for DNA repair.2020

    • Author(s)
      Yoshimasa Takizawa, Cheng-han Ho, Wataru Kobayashi, Hajime Ishii, Yasuhiro Arimura, Hitoshi Kurumizaka.
    • Organizer
      DNA Replication and Repair Structures & Cancer Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural studies of chromatin: Toward understanding the regulation of genomic DNA.2019

    • Author(s)
      Hitoshi Kurumizaka.
    • Organizer
      Multiscale Modeling of Chromatin: Bridging Experiment with Theory
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural studies of chromatin towards the understanding of epigenetics mechanisms.2019

    • Author(s)
      Hitoshi Kurumizaka.
    • Organizer
      Telluride workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural studies of the chromatin: Towards the understanding of epigenetics2019

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Invited
  • [Presentation] Cryo-EM imaging of the chromatin architecture2019

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • Invited
  • [Presentation] Cryo-EM studies for nucleosome and chromatin2019

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] 出芽酵母ゲノムにおけるヒストンバリアントH2A.Zヌクレオソームの動態:部位特異的化学切断法による解析2019

    • Author(s)
      讓原秀隆、今井洸志、布施智博、柳田顕郎、胡桃坂仁志、香川亘、清水光弘
    • Organizer
      第92回 日本生化学会大会
  • [Presentation] In vivoでポジショニングしたヌクレオソームにおけるヒストンH4のN末端テールのDNA結合部位:部位特異的化学切断法による解析2019

    • Author(s)
      高附宏暢、布施智博、柳田顕郎、清水光弘
    • Organizer
      第92回 日本生化学会大会
  • [Presentation] 出芽酵母ゲノムにおけるヒストン-DNA結合部位からのヌクレオソーム動態の考察2019

    • Author(s)
      清水光弘
    • Organizer
      平成31年度遺伝研研究会「クロマチン・核構造の形成とダイナミクスによるゲノム制御」
    • Invited
  • [Presentation] 出芽酵母セントロメアにおけるヒストンH3バリアントCse4による部位特異的化学切断2019

    • Author(s)
      讓原秀隆、野上尭弘、高附宏暢、柳田顕郎、香川亘、清水光弘
    • Organizer
      第42回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 出芽酵母RPS5、RPS11B座におけるHMGBホモログHmo1のDNA結合部位の解析2019

    • Author(s)
      高附宏暢、布施智博、柳田顕郎、清水光弘
    • Organizer
      第42回 日本分子生物学会年会

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Published: 2021-01-27  

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