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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Three types of motility mechanisms in pathogenic bacteria, class Mollicutes

Research Project

Project/Area Number 17H01544
Research InstitutionOsaka City University

Principal Investigator

宮田 真人  大阪市立大学, 大学院理学研究科, 教授 (50209912)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords細胞運動 / 光学顕微鏡 / クライオ電子顕微鏡 / 構造生物学 / 単粒子解析 / 合成細菌 / 電子線クライオトモグラフィー / 遺伝子操作
Outline of Annual Research Achievements

高等動植物に寄生することで特殊な進化を達成した病原細菌,Mollicutes綱(モリクテス綱)は,小さなグループであるにもかかわらず,3種類ものユニークな運動メカニズムを有している.私たちはこれまでの独自の研究で,Mycoplasma mobile(以下,モービレと略)の滑走運動メカニズムのアウトラインを明らかにし,Mycoplasma pneumoniae(以下,ニューモニエと略)などの滑走運動とSpiroplasma eriocheiris(以下,スピロプラズマと略)などの遊泳運動メカニズムの理解に大きく貢献してきた.本研究では,これら3種の運動メカニズム全てを,構造,反応,進化の面から徹底的に究明することを目的とした.
本年度,モービレ滑走運動については,“モーター”に相当する部分を単離し,クライオ電子顕微鏡による観察と,コンピューターによる像の計算を行うことで,18分子のタンパク質から構成される1.5 MDaの超分子複合体構造を4.8オングストロームの分解能で明らかにした.その結果,モーターの進化と運動のメカニズムについて原子レベルで議論することに成功した.ニューモニエ滑走運動については,菌体が細胞全体で20ピコニュートンに相当する力発生を,多くのあしを動かすことで達成していることを明らかにした.スピロプラズマ遊泳運動については,2018年度に合成細菌JCVI-syn3.0Bにスピロプラズマの7タンパク質を発現することで遊泳を再現することに成功したため,この系を用いてそれぞれのタンパク質の役割を明らかにした.さらに遊泳装置の中心をなすfibrilタンパク質の構造をクライオ電子顕微鏡により3.6オングストロームの分解能で明らかにした.その結果,遊泳メカニズムの中心部分を原子レベルで議論することが可能となった.

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (48 results)

All 2020 2019 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 6 results) Presentation (34 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 9 results) Remarks (5 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Institute of Molecular and Cell Biology(シンガポール)

    • Country Name
      SINGAPORE
    • Counterpart Institution
      Institute of Molecular and Cell Biology
  • [Journal Article] 運動能の系統樹 ―生命の系統樹における運動システム進化につ いての提案―2020

    • Author(s)
      宮田 真人
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 61 Pages: in press

    • DOI

      not yet

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification and sequence analyses of the gliding machinery proteins from Mycoplasma mobile2020

    • Author(s)
      Tulum I, Kimura K, Miyata M
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 020-60535-z

    • DOI

      10.1038/s41598-020-60535-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Tree of motility - A proposed history of motility systems in the tree of life2020

    • Author(s)
      Miyata M, Robinson RC, Uyeda TQP, Fukumori Y, Fukushima S, Haruta S, Homma M, Inaba K, Ito M, Kaito C, Kato K, Kenri T, Kinosita Y, Kojima, Minamino T, Mori H, Nakamura S, Nakane D, Nakayama K, Nishiyama M, Shibata S, Shimabukuro K, Tamakoshi M, Taoka A, Tashiro Y, Tulum I, Wada H, and Wakabayashi K.
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 25 Pages: 6-21

    • DOI

      10.1111/gtc.12737

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Refined mechanism of Mycoplasma mobile gliding based on structure, ATPase activity, and sialic acid binding of machinery2019

    • Author(s)
      Nishikawa MS, Nakane D, Toyonaga T, Kawamoto A, Kato T, Namba K, Miyata M
    • Journal Title

      mBio

      Volume: 10 Pages: e02846-19

    • DOI

      10.1128/mBio.02846-19

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Peptidoglycan layer and disruption processes in Bacillus subtilis cells visualized using quick-freeze, deep-etch electron microscopy2019

    • Author(s)
      Tulum I, Tahara YO, Miyata M
    • Journal Title

      Microscopy

      Volume: 68 Pages: 441-449

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfz033

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Behaviors and energy source of Mycoplasma gallisepticum gliding2019

    • Author(s)
      Mizutani M, Miyata M
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 201 Pages: e00397-19

    • DOI

      10.1128/JB.00397-19

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 高速AFMが捕らえた!Mycoplasma mobileの滑走装置2019

    • Author(s)
      小林 昂平,古寺 哲幸,田原 悠平,豊永 拓真,笠井 大司,安藤 敏夫,宮田 真人
    • Journal Title

      顕微鏡

      Volume: 54 Pages: 67-71

    • DOI

      https://doi.org/10.11410/kenbikyo.54.2_67

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 「電子顕微鏡を用いた細菌の微細構造解析」シンポジウムコンビーナー2020

    • Author(s)
      本間 道夫,宮田 真人
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
    • Invited
  • [Presentation] モリクテス綱細菌の運動超分子マシナリー2020

    • Author(s)
      宮田 真人,豊永 拓真,笹嶋 雄也,加藤 貴之,川本 晃大,宮田 知子,難波 啓一
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
    • Invited
  • [Presentation] ヒト肺炎マイコプラズマ1型菌と2型菌における滑走運動の比較2020

    • Author(s)
      水谷 雅希,宮田 真人
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
  • [Presentation] 合成細菌syn3.0におけるスピロプラズマ遊泳運動の再現とその起源の探索2020

    • Author(s)
      木山 花,柿澤 茂行,宮田 真人
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
    • Invited
  • [Presentation] 細菌アクチンMreB からスピロプラズマ遊泳モーターへの進化2020

    • Author(s)
      高橋 大地,宮田 真人
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
  • [Presentation] らせん反転遊泳を駆動するスピロプラズマ“フィブリル”タンパク質の詳細構造2020

    • Author(s)
      笹嶋 雄也,加藤 貴之,宮田 知子,難波 啓一,宮田 真人
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
  • [Presentation] Mycoplasma mobile が持つモーターを構成する機能未知タンパク質,MMOB1620の構造2020

    • Author(s)
      佐藤 宏樹,工藤 恒,児玉 彩,大岡 紘治,季高 駿士,林 勇樹,新井 宗仁,宮田 真人
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
  • [Presentation] Spiroplasma のらせん反転遊泳を駆動するFibrilタンパク質の詳細構造2020

    • Author(s)
      笹嶋 雄也,加藤 貴之,宮田 知子,難波 啓一,宮田 真人
    • Organizer
      2020年生体運動研究合同班会議
  • [Presentation] Spiroplasma 遊泳運動に必須な細菌アクチンMreB2020

    • Author(s)
      高橋 大地,藤原 郁子,宮田 真人
    • Organizer
      2020年生体運動研究合同班会議
  • [Presentation] 最小生物、マイコプラズマの運動能 -メカニズムと起源-2019

    • Author(s)
      宮田 真人
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会
    • Invited
  • [Presentation] スピロプラズマの螺旋交換遊泳を駆動する内部リボン構造2019

    • Author(s)
      笹嶋 雄也,加藤 貴之,宮田 知子,難波 啓一,宮田 真人
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第62回シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Bacterial actin homolog, MreBs and fibril are essential for the swimming motility of Spiroplasma eriocheiris2019

    • Author(s)
      Ikuko Fujiwara, Daichi Takahashi, Yuya Sasajima, Hana Kiyama, Ayami Arakawa, K Kato, Tomoko Miyata, Shigeyuki Kakizawa, Keiichi Namba, Makoto Miyata
    • Organizer
      11th Toyota Riken International Workshop on "Actin Filament: beyond the atomic resolution structures"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Polymerization of bacterial actin MreB involved in swimming motility of Spiroplasma eriocheiris2019

    • Author(s)
      Daichi Takahashi, Ikuko Fujiwara, Makoto Miyata
    • Organizer
      11th Toyota Riken International Workshop on "Actin Filament: beyond the atomic resolution structures"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Detail structure of Spiroplasma fibril protein driving helicity-switching swimming with five bactarial actins2019

    • Author(s)
      Yuya Sasajima, Takayuki Kato, Tomoko Miyata, Keiichi Namba, Makoto Miyata
    • Organizer
      11th Toyota Riken International Workshop on "Actin Filament: beyond the atomic resolution structures"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Reconstitution of Spiroplasma swimming motility caused by bacterial actin MreBs in synthetic bacterium2019

    • Author(s)
      Hana Kiyama, Shigeyuki Kakizawa, Makoto Miyata
    • Organizer
      11th Toyota Riken International Workshop on "Actin Filament: beyond the atomic resolution structures"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 合成細菌におけるSpiroplasma eriocheiris 遊泳運動の再現2019

    • Author(s)
      Hana Kiyama, Shigeyuki Kakizawa, Makoto Miyata
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Spiroplasma eriocheiris の遊泳運動にかかわる細菌のアクチンMreBの重合2019

    • Author(s)
      Daichi Takahashi, Makoto Miyata
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Mycoplasma mobile のモーターを構成するタンパク質MMOB1620の構造解析2019

    • Author(s)
      Hiroki Sato, Aya Kodama, Hisashi Kudo, Koji Ooka, Syunji Suetaka, Yuuki Hayashi, Munehito Arai, Makoto Miyata
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] スピロプラズマの螺旋交換遊泳を駆動する内部リボン構造2019

    • Author(s)
      Yuya Sasajima, Takayuki Kato, Tomoko Miyata, Keiishi Namba, Makoto Miyata
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Structure of motor evolved by combination of F-ATPase and phosphoglycerate kinase for Mycoplasma mobile gliding2019

    • Author(s)
      Takuma Toyonaga, Takayuki Kato, Akihiro Kawamoto, Tasuku Hamaguchi, Keiichi Namba, Makoto Miyata
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] ATP合成酵素とPGKから進化したMycoplasma mobile 滑走モーターの構造2019

    • Author(s)
      豊永 拓真,加藤 貴之,川本 晃大,浜口 祐,古寺 哲幸,安藤 敏夫, 難波 啓一,宮田 真人
    • Organizer
      日本マイコプラズマ学会第46回学術集会
  • [Presentation] マイコプラズマ・モービレの滑走運動:"あし"の結合力2019

    • Author(s)
      浜口 祐,川上 勝,古川 英光,宮田 真人
    • Organizer
      日本マイコプラズマ学会第46回学術集会
  • [Presentation] Mycoplasma mobile 滑走運動の推進力2019

    • Author(s)
      水谷 雅希,イシル トゥルム,木下 佳昭,西坂 崇之,宮田 真人
    • Organizer
      日本マイコプラズマ学会第46回学術集会
    • Invited
  • [Presentation] 合成マイコプラズマsyn3.0BにおけるSpiroplasma eriocheiris 遊泳運動の再現2019

    • Author(s)
      木山 花,柿澤 茂行,宮田 真人
    • Organizer
      日本マイコプラズマ学会第46回学術集会
  • [Presentation] Mycoplasma mobile の滑走に必須なタンパク質 Gli123 の二つの異なる構造2019

    • Author(s)
      松生 大輝,田原 悠平,浜口 祐,工藤 恒,林 勇樹,新井 宗仁,宮田 真人
    • Organizer
      日本マイコプラズマ学会第46回学術集会
  • [Presentation] Spiroplasma eriocheiris 由来のアクチンホモログ"MreB"の重合的特徴2019

    • Author(s)
      高橋 大地,宮田 真人
    • Organizer
      日本マイコプラズマ学会第46回学術集会
  • [Presentation] スピロプラズマ螺旋交換遊泳運動をつかさどる内部螺旋リボン構造2019

    • Author(s)
      笹嶋 雄也,Isil Tulum,宮田 真人
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡が捕らえた!マイコプラズマモービレ滑走装置の動き2019

    • Author(s)
      小林 昂平,古寺 哲幸,田原 悠平,豊永 拓真,笠井 大司,安藤 敏夫,宮田 真人
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
  • [Presentation] 細胞骨格のらせんを反転して遊泳するスピロプラズマ2019

    • Author(s)
      宮田 真人,笹嶋 雄也,高橋 大地,木山 花,柿澤 茂行
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
    • Invited
  • [Presentation] 「細胞骨格によって制御される細胞機能研究の 最前線」シンポジウムコンビーナー2019

    • Author(s)
      塩見 大輔,宮田 真人
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
    • Invited
  • [Presentation] Spiroplasma eriocheiris 遊泳に関係する MreB の重合特性2019

    • Author(s)
      高橋 大地,児玉 彩,今田 勝巳,宮田 真人
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
  • [Presentation] Mycoplasma mobile の滑走に必須なタンパク質 Gli123 の二つの異なる構造2019

    • Author(s)
      松生 大輝,田原 悠平,浜口 祐,新井 宗仁,宮田 真人
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
  • [Presentation] Elucidating subunit composition of the motor evolved from ATP synthase for Mycoplasma mobile gliding2019

    • Author(s)
      豊永 拓真,加藤 貴之,川本 晃大,古寺 哲幸,安藤 敏夫, 難波 啓一,宮田 真人
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
  • [Presentation] マイコプラズマ・ガリセプティカム滑走運動の詳細測定2019

    • Author(s)
      水谷 雅希,宮田 真人
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.sci.osaka-cu.ac.jp/~miyata/index.html

  • [Remarks] 新学術領域「運動マシナリー」ホームページ

    • URL

      http://bunshi5.bio.nagoya-u.ac.jp/~mycmobile/index.php

  • [Remarks] 新学術領域「運動マシナリー」による汎用3Dプリンターの生物学への応用 Facebook

    • URL

      https://www.facebook.com/motility.machinery

  • [Remarks] 新学術領域「運動マシナリー」総括班による先端的電子顕微鏡観察法の開発 Facebook

    • URL

      https://www.facebook.com/freeze.fracture

  • [Remarks] 運動マシナリー・ディスカッション Facebook

    • URL

      https://www.facebook.com/mycmobile

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 立体模型の製造方法、及び立体模型2017

    • Inventor(s)
      浜口 祐,宮田 真人
    • Industrial Property Rights Holder
      浜口 祐,宮田 真人
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Patent Publication Number
      特開2019-15768

URL: 

Published: 2021-01-27  

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