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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Self-replication of nonequilibrium dynamical DNA artificial cells

Research Project

Project/Area Number 17H01813
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

瀧ノ上 正浩  東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (20511249)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川野 竜司  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (90401702)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords分子ロボット / 人工生命 / 人工細胞 / DNAナノテクノロジー / ソフトマター / マイクロ流体工学
Outline of Annual Research Achievements

DNA設計によるプログラマブルな動的分子システムである「自己複製する非平衡動的なDNA人工細胞」の構築のため,DNAマイクロゲルおよびDNAマイクロカプセルの自己組織化と制御に関する研究を実施した.今年度は,外場によるマイクロ粒子の制御,DNA人工細胞カプセルの安定化, 自律的に分裂できるDNAゲル人工細胞の構築を中心に行い,非平衡動的なDNA人工細胞の実現を目指した.
(1) 非平衡動的なDNA人工細胞の構築には,非平衡状況下で外場のエネルギーを利用し駆動するメカニズムの構築が必要である.そこで,マイクロ粒子をモデルとして利用し,外場である電場のエネルギーから自律的に方向性のある集団運動を取り出す方法を確立した.
(2) DNA人工細胞カプセルの安定化の研究を行った.具体的には,従来のDNAオリガミの1/10のサイズのDNAオリガミを直方体的に自己組織化させ,そこに疎水性分子であるコレステロールを付加し,両親媒性DNAオリガミ構造を作った.また,生成時の凝集や界面吸着問題を解決するため,疎水性部分を保護するプロテクタメカニズムを開発し,高効率で生成するとともに,着脱を制御できることを実証した.これにより,定量的に,界面制御を実現でき,飛躍的に実験がしやすい技術を開発することに成功した.
(3)自律的に分裂できるDNAゲル人工細胞の構築:Y-motif構造と呼ばれるDNAナノ構造を集積したDNAゲルを構築した.このDNAゲルの中には,最初は2種類の配列が混和することで一体となったDNAゲル粒子を形成しているが,外からのタンパク質入力に応答して,混和に寄与しているリンカーDNAが切断されることによって,混和状態が解消され,細胞分裂や細胞核の分裂のような自律的な分裂を実現できることを実証した.これにより,自己複製する非平衡動的なDNA人工細胞の基盤が確立した.

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (26 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (21 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 10 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Collective Ratchet Transport Generated by Particle Crowding under Asymmetric Sawtooth‐Shaped Static Potential2020

    • Author(s)
      Hayakawa Masayuki、Kishino Yusuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Advanced Intelligent Systems

      Volume: - Pages: 2000031~2000031

    • DOI

      10.1002/aisy.202000031

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Surfactant concentration modulates the motion and placement of microparticles in an inhomogeneous electric field2020

    • Author(s)
      Masukawa Marcos K.、Hayakawa Masayuki、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 10 Pages: 8895~8904

    • DOI

      10.1039/D0RA00703J

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Photolithographic shape control of DNA hydrogels by photo-activated self-assembly of DNA nanostructures2020

    • Author(s)
      Kasahara Yu、Sato Yusuke、Masukawa Marcos K.、Okuda Yukiko、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      APL Bioengineering

      Volume: 4 Pages: 016109~016109

    • DOI

      10.1063/1.5132929

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA Origami Nanoplate‐Based Emulsion with Nanopore Function2019

    • Author(s)
      Ishikawa Daisuke、Suzuki Yuki、Kurokawa Chikako、Ohara Masayuki、Tsuchiya Misato、Morita Masamune、Yanagisawa Miho、Endo Masayuki、Kawano Ryuji、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 58 Pages: 15299~15303

    • DOI

      10.1002/anie.201908392

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Cell-like molecular robots based on DNA-integrated microdroplets2019

    • Author(s)
      瀧ノ上 正浩
    • Organizer
      Workshop on Membrane Biotechnology with Microfabrications
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Formation of DNA microdroplets with sequence-specificity by liquid-liquid phase separation of DNA nanostructures2019

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      Okinawa Colloids 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] DNA microcapsules for cell-like molecular robots based on soft matter biophysics2019

    • Author(s)
      瀧ノ上 正浩
    • Organizer
      Symposium on bioinspired design of advanced materials
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Molecular robotics based on microfluidic control of bio soft matter2019

    • Author(s)
      瀧ノ上 正浩
    • Organizer
      DNA Nanotechnology Workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cell-like molecular robots built with DNA nanotechnology2019

    • Author(s)
      瀧ノ上 正浩
    • Organizer
      "ELSI mini-symposium ? Primitive Compartments: Assembly Function and Evolution"
    • Invited
  • [Presentation] DNAナノテクノロジーによる細胞型分子ロボットの構築2019

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      群馬大学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] DNAマイクロ液滴の液-液相分離の塩基配列制御 ~ナノ/マイクロマテリアルサイエンスの立場からのLLPS研究~2019

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第3回LLPS研究会
    • Invited
  • [Presentation] 循環共生圏農工業におけるナノ・マイクロ生体分子ロボットの可能性2019

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      循環共生圏農工業研究推進体 キックオフシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] DNAの情報生命物理学による人工細胞・分子ロボットへの挑戦2019

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      情報社会とイノベーション(IS&I)研究会
    • Invited
  • [Presentation] バイオソフトマター制御による人工細胞工学2019

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第4回個体の中の細胞社会学ワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] Fabrication of Microfluidic Devices to Explore Size Control Ability of Droplets with a Small Volume Sample2019

    • Author(s)
      WU SHANGRU
    • Organizer
      第6回サイボウニクス研究会
  • [Presentation] DNAの液液相分離を利用した核酸センシングシステム構築2019

    • Author(s)
      津村希望
    • Organizer
      第6回サイボウニクス研究会
  • [Presentation] Surfactant blends enable cargo delivery to microdroplet array and active w/o/w bacteria emulsion2019

    • Author(s)
      MASUKAWA Marcos Kunihiro
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会12.0
  • [Presentation] 粘弾性相分離モデルの拡張によるDNAマイクロゲルのパターン形成の数値解析2019

    • Author(s)
      阪本哲郎
    • Organizer
      第6回サイボウニクス研究会
  • [Presentation] Effect of surfactant on the electric manipulation of microparticles2019

    • Author(s)
      MASUKAWA Marcos Kunihiro
    • Organizer
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第40回研究会(CHEMINAS40)
  • [Presentation] 塩基配列設計に基づいたDNA液滴の構築と制御2019

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会12.0
  • [Presentation] イオンチャネル機能を有する両親媒化DNAナノプレート集積カプセル2019

    • Author(s)
      石川 大輔
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会12.0
  • [Presentation] Construction of hydrogel microcapsules by using phase separation of liquid-like DNA2019

    • Author(s)
      中島 裕司
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会
  • [Presentation] Dynamic system by liquid-liquid phase separation using DNA droplet2019

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会
  • [Presentation] Simulation model and analysis of phase transition in DNA gel2019

    • Author(s)
      山本 陽大
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会
  • [Presentation] Porous microstructure formation of DNA droplet2019

    • Author(s)
      阪本 哲郎
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会
  • [Remarks] 瀧ノ上研究室ホームページ

    • URL

      http://takinoue-lab.jp/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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