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2017 Fiscal Year Annual Research Report

強スケーリング性能を指向した計算物理向け超並列行列計算ライブラリの開発

Research Project

Project/Area Number 17H02828
Research InstitutionThe University of Electro-Communications

Principal Investigator

山本 有作  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 (20362288)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横川 三津夫  神戸大学, 先端融合研究環, 教授 (70358307)
星 健夫  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (80272384)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords行列計算 / 並列計算 / 強スケーリング / 計算物理
Outline of Annual Research Achievements

今年度は次の3つのテーマについて研究を行った。
(1) 時間依存シュレーディンガー方程式に基づく波束シミュレーション向けに,1-way dissection法に基づく帯行列用の並列版連立1次方程式直接解法を開発した。性能評価の結果,40万元の問題を解く場合に 10コアで7倍程度の加速が得られ,LAPACKに比べて高い性能を得られることを明らかにした。また,モデル問題として2次元ポアソン方程式を取り上げ,種々の疎行列格納方式を用いた場合の性能を評価した。今後,本ソルバを有機高分子系の時間発展シミュレーションに適用する。
(2) ブロックヤコビ法と並列動的オーダリングに基づく共有メモリ版の実対称固有値ソルバを開発するとともに,収束性に関する理論的・実験的解析を行った。理論解析では,非対角ノルムの1次収束性に関して新しい上界を導出した。新たな上界は並列数に反比例する形を持ち,並列化による加速を理論的に裏付ける結果となっている。また,従来のラウンドロビン法や修正型モジュラス法と並列動的オーダリングとを比較し,後者は行列が悪条件の場合に従来法と比べて反復回数を大きく削減できることを示した。
(3) 超並列型量子物質計算の応用研究として京コンピュータを用いた有機高分子の多数計算(1200原子,4万サンプル)を行い,データ科学的解析(主成分解析)により有機材料のデバイス性能が,2種の競合的要因で得られることを示した。これにより,受賞2件を受けた。また,超並列性に適した中間固有値問題計算ライブラリk-epを作成し,ネット公開を行った(https://github.com/lee-djl/k-ep)。さらに,自作ミドルウェア型超並列固有値ソルバEigenKernel(https://github.com/eigenkernel/)において,データ科学(ベイズ推定)を用いた性能予測手法を構築した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

連立1次方程式ソルバ,固有値ソルバとも,研究は順調に進展し,共有メモリ型並列計算機向けにソルバのプロトタイプが完成できた。また,固有値ソルバについては,並列性能を裏付ける理論的な結果も導出した。さらに,データ科学による物性研究という新しい領域における研究も推進し,次のように2件の賞を受賞している。

[1] 学生優秀発表賞:大平健太郎,星健夫,福島孝治,「データ科学と大規模電子状態計算による有機高分子探索」 第31回分子シミュレーション討論会(2017年11月29日-12月1日).

[2] HPCI利用研究平成28年度優秀成果賞(2年連続受賞)「100ナノ電子状態計算とデータ科学による有機デバイス材料研究」,第4回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会(2017年11月2日, 東京).

Strategy for Future Research Activity

開発したソルバ群の分散メモリ型並列化を行い,より多くのコア数で並列性能を確認する。また,ソルバ群を電子状態計算から生じる行列に適用し,性能と精度を評価する。さらに,データ科学の物性予測への応用など,新しい方向についても研究を進める。

  • Research Products

    (16 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Salzburg University(Austria)

    • Country Name
      Austria
    • Counterpart Institution
      Salzburg University
  • [Int'l Joint Research] Slovak Academy of Sciences(Slovakia)

    • Country Name
      Slovakia
    • Counterpart Institution
      Slovak Academy of Sciences
  • [Journal Article] Solution of a Nonlinear Eigenvalue Problem Using Signed Singular Values2018

    • Author(s)
      Ooi Kouhei、Mizuno Yoshinori、Sogabe Tomohiro、Yamamoto Yusaku、Zhang Shao-Liang
    • Journal Title

      East Asian Journal on Applied Mathematics

      Volume: 7 Pages: 799~809

    • DOI

      10.4208/eajam.181016.300517c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] On Using the Cholesky QR Method in the Full-Blocked One-Sided Jacobi Algorithm2018

    • Author(s)
      Shuhei Kudo and Yusaku Yamamoto
    • Journal Title

      Lecture Notes in Computer Science

      Volume: 10777 Pages: 612-622

    • DOI

      10.1007/978-3-319-78024-5_53

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] On the optimality and sharpness of Laguerre's lower bound on the smallest eigenvalue of a symmetric positive definite matrix2017

    • Author(s)
      Yusaku Yamamoto
    • Journal Title

      Applications of Mathematics

      Volume: 62 Pages: 319-331

    • DOI

      10.21136/AM.2017.0022-17

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The danger of combining block red?black ordering with modified incomplete factorizations and its remedy by perturbation or relaxation2017

    • Author(s)
      Shioya Akemi、Yamamoto Yusaku
    • Journal Title

      Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics

      Volume: 35 Pages: 195~216

    • DOI

      10.1007/s13160-017-0277-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] One-way dissectionオーダリングによる連立一次方程式の直接解法の並列化2017

    • Author(s)
      中野智輝, 横川三津夫, 深谷猛, 山本有作
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)

      Volume: 2017-HPC-162 Pages: 1-10

  • [Presentation] Block Red-Black Milu(0) Preconditioner with Relaxation on GPU2018

    • Author(s)
      Akemi Shioya and Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      18th SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Oakforest-PACSにおける一般化固有値計算の性能解析と性能予測2018

    • Author(s)
      星健夫, 福本智哉, 深谷猛, 山本 有作
    • Organizer
      日本応用数理学会 2018年 研究部会連合発表会
  • [Presentation] Analysis and prediction of the performance in generalized eigenvalue solvers on Oakforest-PACS2018

    • Author(s)
      Takeo Hoshi, Tomoya Fukumoto, Takeshi Fukaya and Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      International Workshop on Eigenvalue Problems: Algorithms; Software and Applications, in Petascale Computing (EPASA2018)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Roundoff error analysis of the CholeskyQR2 and related algorithms2017

    • Author(s)
      Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      PARNUM2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ブロック赤-黒順序付けされた摂動/緩和MILU(0) 前処理法のGPUとマルチコアCPUにおける性能評価2017

    • Author(s)
      塩谷明美,山本有作
    • Organizer
      SWoPP 2017
  • [Presentation] On using the Cholesky QR method in the full-blocked one-sided Jacobi algorithm2017

    • Author(s)
      Shuhei Kudo and Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      PPAM2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 虚数シフトを行った実対称行列のための COCG法と一般化MINRES法の性能比較2017

    • Author(s)
      清藤 博暉, 山本 有作
    • Organizer
      日本応用数理学会「行列・固有値問題 の解法とその応用」研究部会 第24回研究会
  • [Presentation] A parallel solver for a linear system with symetric sparse matrix by one-dissection ordering2017

    • Author(s)
      M. Yokokawa, T. Nakano, T. Fukaya and Y. Yamamoto
    • Organizer
      Workbench on Sustained Simulation Performance (WSSP)
    • Int'l Joint Research
  • [Book] Eigenvalue Problems: Algorithms, Software and Applications in Petascale Computing2018

    • Author(s)
      Yusaku Yamamoto
    • Total Pages
      251-266
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-3-319-62426-6

URL: 

Published: 2018-12-17  

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