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2019 Fiscal Year Annual Research Report

強スケーリング性能を指向した計算物理向け超並列行列計算ライブラリの開発

Research Project

Project/Area Number 17H02828
Research InstitutionThe University of Electro-Communications

Principal Investigator

山本 有作  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 (20362288)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横川 三津夫  神戸大学, 先端融合研究環, 教授 (70358307)
星 健夫  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (80272384)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords固有値計算 / 連立1次方程式解法 / 並列化 / 電子状態計算 / プラズマシミュレーション
Outline of Annual Research Achievements

(1) 正定値対称疎行列を係数行列に持つ連立1次方程式に対する解法の一つであるマルチフロンタル法を,ランタイムシステムStarPUを用いて,Intel Xeon Phiシステム上で実装し,64スレッド並列において最大26.8倍の性能を達成した.また,立方体領域に周期境界条件を課した圧縮性流体のシミュレーションにおいて,移流項を8次コンパクト差分法による離散化で得られる連立一次方程式に対し,拡張Mator法による並列化を行い,従来の並列化コードと比較して最大2.3倍の高速化を達成した.

(2) これまで開発してきた超並列向け固有値計算ライブラリEigenKernel(全固有対計算ソルバ)及びk-ep(選択的部分固有対計算ソルバー)を統合し,有機デバイス材料(ペンタセン薄膜系100ナノメートルスケール系)に応用し,伝導メカニズムを担う準局在型電子状態を得た.従来のEigenKernelでは,「京」全体を使ってもN=100万次元行列が限界だったが,k-epとの統合により,東大物性研スーパーコンピュータ(sekirei)1ノードにおいてさえもN=1000万次元計算が可能となった.また,高信頼性ソルバとして,EigenKernelで計算した固有対に対する,高速な後処理型精度保証手法を実現した.さらに,大規模固有値問題計算の新たなニーズ顕在化研究として,有機界面系における第一原理電子励起計算及び陽電子回折実験の逆問題型データ解析に取り組んだ.

(3) 超並列向け固有値計算に対し,自動チューニングライブラリATMathCoreLibを用いたソルバの自動選択の手法を開発した.EigenKernelを用いて得られた大規模並列計算の計算時間データにノイズを加えた仮想データで実験した結果,ノイズレベルが40%程度と大きくても,計算機環境と行列サイズに応じた最適なソルバを選択できることを確認した.

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (16 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Open Access: 4 results,  Peer Reviewed: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (3 results)

  • [Int'l Joint Research] ザルツブルグ大学(オーストリア)

    • Country Name
      AUSTRIA
    • Counterpart Institution
      ザルツブルグ大学
  • [Int'l Joint Research] スロバキア国立科学アカデミー(スロバキア)

    • Country Name
      SLOVAKIA
    • Counterpart Institution
      スロバキア国立科学アカデミー
  • [Journal Article] Performance prediction of massively parallel computation by Bayesian inference2022

    • Author(s)
      Kohashi Hisashi、Iwamoto Harumichi、Fukaya Takeshi、Yamamoto Yusaku、Hoshi Takeo
    • Journal Title

      JSIAM Letters

      Volume: 14 Pages: 13~16

    • DOI

      10.14495/jsiaml.14.13

    • Open Access
  • [Journal Article] Combinatorial preconditioning for accelerating the convergence of the parallel block Jacobi method for the symmetric eigenvalue problem2021

    • Author(s)
      Kugaya Masaki、Kudo Shuhei、Yamamoto Yusaku
    • Journal Title

      JSIAM Letters

      Volume: 13 Pages: 56~59

    • DOI

      10.14495/jsiaml.13.56

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Acceleration and Parallelization of a Linear Equation Solver for Crack Growth Simulation Based on the Phase Field Model2021

    • Author(s)
      Ishii Gaku、Yamamoto Yusaku、Takaishi Takeshi
    • Journal Title

      Mathematics

      Volume: 9 Pages: 2248~2248

    • DOI

      10.3390/math9182248

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] On eigenvalues of a matrix arising in energy-preserving/dissipative continuous-stage Runge-Kutta methods2021

    • Author(s)
      Yamamoto Yusaku
    • Journal Title

      Special Matrices

      Volume: 10 Pages: 34~39

    • DOI

      10.1515/spma-2021-0101

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Mobility and Eigenvalue/Singular Value Problems: Applications and Numerical Computation2022

    • Author(s)
      Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      Mobility Workshop 2022 in Shizuoka: Mathematical Approaches to Mobility Problems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] テイラー展開に基づく行列指数関数計算の誤差解析2021

    • Author(s)
      山本有作, 工藤周平, 星健夫
    • Organizer
      日本応用数理学会「行列・固有値問題の解法とその応用」研究部会 第31回研究会
  • [Presentation] ブロック赤黒順序付けされた摂動付き修正不完全分解前処理の収束性解析2021

    • Author(s)
      塩谷明美, 山本有作
    • Organizer
      日本応用数理学会2020年度年会
  • [Presentation] 離散相対論的戸田方程式から導かれる交通流モデル2021

    • Author(s)
      関口真基, 岩崎雅史, 山本有作, 石渡恵美子
    • Organizer
      日本応用数理学会2020年度年会
  • [Presentation] 原点シフト付きロトカ・ボルテラ系に対する超離散化から得られる箱玉系の性質について2021

    • Author(s)
      岡来美, 関口真基, 岩﨑雅史, 山本有作, 石渡恵美子
    • Organizer
      日本応用数理学会2020年度年会
  • [Presentation] ベイズ推定による超並列計算の性能予測2021

    • Author(s)
      星健夫, 小橋恒士, 山本有作, 深谷猛
    • Organizer
      日本応用数理学会2020年度年会
  • [Presentation] ブロック赤黒順序付けを用いた摂動付きMIC(0)分解のモデル問題による収束性解析2021

    • Author(s)
      塩谷明美,山本有作
    • Organizer
      日本応用数理学会「行列・固有値問題の解法とその応用」研究部会 第32回研究会
  • [Book] 20世紀のトップ10アルゴリズム2022

    • Author(s)
      金田 行雄、笹井 理生、張 紹良
    • Total Pages
      360
    • Publisher
      共立出版
    • ISBN
      978-4320122673
  • [Book] 理工系の数理 ベクトル解析2020

    • Author(s)
      山本 有作、石原 卓
    • Total Pages
      182
    • Publisher
      裳華房
    • ISBN
      978-4785315894
  • [Book] 計算科学のための基本数理アルゴリズム2019

    • Author(s)
      金田 行雄、笹井 理生、張 紹良
    • Total Pages
      256
    • Publisher
      共立出版
    • ISBN
      978-4320122666

URL: 

Published: 2022-12-28  

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