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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Development of novel time-resolved diffusion method and application to detection of protein conformation and intermolecular interaction

Research Project

Project/Area Number 17H03008
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

寺嶋 正秀  京都大学, 理学研究科, 教授 (00188674)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords分子間相互作用 / 拡散係数 / タンパク質 / 反応 / 時間分解
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質の反応機構を分子論的に明らかにするために必須である構造変化や分子間相互用変化を時間分解で検出できる時間分解回転拡散計測法を実験手法として確立することを試みた。このために、まず相補的な手法として用いることができるように、これまで発展させてきた時間分解並進拡散法と比較するため、いくつかのタンパク質反応に伴う拡散係数測定を行った。その結果、いくつかの光センタータンパク質の反応について、円二色性などでは検出できない構造変化も拡散係数変化として検出できることが明らかとなった。
また、回転拡散計測法の確立のために、いくつかのタンパク質を検討し、色素導入で構造が変化しないタンパク質とその部位を円二色性測定などを用いて決定した。こうして得られた情報を基にして、蛍光色素をタンパク質に導入し、蛍光の偏光測定を用いて偏光解消速度をピコ秒からナノ秒の時間スケールで測定した。その結果、天然状態ではタンパク質全体の回転に対応する偏光解消速度が得られたが、タンパク質の変性剤を溶液に加えると、予想していた回転拡散運動の減少ではなく、偏光解消速度の増加が観測された。これは、その部位における揺らぎ運動が促進されたためと解釈した。しかもその促進速度は、タンパク質の部位によって異なり、構造を取りにくい部位の動きが速いことが分かった。部位依存的なこの揺らぎ促進を見出したことは、タンパク質の安定性の議論に大きな役目を果たすと期待される。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画通り、タンパク質への蛍光色素の導入に成功している。また偏光解消速度の測定にも成功し、幾つかの光センサータンパク質において、タンパク質間相互作用を時間分解で観測することにも成功している。

Strategy for Future Research Activity

順調に進展しているので、本年度に引き続いて、蛍光偏光解消の速度測定を進める。特に、タンパク質を変性させたときの、部位依存的な動きに注目して研究を進める。

  • Research Products

    (25 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Photoreaction Dynamics of LOV1 and LOV2 of Phototropin from Chlamydomonas Reinhardtii2018

    • Author(s)
      Y. Nakasone, M. Ohshima, K. Okajima, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 122 Pages: 1801-1815

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b10266

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sequential DNA binding and dimerization processes of the photosensory protein EL2222018

    • Author(s)
      A. Takakado, Y. Nakasone, M. Terazima,
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 1603-1610

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b01206

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photoreaction of BlrP1: a role of nonlinear photo-intensity sensor2018

    • Author(s)
      K. Shibata, Y. Nakasone M. Terazima
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 20 Pages: 8133-8142

    • DOI

      10.1039/c7cp08436f

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 光熱変換現象の時間分解検出と化学反応解析への応用2018

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Journal Title

      分光研究

      Volume: 67 Pages: 22-34

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel physical chemistry approaches in biophysical researches with advanced application of lasers: detection and manipulation2018

    • Author(s)
      K. Iwata, M. Terazima, H. Masuhara
    • Journal Title

      BBA - General Subjects

      Volume: 1862 Pages: 335-357

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.11.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Light-Induced Conformational Changes of the LOV2-Kinase and the Linker Region in Arabidopsis Phototropin22017

    • Author(s)
      A. Takakado, Y. Nakasone, K. Okajima, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 121 Pages: 4414-4421

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b01552

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comparative study of thylakoid membranes in terminal heterocysts and vegetative cells from two cyanobacteria, Rivularia M-261 and Anabaena variabilis, by fluorescence and absorption spectral microscopy2017

    • Author(s)
      S. Nozue, M. Katayama, M. Terazima, S. Kumazaki
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta,

      Volume: 1858 Pages: 742-749

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2017.05.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photoinduced dimerization of a photosensory DNA-binding protein EL222 and its LOV domain2017

    • Author(s)
      A. Takakado, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 19 Pages: 24855-24865

    • DOI

      10.1039/c7cp03686h

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Reaction Dynamics of Photo-induced Protein-DNA Interaction2018

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      Trombay Symposium on Radiation & Photochemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] いかにして刺激受容後にタンパク質分子全体の構造変化過程や標的分子との分子間反応過程を時間分解で捉えるか2017

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Organizer
      分子研研究会「触媒反応であるタンパク質反応を分子科学的観点から捉える」
    • Invited
  • [Presentation] Light induced heating and volume changes to reveal protein reactions2017

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      9th International Conference on Photoacoustic and Photothermal Phenomena
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Multiphoton excitation controls inter-protein interaction of light sensory proteins2017

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      Gordon Research Conference on photochemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Time-resolved compressibility measurement reveals driving force of protein reactions2017

    • Author(s)
      T. Nakajima, Y. Nakasone, S. Tokutomi, K. Okajima, M. Terazima
    • Organizer
      21st European conference on thermophysical properties
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Application of the stopped-flow TG method to the denaturation of a photosensory protein2017

    • Author(s)
      S. Takaramoto, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Organizer
      生物物理学会年会
  • [Presentation] Time-resolved study of protein reactions using the transient grating method combined with a stopped-flow apparatus2017

    • Author(s)
      Y. Nakasone, S. Takaramoto, M. Terazima
    • Organizer
      生物物理学会年会
  • [Presentation] Study on the diversity of photoreactions among various homologous PixD proteins2017

    • Author(s)
      S. Tokonami, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Organizer
      生物物理学会年会
  • [Presentation] Transient grating method revealed a DNA binding process of a light sensor protein EL2222017

    • Author(s)
      A. Takakado, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Organizer
      生物物理学会年会
  • [Presentation] 赤色光センサータンパク質Cph1の光受容ドメインからキナーゼへの構造変化過程2017

    • Author(s)
      武田公利,寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] 青色光受容タンパク質BlrP1の光強度依存性と光反応ダイナミクス2017

    • Author(s)
      柴田耕生, 中曽根祐介, 寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] アゾベンゼンで制御する光応答性DNAの反応ダイナミクス2017

    • Author(s)
      端村航,中曽根祐介,大威英晃,神谷由紀子,浅沼浩之,寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] 光センサーBLUFドメインの光反応:遅い吸収変化の由来2017

    • Author(s)
      小野瀬森彦,中曽根祐介,柴田耕生,寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] ストップトフローと過渡回折格子法を組み合わせた蛋白質反応検出法2017

    • Author(s)
      中曽根祐介,宝本俊輝,寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] 時間分解拡散法から観るタンパク質とDNAの結合ダイナミクス2017

    • Author(s)
      高門輝, 中曽根祐介, 寺嶋正秀
    • Organizer
      溶液化学シンポジウム
  • [Presentation] Time-resolved diffusion technique can detect conformation dynamics of photosensor proteins2017

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      Asia Oceania Conference on Photobiology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 京都大学大学院理学研究科化学専攻 光物理化学研究室

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/hikari/

URL: 

Published: 2018-12-17  

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