2019 Fiscal Year Annual Research Report
Searching for causative mutations of disease model rats by using expanded exome analysis
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17H03619
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
須山 幹太 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (70452365)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | ラット / ターゲットキャプチャ / エクソーム / 疾患モデル動物 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本課題は、ナショナルバイオリソースプロジェクト「ラット」が保有する様々な疾患モデルラットを対象にした網羅的エクソーム解析から、それらの疾患原因変異を同定することを目的とし、原因遺伝子に基づく発症機序の解明を目指す。その際の解析手法として、エクソン領域以外に脊椎動物のゲノムで高度に保存した部位もターゲットとしたすでに開発済みの「拡張エクソーム解析」を適用し、遺伝子発現制御領域での変異も検出可能とする。
本年度は、疾患モデルラットのシーケンシングデータ解析から疾患原因候補変異の探索を続けるとともに、これまでの本課題の遂行により蓄積した様々なラット系統の変異情報の比較解析を行った。前者については有力な候補変異の検出には至っていないが、後者の解析から、ラット系統にはその系統関係を反映しない変異サイト（discordant sites）が多く見られることが明らかになった。これらは祖先多型（ancestral polymorphism）が子孫にランダムに伝わったものであると考えられた。興味深いことに（１）このような変異はゲノム全体に広く分布していること、（２）しかし特定の遺伝子座（免疫に関与するRT1遺伝子座や嗅覚受容体遺伝子クラスター）に集積が見られ、その場所は系統に依らないこと、などが明らかになった。このことは、ラット系統の変異の解釈において、このような祖先多型が存在することに注意すべきことを示している。この結果についてはすでに論文発表を行った（Kim et al. Mammalian Genome 2020)。また、この解析の過程で、現在リファレンスゲノムとなっているBN系統は、他の系統と比較的遠い関係にあり、ゲノム編集の実験をデザインなどの応用を考えた場合、より一般的な系統のリファレンスゲノムが必要であることが明らかにり、今後の課題が明確になった。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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