2021 Fiscal Year Annual Research Report
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17H03621
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
有田 正規 国立遺伝学研究所, 情報研究系, 教授 (10356389)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田中 謙 立命館大学, 薬学部, 教授 (60418689)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | メタボロミクス / リピドミクス / リポジトリ / スペクトル |
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| Outline of Annual Research Achievements |
理論スペクトルを掲載するウェブサイトとしてMediaWikiをベースにしたサーバを新たに構築した。セントロイド処理済みのスペクトルをズームして閲覧する機能、複数のスペクトルを比較する機能を備えている。この機能を https://mb.metabolomics.jp/wiki/ で公開した。
このサイトは別途作成している MetaboBank リポジトリと連携しており、MetaboBank に登録されたメタデータも掲載する。
メタボロミクスおよびリピドミクスのデータ公開および共有については、海外機関と連携を進めた。特に欧州バイオインフォマティクス研究所の MetaboLights、リピドミクス標準イニシアチブ（LSI）と連携しており、メタデータの記載フォーマット、記載内容についてすり合わせを実施した。
リピドミクスでは個別のスペクトルよりも各脂質クラス（脂肪酸長を抽象化した概念）のスペクトルを理解することが重要である。各クラスにおける代表スペクトルの、ウィキサーバ上における簡略表記法を考案した。クラスは130種以上あるため、現在これらスペクトルの関係を階層的に理解できるようなページ分類法のデザインを考案中である。これらの標準スペクトルはMetaboBankデータの再解析にも利用する。
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| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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