2019 Fiscal Year Annual Research Report
Transcription-coupled pre-mRNA processing in living animal
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17H03633
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
黒柳 秀人 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (30323702)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 遺伝子発現制御 / 新生RNA / 線虫 / スプライシング / 転写後プロセシング / mRNA / RNA-seq / 代謝標識 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1．本研究課題は、線虫をモデルとしてmRNA前駆体のプロセシングが転写伸長と共役して進行していく過程を個体レベルでゲノムワイドに明らかにし、スプライシング制御因子変異体における新生mRNA前駆体の配列を網羅的に解析して、選択的mRNAプロセシングの制御機構を転写と共役したプロセシングの進行過程の観点から類型化することを目指している。本年度は、前年度までの野生型における新生RNAの経時変化の解析結果を参考にして、スプライシング制御因子変異体unc-75、sup-12、asd-2、tcer-1について、4-チオウリジンによる20分間の新生RNAの代謝標識と精製を行い、新学術領域研究「先進ゲノム支援」の支援を受けてRNA-seq解析を行った。得られた配列データの生物情報学的解析を行い、mRNA前駆体の各イントロンのスプライシング完了率や選択的スプライシングを受けるエクソンの包含比率を算出して野生型と比較した。その結果、野生型と比較してスプライシングが速く完了するイントロン、遅くなるイントロンがそれぞれ多数見出された。個々の選択的エクソンのスプライシングへの影響とイントロン除去速度の関係にも一定の相関が見いだされ、エクソンの包含に至るイントロン除去の順序がそれぞれ推定された。さらに、RT-PCR解析により、いくつかの例について推定されたイントロン除去の順序が実験的に検証された。これらの結果から、新生RNAのRNA-seq解析により選択的mRNAプロセシングの進行過程を解明できることが示された。
２．米国Indiana大学のHeather A. Hundley博士、同カリフォルニア大学Santa Cruz校のJoshua A. Arribere博士と共に、線虫のmRNAの編集、プロセシング、品質管理についての電子書籍WormBookの章を執筆し、査読を受けて公開が決定した。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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