• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2017 Fiscal Year Annual Research Report

高分子量蛋白質のための全自動NMR構造解析システムの開発

Research Project

Project/Area Number 17H03641
Research InstitutionYokohama National University

Principal Investigator

児嶋 長次郎  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 教授 (50333563)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
KeywordsNMR / 蛋白質 / 立体構造
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、世界最高感度のNMR装置群と独自開発の自動構造計算ソフトを駆使し、従来の分子量上限を超える分子量5万の蛋白質のNMR構造を「全自動」で決定するシステムの構築を目指している。具体的には、研究代表者らが開発中の全自動NMR構造解析プラットフォームMagROと独自のアミノ酸選択標識技術、既存のメチル基選択的軽水素標識等を駆使して分子量5万の花成ホルモン受容体の構造解析を行い、高分子量蛋白質のための全自動NMR構造解析システムの開発に取り組んだ。
平成29年度は、(1)NMR統合解析プラットフォームMagROの開発、(2)メチル基に特化したNMRデータ取得法の確立、(3)メチル基に特化した全自動NMR構造解析ルーチンの開発、に取り組む。本年の特筆すべき成果として、150残基程度の小さな蛋白質に適用可能な全自動NMR構造解析システムの開発が挙げられる。特に機械学習技術を導入し、NMR構造決定の専門家と同程度以上の構造決定精度を達成した点は驚くべき成果である。また、メチル基に特化したNMRデータ取得法として、1H-1H-13Cの3次元NMRより1H-13C-13Cの3次元NMRの方が優れていることを見出した。さらに、これらのデータを解析できるメチル基に特化した全自動NMR構造解析ルーチンの検討も進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

全自動NMR構造解析システムの開発なでコンピュータ関係では想定以上に研究が進展したが、試料調製などに関しては実験室の整備の遅れによってやや遅れた。全体としては、おおむね順調である。

Strategy for Future Research Activity

基本的には当初計画通りに進める。試料調製などでの研究の遅れを取り戻すため、早期に実験室の整備を進める。

  • Research Products

    (10 results)

All 2017 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Academy of Sciences(チェコ)

    • Country Name
      CZECH
    • Counterpart Institution
      Academy of Sciences
  • [Int'l Joint Research] Marquette University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Marquette University
  • [Int'l Joint Research] Universite de Sherbrooke(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      Universite de Sherbrooke
  • [Journal Article] NMR line shape analysis of a multi-state ligand binding mechanism in chitosanase2017

    • Author(s)
      Shinya Shoko、Ghinet Mariana G.、Brzezinski Ryszard、Furuita Kyoko、Kojima Chojiro、Shah Sneha、Kovrigin Evgenii L.、Fukamizo Tamo
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR

      Volume: 67 Pages: 309~319

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0109-6

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine2017

    • Author(s)
      Sebera Jakub、Hattori Yoshikazu、Sato Daichi、Reha David、Nencka Radim、Kohno Takashi、Kojima Chojiro、Tanaka Yoshiyuki、Sychrovsky Vladimir
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: 5231~5242

    • DOI

      10.1093/nar/gkx157

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Protein 19F-labeling using transglutaminase for the NMR study of intermolecular interactions2017

    • Author(s)
      Hattori Yoshikazu、Heidenreich David、Ono Yuki、Sugiki Toshihiko、Yokoyama Kei-ichi、Suzuki Ei-ichiro、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR

      Volume: 68 Pages: 271~279

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0125-6

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural and Functional Analysis of the C-Terminal Region of FliG, an Essential Motor Component of Vibrio Na+-Driven Flagella2017

    • Author(s)
      Miyanoiri Yohei、Hijikata Atsushi、Nishino Yuuki、Gohara Mizuki、Onoue Yasuhiro、Kojima Seiji、Kojima Chojiro、Shirai Tsuyoshi、Kainosho Masatsune、Homma Michio
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 25 Pages: 1540~1548.e3

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.08.010

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Production of Single-Chain Fv Antibodies Specific for GA-Pyridine, an Advanced Glycation End-Product (AGE), with Reduced Inter-Domain Motion2017

    • Author(s)
      Fukuda N、Noi K、Weng L、Kobashigawa Y、Miyazaki H、Wakeyama Y、Takaki M、Nakahara Y、Tatsuno Y、Uchida-Kamekura M、Suwa Y、Sato T、Ichikawa-Tomikawa N、Nomizu M、Fujiwara Y、Ohsaka F、Saitoh T、Maenaka K、Kumeta H、Shinya S、Kojima C、Ogura T、Morioka H
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 22 Pages: 1695~1695

    • DOI

      10.3390/molecules22101695

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Fully Automated NMR Structure Determination of Protein2017

    • Author(s)
      Chojiro Kojima
    • Organizer
      2017 Taiwan-Japan Biomedical Symposium on Magnetic Resonance
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] Kojima Lab top page

    • URL

      http://nmrlab.ynu.ac.jp/labotop.php

URL: 

Published: 2019-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi