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2019 Fiscal Year Annual Research Report

光合成・光化学系II複合体に含まれる酸素発生錯体の混合原子価状態の解明

Research Project

Project/Area Number 17H03645
Research InstitutionOsaka City University

Principal Investigator

神谷 信夫  大阪市立大学, 複合先端研究機構, 名誉教授 (60152865)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords光化学系II / 光合成 / 水分解酸素発生 / 金属クラスター / 混合原子価状態 / SPring-8
Outline of Annual Research Achievements

現在の地球に棲息する光合成生物の内、水を電子源として酸素を発生しているものは、すべて、水分解・酸素発生触媒としてMn4Caクラスターを内包した光化学系II複合体(PSII)を持っている。Mn4Caクラスターは20~30億年前に出現したらん藻に既に見られ、その後の生物進化の長い歴史を経てもまったく変わっていない。Mn4Caクラスターには、生物界の触媒として唯一生き残ることができた理由が隠されているはずである。本研究では、本来Mn4Caクラスターの「ハードな」金属であるMn原子が混合原子価状態をとることで、「ソフトな」特性を獲得して触媒として機能しているとする作業仮説をたて、その検証を目標としてきた。実際には以下の手順に従ってPSIIのX線結晶構造解析に多波長異常分散法の手法を適用し、Mn4Caクラスターの4個のMn原子の価数を実測した。(1) 高分解能で同型性の高い結晶を多数準備して、少ないX線照射量での回折実験を可能にし、Mn原子のX線還元を無視できる程度に抑えた。(2) 同様に多数のPSII結晶を試料として、少ないX線照射量でMn-K吸収端スペクトルを測定し、回折実験を行うためのX線波長を決定した。(3) 設定した吸収端内の3波長と吸収端前後の2波長で回折強度を測定した(その際、吸収端より離れた1.80オングストロームでの回折強度測定も合わせて行い、各データを規格化するために利用した)。(4) 合計10種類の回折強度データに対して独立に構造解析を行った。(5) 得られた構造から計算される位相を用いて異常分散差の電子密度図を求め、各Mn原子に対するピーク高さから、それぞれの価数を決定した。(6) 得られた結果をもとに、Mn4Caクラスターの触媒機構についてした。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2019

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] The crystal structure of homoserine dehydrogenase complexed with L-homoserine and NADPH in a closed form2019

    • Author(s)
      Shota Akai, Hiroko Ikushiro, Taiki Sawai, Takato Yano, Nobuo Kamiya, and Ikuko Miyahara
    • Journal Title

      J. Biochem.

      Volume: 165 Pages: 185-195

    • DOI

      https://doi.org/10.1093/jb/mvy094

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Efficient hydrogen production using photosystem I enhanced by artificial light harvesting dye2019

    • Author(s)
      Haruki Nagakawa, Ayano Takeuchi, Yuya Takekuma, Tomoyasu Noji, Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya, Mamoru Nango, Rei Furukawad and Morio Nagata
    • Journal Title

      Photochem. Photobiol. Sci.

      Volume: 18 Pages: 309-313

    • DOI

      10.1039/c8pp00426a

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhancement of Photocurrent by Integration of an Artificial Light-Harvesting Antenna with a Photosystem I Photovoltaic Device2019

    • Author(s)
      Yuya Takekuma, Haruki Nagakawa, Tomoyasu Noji, Keisuke Kawakami, Rei Furukawa, Mamoru Nango, Nobuo Kamiya and Morio Nagata
    • Journal Title

      ACS Appl. Energy Matel.

      Volume: 2 Pages: 3986-3990

    • DOI

      10.1021/acsaem.9b00349

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel mechanism of Cl-dependent proton dislocation in photosystem II (PSII): Hybrid ab initio quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulation2019

    • Author(s)
      Atsushi Nakamura, Jiyoung Kang, Ryu-ichiro Terada, Hiori Kino, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya, and Masaru Tateno
    • Journal Title

      JPSJ

      Volume: 88 Pages: -

    • DOI

      https://doi.org/10.7566/JPSJ.88.084802

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Synthesis and characterization of chemically-reactive solubilization surfactants for membrane proteins and preparation of membrane protein hydrogel microfibers2019

    • Author(s)
      A. Taniguchi, S. Koeda, T. Noji, K. Kawakami, N. Sumito, T. Dewa, S. Itoh, N. Kamiya, T. Mizuno
    • Journal Title

      Colloid and Interf. Sci. Commun.

      Volume: 32 Pages: -

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.colcom.2019.100199

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Mixed-Valence State of the Oxygen-Evolving Complex in Photosystem II, Determined by Utilization of X-ray Anomalous Dispersion Effect2019

    • Author(s)
      Nobuo, Kamiya; Keisuke, Kawakami; Ayako, Tanaka
    • Organizer
      International Symposium on Diffraction Structural Biology ISDSB2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ROLES OF RED-CHLOROPHYLLS IN LHIGT-HARVESTING OF CYNANOBACTERIAL PSI, AS REVEALED BY ULTRAFAST SPECTROSCOPY2019

    • Author(s)
      Daisuke Kosumi, Hayata Yamamoto, Shuhei Yoshino, Masato Ueno, Keisuke Kawakami, and Nobuo Kamiya
    • Organizer
      International Conference on Solar Fuel ISF3-young
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ENERGY TRANSPORT IN THE PHYCOBILISOME-PHOTOSYSTEM SUPERCOMPLEX FROM THERMOPHILIC CYANOBACTERIA2019

    • Author(s)
      Yuma Hirota, Hiroki Serikawa, Keisuke Kawakami, and Nobuo Kamiya, Daisuke Kosumi
    • Organizer
      International Conference on Solar Fuel ISF3-young
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] STRUCTURAL STUDY OF PHYCOCYANIN COMPLEX IN PHYCOBILISOME BY CRYO-ELECTRON MICROSCOPY2019

    • Author(s)
      Keisuke Kawakami, Tasuku Hamaguchi, Yuhei O Tahara, Junko Shiomi, Daisuke Kosumi, Nobuo Kamiya, Makoto Miyata, Koji Yonekura
    • Organizer
      International Conference on Solar Fuel ISF3-young
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] EXCITASION ENERGY TRANSFER DYNAMICS OF CYANOBACTERIAL PHOTOSYNTHETIC ANTENNA PHYCOBILISOME2019

    • Author(s)
      Daisuke Kosumi, Yuma Hirota, Hiroki Serikawa, Keisuke Kawakami, and Nobuo Kamiya
    • Organizer
      International Conference on Artificial Photosynthesis-2019 ICARP2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] VALENCE FREXIBILITY OF MANGANESE ATOMS IN THE OXYGEN-EVOLVING COMPLEX OF PHOTOSYSTEM II2019

    • Author(s)
      Nobuo Kamiya, Keisuke Kawakami, and Ayako Tanaka
    • Organizer
      International Conference on Artificial Photosynthesis-2019 ICARP2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] STRUCTURAL STUDY OF PHYCOCYANIN COMPLEX IN PHYCOBILISOME INVOLVED IN EXCITATION ENERGY TRANSFER DYNAMICS2019

    • Author(s)
      Keisuke Kawakami, Tasuku Hamaguchi, Yuhei Tahara, Zyunko Shiomi, Daisuke Kosumi, Nobuo Kamiya, Makoto Miyata, Koji Yonekura
    • Organizer
      International Conference on Artificial Photosynthesis-2019 ICARP2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光合成超複合体における光エネルギー移動機構の解明に向けた取組み2019

    • Author(s)
      川上恵典, 田原悠平, 浜口祐, 小澄大輔, 神谷信夫, 米倉功治, 宮田真人
    • Organizer
      光合成学会
  • [Presentation] アクリルアミド系高分子修飾PG-surfactantの膜蛋白質可溶化挙動の評価2019

    • Author(s)
      嶋本 太郎, 川上 惠典, 出羽 毅久, 神谷 信夫, 伊藤 繁, 水野 稔久
    • Organizer
      第68回高分子学会年次大会
  • [Presentation] 光合成・光化学系IIの結晶の同型性と酸素発生クラスターのMn原子の価数2019

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      X線の会
  • [Presentation] 界面活性剤フリーな膜蛋白質利用手法の検討2019

    • Author(s)
      嶋本太郎、川上惠典、神谷信夫、水野稔久
    • Organizer
      CSJ化学フェスタ2019
  • [Presentation] 生命科学の飛躍のために一層深まる蛋白質結晶学の役割-光合成・光化学系IIのより確かな構造を求めて2019

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      結晶学会年会
    • Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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