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2017 Fiscal Year Annual Research Report

光合成による水分解:プロトン共役電子移動の分子機作

Research Project

Project/Area Number 17H03662
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

野口 巧  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (60241246)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉浦 美羽  愛媛大学, プロテオサイエンスセンター, 准教授 (80312255)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2021-03-31
Keywords光合成 / 水分解 / 酸素発生 / 赤外分光法 / 電子移動 / プロトン移動 / 量子化学計算
Outline of Annual Research Achievements

光化学系Ⅱにおける水分解反応の分子機構について、赤外分光解析による研究を行い、以下の成果を得た。
1.時間分解赤外分光法を用いて、水分解反応におけるS2-S3遷移の電子・プロトン移動反応の詳細を調べた。その結果、この遷移では約350 μsでプロトン移動律速の電子移動反応が起こることが示された。
2.光誘起偏光赤外全反射吸収法により、Mnクラスターの架橋酸素と相互作用するヒスチジン残基(D1-His337)のプロトン化構造を調べた。その結果、His337は、水分解反応の中間状態サイクル(S状態サイクル)を通して、常にプロトン化したカチオン型として存在していることが示された。また、QM/MM法を用いた量子化学計算により、このヒスチジンカチオンの正電荷が、Mnクラスターを高い電位に保ち、水分解能の発現に重要な役割を果たしていることが示された。
3. YZ近傍の水素結合ネットワークが水分解反応における役割を明らかにするため、YZ近傍に存在するD1-Asn298のAla変異体を作成し、熱発光・遅延蛍光および赤外分光測定を行った。その結果、この変異により、S2-S3、S3-S0遷移が阻害されることが示され、YZ近傍の水素結合ネットワークがこれらの遷移におけるプロトン放出経路として機能していることが示唆された。
4.表在性タンパク質PsbP, PsbQを除去し、さらにCl-をNO3-で置換した光化学系Ⅱ試料について、S1-S2遷移における構造変化を赤外分光解析により調べた。その結果、これらの表在性タンパク質の結合が、Mnクラスター近傍のCl-結合部位の構造を変化させることが示された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度に予定していた研究はほぼ遂行し、論文として投稿することができた。特に、Mnクラスター近傍のD1-H337、YZ近傍のD1-Asn298に関して、赤外分光解析により、これらの残基の水分解反応における重要性を示すことができたのは、非常に大きな成果であると考えている。

Strategy for Future Research Activity

時間分解赤外分光法を用いて、さらに他の中間状態遷移におけるプロトン放出と電子移動の時間挙動を調べ、プロトン共役電子移動機構を明らかにする。特に、これまで研究がほとんど進んでいない、S0→S1遷移に注目して研究を行う。また、水分子の取り込み過程およびプロトン放出過程を調べるため、メタノールやエタノールなどの水分子ホモログを用いた研究を本年度に引き続き行い、これらの小分子の結合が影響を与える中間状態遷移を特定する。さらに、赤外分光計測とQM/MM計算を用いて、Mn除去タンパク質へのMnイオン結合部位を調べ、Mnクラスターの生成過程を調べる予定である。

  • Research Products

    (31 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 2 results) Presentation (22 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Evaluation of photosynthetic activities in thylakoid membranes by means of Fourier transform infrared spectroscopy2018

    • Author(s)
      R. Nagao, S. Kitazaki, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Bioenergetics

      Volume: 1859 Pages: 129-136

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2017.11.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] PsbP-induced protein conformational changes around Cl? ions in the water oxidizing center of photosystem II2018

    • Author(s)
      J. Kondo, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Photosynthetica

      Volume: 56 Pages: 178-184

    • DOI

      10.1007/s11099-017-0749-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fluorescence property of photosystem II protein complexes bound to a gold nanoparticle2017

    • Author(s)
      K. Tahara, A. Mohamed, K. Kawahara, R. Nagao, Y. Kato, H. Fukumura, Y. Shibata, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Faraday Discuss.

      Volume: 198 Pages: 121-134

    • DOI

      10.1039/C6FD00188B

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Light-induced structural changes and the site of O=O bond formation in PSII caught by XFEL2017

    • Author(s)
      M. Suga , F. Akita, M. Sugahara,… Y. Kato, T. Noguchi …. J.-R. Shen (38 authors)
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 543 Pages: 131-135

    • DOI

      10.1038/nature21400

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Monitoring the reaction process during the S2→S3 transition in photosynthetic water oxidation using time-resolve infrared spectroscopy2017

    • Author(s)
      H. Sakamoto, T. Shimizu, R. Nagao, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 139 Pages: 2022-2029

    • DOI

      10.1021/jacs.6b11989

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genetically introduced hydrogen bond interactions reveal an asymmetric charge distribution on the radical cation of the special-pair chlorophyll P6802017

    • Author(s)
      R. Nagao, M. Yamaguchi, S. Nakamura, H. Ueoka-Nakanishi, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 292 Pages: 7474-7486

    • DOI

      10.1074/jbc.M117.781062

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Infrared determination of the protonation state of a key histidine residue in the photosynthetic water oxidizing center2017

    • Author(s)
      S. Nakamura, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 139 Pages: 9364-9375

    • DOI

      10.1021/jacs.7b04924

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] D1-Asn-298 in photosystem II is involved in a hydrogen-bond network near the redox-active tyrosine YZ for proton exit during water oxidation2017

    • Author(s)
      R. Nagao, H. Ueoka-Nakanishi, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 292 Pages: 20046-20057

    • DOI

      10.1074/jbc.M117.815183

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光合成水分解マンガンクラスターの酸化還元電位の制御機構2018

    • Author(s)
      野口 巧、中村 伸
    • Organizer
      新学術領域研究「革新的光物質変換」第1回公開シンポジウム
  • [Presentation] 光化学系IIにおけるMnクラスターの光活性化過程:FTIRおよび量子化学計算による解析2018

    • Author(s)
      中村 伸、佐藤 彰彦、野口 巧
    • Organizer
      日本生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 天然光合成における電子移動制御の分子機構2018

    • Author(s)
      野口 巧
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
    • Invited
  • [Presentation] FTIR分光法による光化学系IIにおける第一キノン電子受容体QAの酸化還元特性の解明2018

    • Author(s)
      加藤 祐樹、大平 彩花、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会
  • [Presentation] 光化学系Iの極低温単一分子分光2018

    • Author(s)
      小林 誉宗、Jana Sankar、杜 亭、長尾 遼、野口 巧、柴田 穣
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] FTIR分光電気化学法による光化学系II第一キノンQAの酸化還元電位計測:Mn除去の効果2017

    • Author(s)
      大平 彩花、長尾 遼、野口 巧、加藤 祐樹
    • Organizer
      日本光合成学会年会
  • [Presentation] 光合成水分解反応の赤外分光解析2017

    • Author(s)
      中村 伸、野口 巧
    • Organizer
      日本光合成学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 光化学系II結晶における水分解反応のATR-FTIR解析2017

    • Author(s)
      加藤 祐樹、秋田 総理、中島 芳樹、菅 倫寛、梅名 泰史、沈 建仁、野口 巧
    • Organizer
      生体分子科学討論会
  • [Presentation] 光合成水分解系におけるメタノール阻害機構のフーリエ変換赤外分光解析2017

    • Author(s)
      矢田 はる奈、野口 巧
    • Organizer
      生体分子科学討論会
  • [Presentation] 光化学系IIにおいてMn除去してもQAの酸化還元電位は変動しない2017

    • Author(s)
      大平 彩花、長尾 遼、野口 巧、加藤 祐樹
    • Organizer
      第25回光合成セミナー2017
  • [Presentation] Development of novel scanning microscope for excitation spectra measurement2017

    • Author(s)
      Sankar Jana, Takanori Kobayashi, Ryo Nagao, Takumi Noguchi, Yutaka Shibata
    • Organizer
      光化学討論会
  • [Presentation] 光化学系Iタンパク質複合体の単一分子蛍光分光2017

    • Author(s)
      柴田 穣、小林 誉宗、杜 亭、ジャナ サンカー、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      分子化学討論会
  • [Presentation] ATR-FTIR analysis of the S-state transitions during water oxidation in photosystem II crystals2017

    • Author(s)
      Yuki Kato, Fusamichi Akita, Yoshiki Nakajima, Michihiro Suga, Yasufumi Umena, Jian-Ren Shen, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Influence of Mn depletion on the redox potential of the primary quinone QA in photosystem II as revealed by FTIR spectroelectrochemistry2017

    • Author(s)
      Ayaka Ohira, Ryo Nagao, Takumi Noguchi, Yuki Kato
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] FTIR and quantum chemical calculation study of the photoactivation process of the Mn cluster in photosystem II2017

    • Author(s)
      Shin Nakamura, Akihiko Sato, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] ATR-FTIR study on the protonation state of a histidine ligand to the non-heme iron in photosystem II2017

    • Author(s)
      Masakazu Kimura, Shin Nakamura, Yuki Kato, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Single-molecule spectroscopy of photosystem I at low temperature: The origin of the blinking2017

    • Author(s)
      Yutaka Shibata, Takanori Kobayashi, Ting Du, Sankar Jana, Ryo Nagao, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] FTIR study on the redox property of the primary quinone QA in photosystem II2017

    • Author(s)
      Yuki Kato, Ayaka Ohira, Ryo Nagao, and Takumi Noguchi
    • Organizer
      8th International Conference “Photosynthesis and Hydrogen Energy Research for Sustainability ? 2017”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-molecule spectroscopy study on photosystem I at low temperatures2017

    • Author(s)
      Yutaka Shibata, Sankar Jana, Takanori Kobayashi, Ting Du, Ryo Nagao, and Takumi Noguchi
    • Organizer
      8th International Conference “Photosynthesis and Hydrogen Energy Research for Sustainability ? 2017”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mechanism of proton?coupled electron transfer in the S2→S3 transition of photosynthetic water oxidation revealed by time-resolved infrared analysis2017

    • Author(s)
      Hiroshi Takemoto, and Takumi Noguchi
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Protonation structure of a key His residue interacting with the Mn cluster in photosystem II as revealed by polarized ATR-FTIR spectroscopy2017

    • Author(s)
      Shin Nakamura and Takumi Noguchi
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Infrared analysis of electron transfer and water oxidation reactions in Photosystem II2017

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Organizer
      Japan-France Joint Workshop on the Structure and Function of Photosystem
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 名古屋大学理学研究科光生体エネルギー研究室ホームページ

    • URL

      https://www.bio.phys.nagoya-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2018-12-17  

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