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2018 Fiscal Year Annual Research Report

光合成による水分解:プロトン共役電子移動の分子機作

Research Project

Project/Area Number 17H03662
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

野口 巧  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (60241246)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉浦 美羽  愛媛大学, プロテオサイエンスセンター, 准教授 (80312255)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2021-03-31
Keywords光合成 / 水分解 / 酸素発生 / 光化学系Ⅱ / プロトン移動 / 赤外分光 / 部位特異的変異
Outline of Annual Research Achievements

光化学系ⅡのMn4CaO5クラスターにおいて行われる光合成水分解反応の分子機構について、変異体作製、赤外分光解析、および量子化学計算を用いた研究を行い、以下の成果を得た。
1.メタノール、エタノール、2-プロパノールなど低分子アルコールの光合成水分解反応への効果を、フーリエ変換赤外差分光法および時間分解赤外法を用いて調べた。その結果、これらのアルコールはMn4CaO5クラスター近傍の水分子チャネルに結合し、プロトン放出および水分子の取り込みが起こる、S2-S3およびS3-S0遷移を阻害されることが示された。この結果から、プロトンおよび水分子の移動経路に関する知見が得られた。
2.水分解反応の最初の酸化ステップであるS0-S1遷移における電子・プロトン移動過程を時間分解赤外光を用いて調べた。その結果、S0-S1遷移では電子移動律速のプロトン共役電子移動がS状態遷移では最も速い速度(~45 μs)で起こることが示された。このことから、O4から続く水分子鎖がS0-S1遷移のプロトン移動経路であることが示唆された。
3. Mn4CaO5クラスターのO5の近傍に位置するD1-Val185を置換した組換え体を作製し、その反応を調べた。その結果、この変異によって水の酸化機能、特にS3→S0の反応速度が大きく低下し、さらにS1→S2でもプロトンが放出されることを見いだした。
4. 光化学系Ⅱタンパク質中にMn4CaO5クラスターを構築する光活性化過程において、最初にMn2+が結合する位置を、quantum mechanics/molecular mechnics法を用いた量子化学により予測した。その結果、Mn2+は、従来の説(Mn4)とは異なり、D1-H332が配位するMn1部位に最初に結合することが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

最も検出が困難なS0-S1遷移での電子・プロトン移動過程を明らかにしたことにより、4つの全遷移(S0-S1, S1-S2, S2-S3, S3-S0)でのプロトン共役電子移動反応のキネティクスを決定することができた。また、プロトン移動経路、Mn4CaO5クラスターの構築過程、Mn4CaO5クラスター近傍のアミノ酸側鎖の役割について、重要な知見を得ることができ、水分解機構の解明に大きく近づいたと考えている。

Strategy for Future Research Activity

1.S2-S3遷移において提唱したプロトン放出機構を確認するため、D2O置換した光化学系Ⅱタンパク質を用いて、時間分解赤外測定を行い、同位体効果を調べる。
2.O-O結合形成の部位として、Mn4CaO5クラスターのO5部位とO4部位の可能性が議論されている。そこで、O4と直接相互作用する水分子と水素結合するD1-Ser169をアラニンに置換したD1-S169A変異体を作製し、その反応をフーリエ変換赤外差分光法や時間分解赤外法を用いて調べる。
3.Mn4CaO5クラスターのアミノ酸配位子の水分解反応における役割を明らかにするため、 Mn4とCaを架橋するカルボキシル配位子を提供するD1-Asp170をヒスチジンに置換したD1-D170H変異体を作製し、Mn4CaO5クラスターの形成および水分解反応への影響を調べる。

  • Research Products

    (41 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 8 results) Presentation (32 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 8 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Redox-state dependent blinking of single photosystem I trimers at around liquid-nitrogen temperature2019

    • Author(s)
      S. Jana, T. Du, R. Nagao, T. Noguchi, and Y. Shibata
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Bioenergetics

      Volume: 1860 Pages: 30-40

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2018.11.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] New insights on ChlD1 function in Photosystem II from site-directed mutants of D1/T179 in Thermosynechococcus elongatus2019

    • Author(s)
      Y. Takegawa, M. Nakamura, S. Nakamura, T. Noguchi, J. Sells, A. W. Rutherford, A. Boussac, and M. Sugiura
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Bioenergetics

      Volume: 1860 Pages: 297-309

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.01.008

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Initial Mn2+ binding site in photoassembly of the water-oxidizing Mn4CaO5 cluster in photosystem II as studied by quantum mechanics/molecular mechanics calculations2019

    • Author(s)
      S. Nakamura and T. Noguchi
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 721 Pages: 62-67

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2019.02.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fourier transform infrared analysis of the S-state cycle of water oxidation in the microcrystals of photosystem II2018

    • Author(s)
      Y. Kato, F. Akita, Y. Nakajima, M. Suga, Y. Umena, J.-R. Shen, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. Lett.

      Volume: 9 Pages: 2121-2126

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b00638

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] pH-Dependent regulation of the relaxation rate of the radical anion of the secondary quinone electron acceptor QB in photosystem II as revealed by Fourier transform infrared spectroscopy2018

    • Author(s)
      Y. Nozawa, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 2828-2836

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00263

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of methanol inhibition of photosynthetic water oxidation as studied by Fourier transform infrared difference and time-resolved infrared spectroscopies2018

    • Author(s)
      H. Yata, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 4803-4815

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00596

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thylakoid membrane lipid sulfoquinovosyl-diacylglycerol (SQDG) is required for full functioning of photosystem II in Thermosynechococcus elongatus2018

    • Author(s)
      Y. Nakajima, Y. Umena, R. Nagao, K. Endo, K. Kobayashi, F. Akita, M. Suga, H. Wada, T. Noguchi, and J.-R. Shen
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 293 Pages: 14786-14797

    • DOI

      10.1074/jbc.RA118.004304

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of proton-coupled electron transfer in the S0-to-S1 transition of photosynthetic water oxidation as revealed by time-resolved infrared spectroscopy2018

    • Author(s)
      T. Shimizu, M. Sugiura, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B.

      Volume: 122 Pages: 9460-9470

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b07455

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光化学系Ⅱにおける電子・プロトン移動反応の赤外分光解析2019

    • Author(s)
      野口 巧
    • Organizer
      水和ナノ構造研究会
    • Invited
  • [Presentation] Infrared analyses of photoreactions in photosystem II2019

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Organizer
      10th OCARINA International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系II微結晶の水分解系における中間状態遷移の赤外分光解析2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、埴生 悟史、秋田 総理、中島 芳樹、菅 倫寛、梅名 泰史、沈 建仁、野口 巧
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 光化学系IIの単一微結晶における水分解反応の顕微赤外分光解析2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、埴生 悟史、中島 芳樹、秋田 総理、沈 建仁、野口 巧
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 光化学系IIのD1-S169A変異体を用いた水分解機構の解析2019

    • Author(s)
      嶋田 友一郎、北島(井原) 智美、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 光化学系Ⅱにおける水分解Mn4CaO5クラスターのS2構造異性体平衡の種依存性の要因2019

    • Author(s)
      田口 翔太、Shen Liangliang、Han Guangye、沈 建仁、野口 巧、三野 広幸
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] FTIR分光電気化学法による光化学系II第一キノン電子受容体QAの酸化還元特性の解明2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、大平 彩花、長尾 遼,、野口 巧
    • Organizer
      生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 光化学系IIのD1-S169A変異体を用いた光合成水分解機構の赤外分光解析2019

    • Author(s)
      嶋田 友一郎、北島(井原) 智美、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡を用いた光化学系IIの観察2019

    • Author(s)
      戸叶 貴也、加藤 祐樹、杉山 翔吾、野口 巧、内橋 貴之
    • Organizer
      生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 光合成光化学系IIにおける第一キノン電子受容体QAの酸化還元特性2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、大平 彩花、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      電気化学会第86回大会
  • [Presentation] New Insights on ChlD1 Function in PhotosystemⅡ from Site-Directed Mutants2019

    • Author(s)
      M. Sugiura
    • Organizer
      10th OCARINA International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系IIにおける非ヘム鉄の酸化還元電位のpH依存性:FTIR分光電気化学法を用いた解析2018

    • Author(s)
      渡邊 大貴、野口 巧、加藤 祐樹
    • Organizer
      日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 光合成水分解反応のS2→S3遷移におけるプロトン共役電子移動の時間分解赤外分光解析2018

    • Author(s)
      竹本 寛、野口 巧
    • Organizer
      日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 光化学系IIにおけるMn4CaO5クラスター近傍に位置する D1-Ser169の水分解反応への関与2018

    • Author(s)
      嶋田 友一郎、北島 智美、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] FTIR分光法で明らかになった光化学系II第一キノン電子受容体QAの酸化還元特性2018

    • Author(s)
      加藤 祐樹、大平 彩花、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      生体分子科学討論会
  • [Presentation] 光化学系II非ヘム鉄の酸化還元電位のpH依存性2018

    • Author(s)
      渡邊 大貴、野口 巧、加藤 祐樹
    • Organizer
      第26回光合成セミナー
  • [Presentation] 光化学系Iの単一分子分光2018

    • Author(s)
      柴田 穣、小林 誉宗、Jana Sankar、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      第26回光合成セミナー
  • [Presentation] 単一分子励起スペクトル測定による光化学系Ⅰの光捕集過程の研究2018

    • Author(s)
      小林 誉宗、Jana Sankar、長尾 遼、野口 巧、柴田 穣
    • Organizer
      第12回分子科学討論会
  • [Presentation] Regulation mechanism of electron and proton transfer reactions in photosystem II2018

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Organizer
      1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Infrared analyses of proton-coupled electron transfer in photosynthetic light-energy conversion2018

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] FTIR study on the S-state cycle of water oxidation in the microcrystals of photosystem II2018

    • Author(s)
      Yuki Kato, Fusamichi Akita, Yoshiki Nakajima, Michihiro Suga, Yasufumi Umena, Jian-Ren Shen, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Effect of replacement of Cl- with NO3- on photosynthetic water oxidation as studied by time-resolved infrared spectroscopy2018

    • Author(s)
      Yasutada Okamoto, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] QM/MM analysis of the DOD vibrations of water molecules around the Mn4CaO5 cluster in photosystem II2018

    • Author(s)
      Masao Yamamoto, Shin Nakamura, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Mechanism of proton-coupled electron transfer in the S2→S3 transition of photosynthetic water oxidation revealed by TRIR analysis2018

    • Author(s)
      Hiroshi Takemoto, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] FTIR-spectroelectrochemical study on the pH dependence of the redox potential of the non-heme iron in photosystem II2018

    • Author(s)
      Hiroki Watanabe, Takumi Noguchi, Yuki Kato
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Role of D1-Ser169 near O4 of the Mn4CaO5 cluster in photosynthetic water oxidation2018

    • Author(s)
      Yuichio Shimada, Tomomi Kitajima-Ihara, Ryo Nagao, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular Mechanisms of Efficient Electron Transfer and Water Oxidation in Photosystem II2018

    • Author(s)
      M. Sugiura
    • Organizer
      1st Evolutionary Materials Workshop in Seoul National University
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光合成による高効率エネルギー変換機構の理解と応用研究はどこまで進んだか?2018

    • Author(s)
      杉浦 美羽
    • Organizer
      平成30年度日本農芸化学会西日本支部大会シンポジウム「限りある資源、地球環境への農芸化学からの取り組み」
    • Invited
  • [Presentation] 光化学系IIの水の酸化反応におけるD1/V185の役割について2018

    • Author(s)
      高智 五輝、原 侑也、Alain Boussac、杉浦 美羽
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Role of accessory chlorophyll ChlD1 as P680 in Photosystem II2018

    • Author(s)
      M. Sugiura
    • Organizer
      1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系IIの水の酸化反応におけるD1-V185の役割の解明2018

    • Author(s)
      高智 五輝、原 侑也、Alain Boussac、杉浦 美羽
    • Organizer
      第9回日本光合成学会年会
  • [Presentation] 光化学系IIを構成するCyb559のヘム周辺構造の変化がアクセプター側へ及ぼす影響2018

    • Author(s)
      中村 誠、Alain Boussac、杉浦 美羽
    • Organizer
      第9回日本光合成学会年会
  • [Remarks] 名古屋大学理学研究科光生体エネルギー研究室ホームページ

    • URL

      https://www.bio.phys.nagoya-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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