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2020 Fiscal Year Annual Research Report

光合成による水分解:プロトン共役電子移動の分子機作

Research Project

Project/Area Number 17H03662
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

野口 巧  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (60241246)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉浦 美羽  愛媛大学, プロテオサイエンスセンター, 准教授 (80312255)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2021-03-31
Keywords生物物理 / 光合成 / 赤外分光 / 水分解 / 電子移動
Outline of Annual Research Achievements

光化学系ⅡのMn4CaO5クラスターにおいて行われる光合成水分解反応の分子機構およびMn4CaO5クラスターの構築過程について、以下の成果を得た。
1.Mn4CaO5クラスターに結合する水分子のプロトン化構造:Mn4CaO5クラスターに結合する4つの水分子の内、基質の候補であるW2については、H2OとOH-の2つの可能性が議論されてきた。そこで、W2がH2OまたはOH-である場合について量子化学計算を行い、計算されたMn-O距離とX線結晶解析で実験的に得られている距離とを比較した。その結果、S0からS2状態において、W2はプロトン化されたH2Oであることが示された。
2 S0状態におけるプロトン化構造とプロトン放出機構の解明:最も酸化状態が低いS0状態については、その構造およびS0-S1遷移におけるプロトン移動機構は不明であった。そこで、QM/MM計算により、S0-S1遷移の赤外差スペクトルをシミュレーションし、実測の光誘起FTIR差スペクトルと比較した。その結果、O4酸素がプロトン化している構造が最も実測スペクトルを再現することが示された。よって、S0状態はO4-H構造を持ち、このプロトンがS0-S1遷移においてルーメン側に放出されると結論された。
3. 光化学系Ⅱの動的構造変化の検出:高速原子間力顕微鏡(HS-AFM)を用いて、光化学系Ⅱタンパク質の水分解系近傍の構造ダイナミクスを観測した。その結果、表在性タンパク質PsbPおよびPsbOが解離し、Mn4CaO5クラスターが破壊されると、それに直接的に相互作用するCP43タンパク質のルーメン側ドメインが構造ゆらぎを起こすことが示された。このCP43タンパク質の構造ゆらぎは、Mn4CaO5クラスターの構築過程である光活性化を促進する役割を持つことが示唆された。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (28 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 1 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 1 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 中国科学院(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      中国科学院
  • [Int'l Joint Research] CEA Saclay(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      CEA Saclay
  • [Journal Article] Probing the role of Arginine 323 of the D1 protein in Photosystem II function2021

    • Author(s)
      M. Sugiura, T. Taniguchi, N. Tango, M. Nakamura, J. Sells, and A. Boussac
    • Journal Title

      Physiol. Plant.

      Volume: 171 Pages: 183-199

    • DOI

      10.1111/ppl.13115

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 明らかにされつつある光合成によるエネルギー変換のしくみと応用への期待2021

    • Author(s)
      杉浦美羽
    • Journal Title

      電気評論

      Volume: 4月号 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rapid-Scan Time-Resolved ATR-FTIR Study on the Photoassembly of the Water-Oxidizing Mn4CaO5 Cluster in Photosystem II2021

    • Author(s)
      A. Sato, Y. Nakano, S. Nakamura, and T. Noguchi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Pages: 4031-4045

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c01624

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A gold nanoparticle conjugate with photosystem I and photosystem II for development of a biohybrid water-splitting photocatalyst2020

    • Author(s)
      K. Kawahara, N. Inoue-Kashino, K. Namie, Y. Kato, T. Tomo, Y. Shibata, Y. Kashino, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Biomed. Spectrosc. Imaging

      Volume: 9 Pages: 73-81

    • DOI

      10.3233/BSI-200200

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular Structure of the S2 state with a g = 5 signal in the oxygen evolving complex of photosystem II2020

    • Author(s)
      S. Taguchi, T. Noguchi, and H. Mino
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 124 Pages: 5531-5537

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c02913

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Formation of the high-spin S2 state related to the extrinsic proteins in the oxygen evolving complex of photosystem II2020

    • Author(s)
      S. Taguchi, L. Shen, G. Han, Y. Umena, J.-R. Shen, T. Noguchi, and H. Mino
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. Lett.

      Volume: 11 Pages: 8908-8913

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c02411

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural dynamics of a protein domain relevant to the water-oxidizing complex in photosystem II as visualized by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      T. Tokano, Y. Kato, S. Sugiyama, T. Uchihashi, and T. Noguchi,
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 124 Pages: 5847-5857

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c03892

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protonation structure of the photosynthetic water oxidizing complex in the S0 state as revealed by normal mode analysis using quantum mechanics/molecular mechanics calculations2020

    • Author(s)
      M. Yamamoto, S. Nakamura, and T. Noguchi,
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 22 Pages: 24213-24225

    • DOI

      10.1039/D0CP04079G

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protonation state of a key histidine ligand in the iron-quinone complex of photosystem II as revealed by light-induced ATR-FTIR spectroscopy2020

    • Author(s)
      M. Kimura, Y. Kato, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 4336-4343

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00810

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光化学系Ⅱにおけるルーメン側タンパク質ドメインの動的構造変化の高速AFM観察2021

    • Author(s)
      戸叶貴也、加藤祐樹、杉山翔吾、内橋貴之、野口巧
    • Organizer
      新学術領域研究「革新的光物質変換」第3回公開シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Effects of herbicide and formate on the redox potential of the primary quinone QA in photosystem II2021

    • Author(s)
      加藤祐樹、野口巧
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Mechanism of novel amino acid conversion of a Mn-cluster ligand in photosystem II2021

    • Author(s)
      嶋田友一郎、鈴木健裕、北島(井原)智美、長尾遼、堂前直、野口巧
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Formation of high spin S2 intermediate state related to g~5 EPR signal in the oxygen evolving complex2021

    • Author(s)
      三野広幸、田口翔太、Liangliang Shen、Guangye Han、梅名泰史、沈建仁、野口巧
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Effects of mutations in the Loop4 region of PsbP on the oxygen-evolving activity of photosystem II2021

    • Author(s)
      今泉滉、西村大志、長尾遼、加藤祐樹、中野雄司、野口巧、伊福健太郎
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 光化学系IIにおける励起・電荷分離の分子機構2021

    • Author(s)
      杉浦美羽
    • Organizer
      新学術領域研究「革新的光物質変換」第3回公開シンポジウム
  • [Presentation] FTIR spectroelectrochemical study on the mechanism of the pH dependence of the redox potential of the non-heme iron in photosystem II2020

    • Author(s)
      Yuki Kato, Hiroki Watanabe, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Time-resolved infrared detection of electron transfer between quinone electron acceptors QA and QB in photosystem II2020

    • Author(s)
      伊藤帆奈美、加藤佑樹、野口巧
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Role of D1-His252 in the reaction of the secondary quinone electron accepter QB in photosystem II2020

    • Author(s)
      小林智幸、嶋田友一郎、長尾遼、野口巧
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Novel amino acid conversion of a His mutant of D1-Asp170 in photosystem II2020

    • Author(s)
      嶋田友一郎、北島(井原)智美、長尾遼、野口巧
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular structure of the S2 state with a g = 5 signal in the oxygen evolving complex of photosystem II2020

    • Author(s)
      Hiroyuki Mino、Shota Taguchi、Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Involvement of the chloride channel in proton transfer during water oxidation in photosystem II2020

    • Author(s)
      杉山綾音、嶋田友一郎、長尾遼、野口巧
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] g = 5 をもつ酸素発生系マンガンクラスターの分子構造2020

    • Author(s)
      三野広幸、田口翔太、野口巧
    • Organizer
      電子スピンサイエンス学会年会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡を用いた光化学系IIの動態観察2020

    • Author(s)
      戸叶貴也、加藤祐樹、杉山翔吾、野口巧、内橋貴之
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会
  • [Book] 量子力学/分子力学(QM/MM)計算による金属タンパク質の研究、生命金属ダイナミクス-生体内における金属の挙動と制御2021

    • Author(s)
      中村伸、野口巧、吉澤一成
    • Total Pages
      10
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-706-0
  • [Book] Molecular mechanism of asymmetric electron transfer on the electron donor side of photosystem II, Photosynthesis: Molecular Approaches to Solar Energy Conversion2021

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Total Pages
      17
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-3-030-67406-9
  • [Remarks] Nagoya Phys G lab

    • URL

      URL: https://www.bio.phys.nagoya-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2021-12-27  

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