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2019 Fiscal Year Annual Research Report

細胞膜突出構造におけるBARタンパク質の集合機構とその生理機能

Research Project

Project/Area Number 17H03674
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

末次 志郎  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (70345031)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小池 千恵子  立命館大学, 薬学部, 教授 (80342723)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
KeywordsBARドメイン / ファゴサイトーシス
Outline of Annual Research Achievements

CIP4とPACSIN2のタンパク質複合体形成を通じた膜形態変換機構の解析
まず、前年度大量精製したYPELとCIP4のF-BARドメインとの結合をプルダウン解析により評価することで確かめた。さらに共結晶の作成を試みたが、結晶は見られなかった。引き続き、YPELに対する抗体を作成し、内在性のタンパク質の特に浸潤突起における局在を調べた。また内在性のPACSIN2やCIP4との共局在も調べた。
GAS7によるファゴサイトーシスカップ形成と伸長機構の解析
本年度は、ファゴサイトーシスの炎症反応などへの関与とGAS7の関与する膜構造形成の関連を調べたところ、炎症反応時における貪食反応への関与が示唆された。GAS7はファゴサイトーシスカップにおいて、2次元シート構造を形成していることが超解像観察により示された。また2次元シートを構成するために必要なアミノ酸残機を同定した。その結果、GAS7に見られる特徴的なループ構造が、2次元シート形成に関与していることを見出した。
IRSp53とCIP4、PACSIN2、GAS7の局在と細胞突起進展の関連の解析
タイムラプスイメージングによりGAS7やIRSp53などのBARタンパク質の局在をライブイメージングで捉えた。さらに炎症反応や網膜の立体構造構築などにおけるBARタンパク質の構造構築の役割を調べるためにまずBARタンパク質の局在を解析し、ついて、局在部位における機能をIRSp53のノックアウトマウスなどで調べた。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (26 results)

All 2020 2019

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] The membrane binding and deformation property of vaccinia virus K1 ankyrin repeat domain protein.2020

    • Author(s)
      Kitamata M, Hotta M, Hamada-Nakahara S, Suetsugu S.
    • Journal Title

      Genes Cells.

      Volume: 25 Pages: 187-196

    • DOI

      10.1111/gtc.12749

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] PACSIN2 Interacts with Nonstructural Protein 5A and Regulates Hepatitis C Virus Assembly.2020

    • Author(s)
      Nguyen LP, Tran SC, Suetsugu S, Lim YS, Hwang SB.
    • Journal Title

      J Virol.

      Volume: 94 Pages: e01531-19

    • DOI

      10.1128/JVI.01531-19

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Regulation of caveolae through cholesterol-depletion dependent tubulation by PACSIN2/Syndapin II2020

    • Author(s)
      AG Amir, K Takemura, K Hanawa-Suetsugu, K Oono-Yakura, K Yasuhara, Kitao A, Suetsugu S.
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2020.03.25.008854

    • Open Access
  • [Journal Article] PtdIns3P phosphatases MTMR3 and MTMR4 negatively regulate innate immune responses to DNA through modulating STING trafficking2019

    • Author(s)
      Putri DDP, Kawasaki T, Murase M, Sueyoshi T, Deguchi T, Ori D, Suetsugu S, Kawai T.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 294 Pages: 8412-8423

    • DOI

      10.1074/jbc.RA118.005731

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phagocytosis is mediated by two-dimensional assemblies of the F-BAR protein GAS7.2019

    • Author(s)
      Hanawa-Suetsugu K, Itoh Y, Ab Fatah M, Nishimura T, Takemura K, Takeshita K, Kubota S, Miyazaki N, Wan Mohamad Noor WNI, Inaba T, Nguyen NTH, Hamada-Nakahara S, Oono-Yakura K, Tachikawa M, Iwasaki K, Kohda D, Yamamoto M, Kitao A, Shimada A, Suetsugu S.
    • Journal Title

      Nat Commun.

      Volume: 10 Pages: 4763

    • DOI

      10.1038/s41467-019-12738-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Membrane-Deformation Ability of ANKHD1 Is Involved in the Early Endosome Enlargement.2019

    • Author(s)
      Kitamata M, Hanawa-Suetsugu K, Maruyama K, Suetsugu S.
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 17 Pages: 101-118

    • DOI

      10.1016/ j.isci.2019.06.020

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Membrane Deformation Switching of an Endocytic Protein by Membrane Electrostatic Charge and Packing2019

    • Author(s)
      Kida K, Kitamata M, Ikeda K, Takemura K, Inaba T, Hayashi Y, Hanawa-Suetsugu K, Kamikubo H, Kitao A, Arita M, Suetsugu S
    • Journal Title

      SSRN

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.2139/ssrn.3471315

    • Open Access
  • [Presentation] Development of the Green Photo-switchable Fluorescent Protein with Fixation Resistance a Variant of Eos Fluorescent Protein.2019

    • Author(s)
      M. Osuga、Tamako Nishimura、Shiro Suetsugu
    • Organizer
      ASCB/EMBO 2019 meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In-vitro FRET Analysis of Growth Arrest-Specific Protein7 (GAS7).2019

    • Author(s)
      W. N. I. Wan Mohamad Noor、Tamako Nishimura、Shiro Suetsugu
    • Organizer
      ASCB/EMBO 2019 meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Membrane Deformation Ability of the Ankyrin Repeat and KH Domain-containing Protein 1 (ANKHD1) and Its Involvement in the Early Endosome Enlargement.2019

    • Author(s)
      M. Kitamata、Shiro Suetsugu
    • Organizer
      ASCB/EMBO 2019 meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The mode switch of endophilin membrane deformation based on packing-defects and electrostatic charge2019

    • Author(s)
      Shiro Suetsugu
    • Organizer
      第60回国際脂質生物学会ICBL2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The role of the lipid composition on the membrane deformation by the BAR domain proteins2019

    • Author(s)
      末次 志郎
    • Organizer
      EMBO Workshop Caveolae and nanodomains: Translating structural principles and dynamics into function
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The role of tension and cholesterol in membrane re-modeling by PACSIN2/Syndapin II F-BAR domain.2019

    • Author(s)
      Aini Gusmira、Shiro Suetsugu
    • Organizer
      EMBO Workshop of Caveolae and Nanodomains:Translating Structural Principles and Dynamics Into Function
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The roles of I-BAR domain proteins on the secretion of Wnts on microvesicles.2019

    • Author(s)
      中村 暢明、西村 珠子、末次 志郎
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Domain-specific regulation of microvesicle secretion by a protrusion-producing I-BAR domain protein, IRSp532019

    • Author(s)
      高橋 茉奈美、西村 珠子、塙 京子、末次 志郎
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] I-BAR facilitates transport from the cytoplasm to the outside of the cell2019

    • Author(s)
      上田 結奈、塙 京子、西村 珠子、稲葉 岳彦、末次 志郎
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Microvesicle formation through the scission of plasma membrane by the I-BAR protein MIM2019

    • Author(s)
      西村 珠子、大山 拓也、Hooi Ting Hu、塙 京子、末次 志郎
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] The possible applications of the data science to cell biology by a cell biologist2019

    • Author(s)
      末次 志郎、西村 珠子、重根 桂、日朝 祐太、大竹 義人、佐藤 嘉伸
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] The interaction between I-BAR domain proteins and ALIX in the formation and release of extracellular vesicles2019

    • Author(s)
      Hooi Ting Hu、Tamako Nishimura、Shiro Suetsugu
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Attempt to description of cell morphology based on the protein localization using machine learning2019

    • Author(s)
      重根 桂、西村 珠子、日朝 祐太、大竹 義人、佐藤 嘉伸、末次 志郎
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ANKHD1の新規膜変形活性と初期エンドソームの小胞形成への関与の同定2019

    • Author(s)
      北又 学
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] 脂質膜組成によるBARドメインタンパク質の脂質膜変形活性の変換2019

    • Author(s)
      末次 志郎
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] I-BARタンパク質MIMによる細胞膜切断を介したマイクロベシクル形成機構2019

    • Author(s)
      西村 珠子
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] 脂質膜組成によるエンドサイトーシスに関するタンパク質の活性変換2019

    • Author(s)
      稲葉 岳彦、北又 学、木田 和輝、末次 志郎
    • Organizer
      第61回日本脂質生化学会
  • [Presentation] The membrane re-modeling by the BAR domain superfamily proteins dependent on the composition of lipids2019

    • Author(s)
      末次 志郎
    • Organizer
      第71回日本細胞生物学会大会
    • Invited
  • [Presentation] ANKHD1の新規小胞形成能と初期エンドソームの形態制御への関与の同定2019

    • Author(s)
      北又 学、塙 京子、丸山 耕平、末次 志郎
    • Organizer
      第71回日本細胞生物学会大会

URL: 

Published: 2022-12-28  

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