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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Distinction of DSB repair pathways in mitosis and meiosis

Research Project

Project/Area Number 17H03711
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

太田 邦史  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords減数分裂 / DNA再編成 / 組換え / ゲノム
Outline of Annual Research Achievements

ゲノムDNAの切断は、細胞に致死的な影響を及ぼすだけでなく、修復経路によって様々な染色体再編成や遺伝子変異を生じ、がん化や細胞老化などの疾患に結びつく。一方、減数分裂期にはSpo11 によるゲノムDNAの切断が組換えホットスポットで生じるが、染色体転座などは抑制され、比較的保守的なゲノム変化をもたらす。両者の違いは、相同染色体の対合やシナプトネマ構造といった減数分裂特異的な染色体構造の存在に起因すると考えられるが、その詳細は不明である。そこで本研究では、申請者が独自に開発した多部位ゲノムDNA 切断技術「TAQingシステム」を用いて、有糸分裂期と減数分裂期の染色体再編成の本質的な違いや分子機構を構成的手法により明らかにする。これにより、有性生殖や発がんなどにおける遺伝情報多様化の機構や原理を探る。
昨年度は下記の研究成果を得た。前年度までに確立した減数分裂期TAQingシステム用の酵母株に、TaqI発現ベクターを導入し、減数分裂期にTaqIを誘導してTAQingを実施した。その結果、予想以上にDNA切断による致死的効果が生じ、胞子生存率が著しく低下することが明らかになった。これは減数分裂期にTaqIが強力にゲノムDNAの切断を行っている可能性、あるいは減数分裂期染色体がDNA切断に対して強い感受性を示す可能性などが考えられる。両方の可能性を考慮して、TaqIの発現量をさらに巧妙に制御する必要があると考えた。そのため、具体的には染色体へ減数分裂期特異的プロモーターの下流に配置したTaqI遺伝子を染色体に挿入する実験系を新たに構築することとした。酵母ゲノム解読に関しては、一分子DNAシーケンサーであるMiNIONによる解析を実施した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

有糸分裂TAQingの論文をNature Comm.に発表し、企業や他研究者との共同研究に発展してきている。減数分裂期TAQingシステムの課題が新たに明らかになったが、概ね順調に研究は進捗し ている。

Strategy for Future Research Activity

1)減数分裂TAQingを稼働させて、得られた細胞群について、illumina とPacbioやOxford Nanoporeのシステムを用いたハイブリッド配列解析ににより、ゲノム再編成の状況を把握する。
2)減数分裂TAQingシステムの構築と実行:減数分裂誘導用の株の構築については、引き続き進める。株の構築が完了次第、減数分裂時のTAQing実験を開始する。
3)有糸分裂期TAQingシステムを用いた検証:有糸分裂期の酵母細胞については、引き続き再編成株の分析結果を蓄積していく。

  • Research Products

    (22 results)

All 2019 2018

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] lncRNA transcriptional initiation induces chromatin remodeling within a limited range in the fission yeast fbp1 promoter2019

    • Author(s)
      Senmatsu Satoshi、Asada Ryuta、Abe Takuya、Hoffman Charles S.、Ohta Kunihiro、Hirota Kouji
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: ー

    • DOI

      10.1038/s41598-018-36049-0

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Replication stress induces accumulation of FANCD2 at central region of large fragile genes2018

    • Author(s)
      Okamoto Yusuke、Iwasaki Watal M、Kugou Kazuto、Takahashi Kazuki K、Oda Arisa、Sato Koichi、Kobayashi Wataru、Kawai Hidehiko、Sakasai Ryo、Takaori-Kondo Akifumi、Yamamoto Takashi、Kanemaki Masato T、Taoka Masato、Isobe Toshiaki、Kurumizaka Hitoshi、Innan Hideki、Ohta Kunihiro、Ishiai Masamichi、Takata Minoru
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 46 Pages: 2932~2944

    • DOI

      10.1093/nar/gky058

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The conserved histone variant H2A.Z illuminates meiotic recombination initiation2018

    • Author(s)
      Yamada Shintaro、Kugou Kazuto、Ding Da-Qiao、Fujita Yurika、Hiraoka Yasushi、Murakami Hiroshi、Ohta Kunihiro、Yamada Takatomi
    • Journal Title

      Current Genetics

      Volume: 64 Pages: 1015~1019

    • DOI

      10.1007/s00294-018-0825-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phenotypic diversification by enhanced genome restructuring after induction of multiple DNA double-strand breaks2018

    • Author(s)
      Muramoto Nobuhiko、Oda Arisa、Tanaka Hidenori、Nakamura Takahiro、Kugou Kazuto、Suda Kazuki、Kobayashi Aki、Yoneda Shiori、Ikeuchi Akinori、Sugimoto Hiroki、Kondo Satoshi、Ohto Chikara、Shibata Takehiko、Mitsukawa Norihiro、Ohta Kunihiro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: ー

    • DOI

      10.1038/s41467-018-04256-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Linear Regression Links Transcriptomic Data and Cellular Raman Spectra2018

    • Author(s)
      Kobayashi-Kirschvink Koseki J.、Nakaoka Hidenori、Oda Arisa、Kamei Ken-ichiro F.、Nosho Kazuki、Fukushima Hiroko、Kanesaki Yu、Yajima Shunsuke、Masaki Haruhiko、Ohta Kunihiro、Wakamoto Yuichi
    • Journal Title

      Cell Systems

      Volume: 7 Pages: 104~117.e4

    • DOI

      10.1016/j.cels.2018.05.015

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Histone Chaperone Asf1 Is Required for the Establishment of Repressive Chromatin in Schizosaccharomyces pombe fbp1 Gene Repression2018

    • Author(s)
      Umeda Miki、Tsunekawa Chiaki、Senmatsu Satoshi、Asada Ryuta、Abe Takuya、Ohta Kunihiro、Hoffman Charles S.、Hirota Kouji
    • Journal Title

      Molecular and Cellular Biology

      Volume: 38 Pages: e00194-18

    • DOI

      10.1128/MCB.00194-18

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Artificial Genome Rearrangement System using a Restriction Enzyme2018

    • Author(s)
      Arisa Oda, Takahiro Nakamura, Nobuhiko Muramoto, Hidenori Tanaka,Kazuto Kugou, Kunihiro Ohta
    • Organizer
      CSHL meetings 2018, The Biology of Genomes
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] TAQing: 制限酵素を用いたゲノムシャッフリング技術2018

    • Author(s)
      小田有沙,中村隆宏,村本伸彦,田中秀典,久郷和人,光川典宏,太田邦史
    • Organizer
      生命科学系フロンティアミーティング2018(国立遺伝学研究所研究会)
  • [Presentation] Hi-C データで得られる染色体の距離情報を扱う2018

    • Author(s)
      小田 有沙、平田 祥人、太田 邦史、合原 一幸
    • Organizer
      日本遺伝学会第90回大会
    • Invited
  • [Presentation] Control of meiotic recombination initiation via high-order chromosomal architecture2018

    • Author(s)
      Ryo Kriyazono, Masaru Ito, Tomoichiro Miyoshi, Shintaro Yamada,Takatomi Yamada, Kunihiro Ohta
    • Organizer
      日本遺伝学会 第90回大会
    • Invited
  • [Presentation] 耐熱性制限酵素による大規模ゲノム再編成2018

    • Author(s)
      中村隆宏、小田有沙、村本伸彦、田中秀典,久郷和人、須田一毅、太田邦史
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第51回研究報告会
  • [Presentation] ヒストンバリアント H2A.Z のクロマチン導入部位決定機構解析2018

    • Author(s)
      高橋大輔、北川紗帆、小田有沙、仮屋園遼、尾間由佳子、太田邦史、原田昌彦
    • Organizer
      第36回染色体ワークショップ・第17回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] CRISPR/dCas9 を用いた転写制御における off-target 解析2018

    • Author(s)
      安心院祥、小田有沙、仮屋園遼、太田邦史
    • Organizer
      第36回染色体ワークショップ・第17回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] metabolic stress-induced lncRNA(mlonRNA)転写を介したクロマチン再編成が、転写と減数分裂期組換えを制御する2018

    • Author(s)
      千松賢史、浅田隆大、小田有沙、Charles S Hoffman, 太田邦史、廣田耕志
    • Organizer
      第36回染色体ワークショップ・第17回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] Contour-clamped homogeneous electric field (CHEF) systemによるパルスフィールド電気泳動のヒト染色体二重鎖切断検出方法2018

    • Author(s)
      滝口(川島)友莉、太田邦史、花田克浩
    • Organizer
      第36回染色体ワークショップ・第17回核ダイナミクス研究
  • [Presentation] マウス膵β細胞株MIN6の飢餓ストレスに対するlncRNAを介した遺伝子発現制御機構の探索2018

    • Author(s)
      荒木 海人, 土屋 一郎, 石井 智子, 吉田 奈摘, 太田 邦史
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 免疫細胞を用いた抗体の迅速なFcエンジニアリング技術2018

    • Author(s)
      瀬尾 秀宗, 橋本 講司, 村山 晃歩, 黒澤 恒平, 太田 邦史
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ピコドロップレットを用いた抗原抗体反応検出方法の検討2018

    • Author(s)
      黒澤 恒平, 瀬尾 秀宗, 村山 晃歩, 太田 邦史, 板谷 英貴
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Detection of DNA double-strand breaks in replication sites by pulsed-field gel electrophoresis.2018

    • Author(s)
      Y.Takiguchi, R. Teshima, N. Yamaguchi, K. Ohta, K. Hanada
    • Organizer
      The 11th 3R&3C Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] TAQing : Artificial Genome Rearrangement by a Restriction Enzyme, TaqⅠ.2018

    • Author(s)
      A. Oda, T.Nakamura, N.Muramoto, H.Tanaka, K. Kugou, K.Ohta
    • Organizer
      The 11th 3R&3C Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The novel cis-acting element for metabolic stress-induced lncRNA(mlonRNA) and meiotic recombination in fisson yeast.2018

    • Author(s)
      S. Senmatsu, R. Asada, A. Oda, C.S. Hoffman, K. Ohta, K. Hirota
    • Organizer
      The 11th 3R&3C Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 「生命多元性原理」入門2018

    • Author(s)
      太田 邦史
    • Total Pages
      256
    • Publisher
      講談社
    • ISBN
      4065130263

URL: 

Published: 2021-01-27  

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