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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Physiological and ecological investigation of euryhaline bull shark

Research Project

Project/Area Number 17H03868
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

兵藤 晋  東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40222244)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 工樂 樹洋  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, ユニットリーダー (40391940)
立原 一憲  琉球大学, 理学部, 教授 (70264471)
佐藤 圭一  一般財団法人沖縄美ら島財団(総合研究センター), 総合研究センター 動物研究室, 上席研究員 (80721745)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywordsオオメジロザメ / 広塩性 / 軟骨魚類
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、飼育実験と比較RNAseqをとおしてオオメジロザメの広塩性のメカニズムを解明すると同時に、フィールド調査によりメカニズムの検証ならびに河川におけるオオメジロザメの生態を明らかにすることを目的としている。
昨年度に引き続き、淡水馴致実験個体の腎臓の比較RNAseqの結果を基に発現量に大きな変化を示す遺伝子の解析を行った。本年度は淡水移行により発現が減少する遺伝子を調べ、水チャネル(AQP3)やホウ酸輸送体を見出した。アフリカツメガエル卵を用いた実験により、それぞれが水とホウ酸を輸送する活性があること、定量PCRにより発現量の有意な低下が確認されたこと、いずれも第4ループを形成する遠位細尿管後部(LDT)で発現することなどが証明された。LDTは淡水移行によってNaCl再吸収に関わる輸送体群の発現が上昇する部位でもあることから、生息環境の変化に応答して機能を切り替え、オオメジロザメの広塩性にとって重要な役割を果たす部位であることがわかった。
サメ類の遺伝子解析において深刻な問題は、ゲノム情報や遺伝子推定がなされていないことであった。そこで、サメ複数種の全ゲノム解析情報の取得・遺伝子推定を完遂し、Nature姉妹紙に公表した。その過程で、恒常性の維持に関わるホルモンとその受容体のサメオーソログを同定した。
西表島浦内川でのフィールド調査も4月、6月、8月、10月、3月の5回行った。6月の刺し網調査では生後間もない新規加入個体が8尾捕獲され、2014年から5年間連続して隔年出産仮説と一致した結果となった。全調査において、河川の約13地点で環境DNA用の採水を行い、オオメジロザメDNAに特異的な検出系を確立して解析したところ、これまで捕獲されたことがない秋季や冬季にも、浦内川においてオオメジロザメの生息を示唆する情報が得られた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

広塩性に関わる候補遺伝子として特定した水チャネル(AQP3)とホウ酸輸送体の機能解析、淡水移行による発現量の有意な低下、遠位細尿管後部(LDT)での発現を見出した。29年度のNaCl再吸収活動の上昇と合わせ、LDTがオオメジロザメに広塩性をもたらす重要な部位であることを証明し、広塩性のメカニズム解明に向けて順調に進捗している。NaCl再吸収活動については原著論文の投稿をすませ、今年中には公表予定である。
飼育実験に適したトラザメを含む3種のサメ類の全ゲノム解析情報・遺伝子推定を完遂し、Nature姉妹紙に公表し、プレスリリースも行った。恒常性の維持に関わるホルモンとその受容体のサメオーソログ同定から、これらの調節系が有顎脊椎動物の祖先の時点で確立していたことを示唆し、コルチコイドやプロラクチンなどの関連情報を原著論文として公表した。さらに、オオメジロザメのオミクス解析に備えてトランスクリプトーム・ゲノム・エピゲノムデータ取得方法の高度化と低コスト化も実現した。
30年度に浦内川で採集されたオオメジロザメは、平均全長790㎜、平均体重3551gであり、いずれも生後間もない0歳と推定された。この結果は我々が考える隔年繁殖仮説を支持するものであり、オーストラリアの研究者と共同でオオメジロザメの集団遺伝解析を開始するという、新たな展開をもたらすものとなった。環境DNA解析からは、捕獲調査と一致して夏季に検出されただけでなく、秋季や冬季にも河川の上流でオオメジロザメDNAが検出されたことから、環境DNA手法の有用性と、水温や塩分が低下した河川環境でもオオメジロザメが生息していることを示唆する結果が得られた。
沖縄本島で飼育実験のためのオオメジロザメの捕獲を試みたものの、天候不順もあり、30年度も不成功に終わった。2019年度は季節などを考慮して若齢個体の採集を試み淡水化実験を行う。

Strategy for Future Research Activity

当初の計画に従い、下記の通り進める。
広塩性メカニズムの解析:引き続き比較RNAseqを基礎に広塩性に関わる遺伝子の探索を進める。これまでの研究から遠位細尿管後部(LDT)が広塩性の鍵を握ることがわかってきたことから、LDTの調節に関わるホルモンに注目したい。LDTを特異的に回収する手法の確立を進め、特定のネフロン分節のRNAseq解析を試み、LDTに特異的に発現する遺伝子の同定を進める。
フィールド調査:刺し網調査を行う6月に加え、冬季に浦内川の環境DNA調査を行う。隔年繁殖であれば今年度は0歳魚の新規加入はないと考えられる。冬季には、河口から上流までのできるだけ広範囲で採水を行い、冬季にもオオメジロザメが河川、特に淡水域に生息するのかどうかを確認する。
飼育実験:オオメジロザメが淡水中にどの程度の期間適応できるのか、長期飼育実験により調べる。今年度は捕獲時期を検討するとともに、捕獲エリアを拡げて成功させる。捕獲したサメは水族館の飼育実験水槽に運び、長期の淡水飼育を試みサンプリングする。

  • Research Products

    (31 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 6 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] A novel type of prolactin expressed in the bullfrog pituitary specifically during the larval period2019

    • Author(s)
      Okada Reiko、Suzuki Masakazu、Ito Nozomi、Hyodo Susumu、Kikuyama Sakae
    • Journal Title

      General and Comparative Endocrinology

      Volume: 276 Pages: 77~85

    • DOI

      10.1016/j.ygcen.2019.02.006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Elephant shark melanocortin receptors: Novel interactions with MRAP1 and implication for the HPI axis2019

    • Author(s)
      Barney Emily、Dores Michael R.、McAvoy Danielle、Davis Perry、Racareanu Rona-Cristina、Iki Ayuko、Hyodo Susumu、Dores Robert M.
    • Journal Title

      General and Comparative Endocrinology

      Volume: 272 Pages: 42~51

    • DOI

      10.1016/j.ygcen.2018.11.009

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Involvement of HGF/MET signaling in appendicular muscle development in cartilaginous fish2019

    • Author(s)
      Okamoto Eri、Moriyama Yuuta、Kuraku Shigehiro、Kai Kei-ichi、Tanaka Mikiko
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 61 Pages: 97~103

    • DOI

      10.1111/dgd.12591

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Asymmetric paralog evolution between the “cryptic” gene Bmp16 and its well-studied sister genes Bmp2 and Bmp42019

    • Author(s)
      Feiner Nathalie、Motone Fumio、Meyer Axel、Kuraku Shigehiro
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 3136

    • DOI

      10.1038/s41598-019-40055-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Shark genomes provide insights into elasmobranch evolution and the origin of vertebrates2018

    • Author(s)
      Hara Y、Yamaguchi K、Onimaru K、Kadota M、Koyanagi M、Keeley Sean D.、Tatsumi K、Tanaka K、Motone F、Kageyama Y、Nozu R、Adachi N、Nishimura O、Nakagawa R、Tanegashima C、Kiyatake I、Matsumoto R、Murakumo K、Nishida K、Terakita A、Kuratani S、Sato K、Hyodo S、Kuraku S
    • Journal Title

      Nature Ecology & Evolution

      Volume: 2 Pages: 1761~1771

    • DOI

      10.1038/s41559-018-0673-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Body condition and reproductive status of chum salmon during homing migration in Otsuchi Bay, Japan, after the 2011 Great East Japan Earthquake and Tsunami2018

    • Author(s)
      Kusakabe Makoto、Nobata Shigenori、Saito Kaede、Ikeba Kiriko、Ogasawara Sanae、Tanaka Kiyoshi、Takei Yoshio、Hyodo Susumu
    • Journal Title

      Fisheries Science

      Volume: 85 Pages: 43~51

    • DOI

      10.1007/s12562-018-1255-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A possible principal function of corticosteroid signaling that is conserved in vertebrate evolution: Lessons from receptor-knockout small fish2018

    • Author(s)
      Sakamoto Tatsuya、Hyodo Susumu、Takagi Wataru
    • Journal Title

      The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology

      Volume: 184 Pages: 57~61

    • DOI

      10.1016/j.jsbmb.2018.02.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distribution and co-localization of diversified natriuretic peptides in the eel heart2018

    • Author(s)
      Takei Yoshio、Nemoto Noriko、Kameya Toru、Tamaki Hideaki、Katsumata Osamu、Hyodo Susumu、Kusakabe Makoto
    • Journal Title

      Cell and Tissue Research

      Volume: 373 Pages: 367~377

    • DOI

      10.1007/s00441-018-2833-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Embryonic transcriptome sequencing of the ocellate spot skate Okamejei kenojei2018

    • Author(s)
      Tanegashima Chiharu、Nishimura Osamu、Motone Fumio、Tatsumi Kaori、Kadota Mitsutaka、Kuraku Shigehiro
    • Journal Title

      Scientific Data

      Volume: 5 Pages: 180200~180200

    • DOI

      10.1038/sdata.2018.200

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Inference of the ancestral vertebrate phenotype through vestiges of the whole-genome duplications2018

    • Author(s)
      Onimaru Koh、Kuraku Shigehiro
    • Journal Title

      Briefings in Functional Genomics

      Volume: 17 Pages: 352~361

    • DOI

      10.1093/bfgp/ely008

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A de novo transcriptome assembly of the zebra bullhead shark, Heterodontus zebra2018

    • Author(s)
      Onimaru Koh、Tatsumi Kaori、Shibagaki Kazuhiro、Kuraku Shigehiro
    • Journal Title

      Scientific Data

      Volume: 5 Pages: 180197~180197

    • DOI

      10.1038/sdata.2018.197

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 浦内川に生息するオオメジロザメの生理生態:環境DNAを用いた調査から2019

    • Author(s)
      柏原知実、Marty Wong、峰岸有紀、今関到、佐藤圭一、立原一憲、兵藤晋
    • Organizer
      平成31年度日本水産学会春季大会
  • [Presentation] Recent topics on shark osmoregulation and reproduction2019

    • Author(s)
      Susumu Hyodo
    • Organizer
      AORI-NTOU joint symposium on Ocean Science
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 広塩性軟骨魚オオメジロザメの環境適応:飼育実験とフィールド調査2018

    • Author(s)
      兵藤晋、今関到、柏原知実、若林翠、尾崎聡、高木亙、松本瑠偉、佐藤圭一、原雄一郎、工樂樹洋、櫻井もも子、立原一憲
    • Organizer
      第89回日本動物学会
  • [Presentation] ゾウギンザメのプロゲステロン受容体の機能解析2018

    • Author(s)
      林暁智、兵藤晋、勝義直
    • Organizer
      第89回日本動物学会
  • [Presentation] 淡水エイの体液調節:腎臓による水排泄と塩分再吸収のメカニズム2018

    • Author(s)
      野本昌代、西村理、渡邊太朗、種子島千春、Marty Wong、高木亙、工樂樹洋、兵藤晋
    • Organizer
      第89回日本動物学会
  • [Presentation] アフリカハイギョの塩分耐性と直腸腺における浸透圧調節2018

    • Author(s)
      高木亙、宮西弘、兵藤晋
    • Organizer
      第89回日本動物学会
  • [Presentation] Euryhaline mechanisms of bull shark, with special reference to kidney function2018

    • Author(s)
      Susumu Hyodo, Itaru Imaseki, Midori Wakabayashi, Satoru Ozaki, Yuichiro Hara, Keiichi Sato, Katsunori Hara, Shigehiro Kuraku
    • Organizer
      13th International Congress on the Biology of Fish
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] トラザメの産卵周期とその内分泌制御の研究:エコー検査の活用2018

    • Author(s)
      井上拓人、池羽希理子、徳永幸太郎、小藤一弥、村雲清美、佐藤圭一、高木亙、兵藤晋
    • Organizer
      第43回日本比較内分泌学会大会
  • [Presentation] 飲水行動における「予期的な渇き」の生理学的ならびに進化的意義2018

    • Author(s)
      片山侑駿、坂本竜哉、竹井祥郎、兵藤晋
    • Organizer
      第43回日本比較内分泌学会大会
  • [Presentation] 広塩性オオメジロザメの研究:飼育実験とフィールド調査から2018

    • Author(s)
      兵藤晋、工樂樹洋、立原一憲、佐藤圭一
    • Organizer
      板鰓類シンポジウム2018
  • [Presentation] オオメジロザメの環境適応における腎臓の役割とそのメカニズム2018

    • Author(s)
      尾崎聡、今関到、兵藤晋、原雄一郎、工樂樹洋、鈴木雅一、松本瑠偉、村雲清美、植田啓一、佐藤圭一
    • Organizer
      板鰓類シンポジウム2018
  • [Presentation] 環境DNAによるオオメジロザメの浦内川生息状況調査2018

    • Author(s)
      柏原知実、黄國成、今関到、兵藤晋、佐藤圭一、立原一憲
    • Organizer
      板鰓類シンポジウム2018
  • [Presentation] CTCF in early vertebrate evolution: lessons from jawless and cartilaginous fishes about its phylogeny and establishment of epigenomic functions2018

    • Author(s)
      Mitsutaka Kadota, Yuichiro Hara, Kazuaki Yamaguchi, Osamu Nishimura, Shigehiro Kuraku
    • Organizer
      Annual Meeting of Society for Molecular Biology and Evolution 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Elasmobranch shark genome analysis enabled by chromosome-scale scaffolding2018

    • Author(s)
      Shigehiro Kuraku
    • Organizer
      CeMEB Marine Evolution 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Genomic exploration of 400 million years of elasmobranch evolution: clues for visual ecology of sharks2018

    • Author(s)
      Shigehiro Kuraku
    • Organizer
      The 1st AsiaEvo Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ゲノム情報が切り拓く分子レベルのサメ研究の現状と展望2018

    • Author(s)
      工樂樹洋
    • Organizer
      板鰓類シンポジウム2018
  • [Presentation] Genomic exploration of ‘fish’ diversity including jawless and cartilaginous fishes2018

    • Author(s)
      工樂樹洋
    • Organizer
      第24回小型魚類研究会
    • Invited
  • [Presentation] ‘Anti-model’ biology assisted by whole genome analysis of sharks and reptiles2018

    • Author(s)
      Shigehiro Kuraku
    • Organizer
      第51回日本発生生物学会
  • [Remarks] 東京大学大気海洋研究所 生理学分野

    • URL

      http://physiol.aori.u-tokyo.ac.jp/seiri/

  • [Remarks] プレスリリース:サメのゲノムを解読-サメの進化・生態の解明への新たな手がかり-

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2018/20181009_1/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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