Genome-wide linc RNA analysis in patients with neuropathic pain

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17H04320
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: 山内 正憲 東北大学, 医学系研究科, 教授 (00404723)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 杉野 繁一 東北大学, 大学病院, 講師 (00423765) ; 城戸 幹太 神奈川歯科大学, 歯学部, 診療科講師 (40343032)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 神経障害性疼痛 / 長鎖非翻訳RNA / ゲノム網羅的関連解析

Outline of Annual Research Achievements

2019年度は遷延性術後痛の新しいモデルであるSMIRモデルの確立を目指した．モデルは分担者の城戸の貢献により，Buvanendranの開胸術後痛モデル(Anesth Analg 2004;99:1453)を参考に下肢でモデルを作成することした．疼痛刺激は熱刺激と機械刺激を用いた．Gurding painスコアは手術後4日目までに5/24まで上昇し，その後は0-1/24であった．von Freyフィラメントを用いた機械刺激に対しては手術後4週間，痛覚過敏が持続した．Hargreeves装置を用いた熱刺激では痛覚過敏は生じなかった．現在はこの行動実験の精度を上げるために，データ数を増やしているところである．さらにわれわれはこのモデルラットの後根神経節(DRG)と脊髄後角(SDH)で次世代DNAシークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析を行うために，分子生物学実験の実験条件の検討をほぼ済ませたところである．組織からの全量RNAの抽出には全量タンパクとsmall RNAのの同時抽出を行うためにmirVana PARISシステムを用いることにした．また解析戦略はアライメントfreeに行うものとし，salmonソフトウェアで行う．また発現量の差異はDESeq2ソフトウェアで解析する予定である．これらの解析には東北大学メディカル・メガバンク機構のスーパーコンピューターを用いて行う．われわれの研究計画では2019年度の終盤にSMIRモデルラットからDRGとSDHを採取して，トランスクリプトーム解析をする予定であったが，間に合わなかった．だがこの遅延は技術的困難さが原因ではなく，実験時間確保が不十分であったためである．2020年度はプロジェクトを加速する必要がある．

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

われわれの研究計画では2019年度の終盤にSMIRモデルラットからDRGとSDHを採取して，トランスクリプトーム解析をする予定であったが，間に合わなかった．だがこの遅延は技術的困難さが原因ではなく，実験時間確保が不十分であったためである．2020年度はプロジェクトを加速する必要がある．

Strategy for Future Research Activity

2020年度の早い時期に2019年度に達成予定であった遷延性術後痛の新しいモデルであるSMIRモデルでトランスクリプトーム解析を行い，遷延性術後痛と関連する新規の長鎖非翻訳RNAの同定を目指す．